На ледоколе помимо четырех главных паровых машин мощностью по 2500 л. с. (три в корме и одна в носу) было две вспомогательные машины мощностью по 400 л. с., предназначавшиеся для кратковременной работы в форсированном режиме (впоследствии их сняли как не оправдавшие себя). На палубе — ровной и свободной — расположили шесть люков угольных бункеров и надстройку.
Над палубой возвышались две большие трубы (по 16 м) и мачта.
Большую заботу проявил Макаров о быте членов экипажа: все жилые помещения были сухими и теплыми, на судне устроили баню, рубку для рулевого, укрытия для штурманов на крыльях мостика, в жилых помещениях были предусмотрены зимные тамбуры, двойные иллюминаторы.
С. О. Макаров и Д. И. Менделеев приложили много усилий для того, чтобы получить согласие на оборудование ледокола паровыми котлами, работающими не на угле, а на жидком топливе. Это позволило бы значительно сократить численность экипажа. Однако создателям корабля не разрешили применить это прогрессивное решение, поэтому пришлось на Ермаке держать целый отряд кочегаров — 39 человек.
Экипаж ледокола состоял из 102 человек.
1 марта 1899 г. состоялось первое плавание Ермака во льдах. Сначала все шло хорошо, ледокол, по свидетельству экипажа, «резал лед так же, как нож режет масло», но потом на пути судна встретилась мощная льдина, которую Ермак не смог преодолеть, несмотря на все усилия. Кончилось тем, что эту льдину обошли стороной и последовали дальше.
Так, с первого дня работы Ермака во льдах обнаружилась важная особенность условий работы ледокола в тяжелой ледовой обстановке: ледовые ноля нельзя одолеть напролом, как это представлял себе С. О. Макаров. Продвижение ледокола во льдах возможно при условии тщательного постоянного анализа ледовой обстановки, и это хорошо знают полярники наших дней, располагающие несравненно более мощными средствами для борьбы со льдами.
Радостной была встреча нового ледокола в Кронштадте.
Свою деятельность Ермак начал с того, что, придя в Кронштадт, легко освободил из ледового плена все стоявшие там суда, расчистил дорогу судам, стоявшим в Ревеле (Таллин), в начале апреля вскрыл Неву, что позволило Петербургскому порту необычно рано (в середине апреля 1899 г.) открыть навигацию.
Таким образом, Ермак сразу заявил о себе, как о замечательном судне. Но впереди были испытания в Арктике. Как Ермак покажет себя там?
Подготовка к рейсу в Северный Ледовитый океан была омрачена неожиданной размолвкой между С. О. Макаровым и Д. И. Менделеевым.
В первом же полярном рейсе Д. И. Менделеев хотел пройти через Северный полюс в Берингов пролив, поскольку он полагал, что Северный морской путь должен быть проложен в высоких широтах. Основной упор, по мнению Д. И. Менделеева, должен быть сделан на изучении Центральной Арктики.
С. О. Макаров же считал главным местом экспедиции — Карское море, что было важно для развития торгового мореплавания к устьям Оби и Енисея. Изучение же высоких широт в экспедиции С. О. Макаров считал второстепенным делом и полагал возможным идти к норду насколько позволят обстоятельства.
Таким образом, главное разногласие двух величайших исследователей заключалось в маршруте, а стало быть, в задачах экспедиции.
Вторым разногласием был вопрос о тактике движения во льдах. С. О. Макаров полагал, что нужно штурмовать льды напролом, и это было его заблуждением. Д. И. Менделеев же считал, что мощные льдины надо обходить и только тогда, когда обойти их невозможно, нужно взрывать торосы (используя для этого изобретенную им смесь угольной пыли с жидким воздухом).
И наконец, третьим разногласием был чисто организационный вопрос. С. О. Макаров считал, что все административные и научные вопросы должен решать начальник экспедиции. По мнению Д. И. Менделеева, научная группа должна была решать научные вопросы самостоятельно и руководитель научной группы должен иметь равное с начальником экспедиции право в выборе маршрута.
Некоторые исследователи считают, что Д. И. Менделеев хотел быть начальником экспедиции, но это не соответствует истине. Великий ученый неизменно подчеркивал, что С. О. Макаров — инициатор постройки ледокола и экспедиции в Арктику.