После отстранения С. О. Макарова от опытных плаваний Ермака Д. И. Менделеев, изучив первый опыт эксплуатации ледокола, предложил еще раз испытать Ермак в Арктике и хотел сам участвовать в экспедиции. Перед новым испытанием ледокола Д. И. Менделеев еще раз предложил перевести котлы Ермака на жидкое топливо, и, следовательно, сократить экипаж вдвое. Великий ученый предложил обеспечить продвижение Ермака в тяжелых ледяных полях при помощи взрывов изобретенной им смеси угольной пыли с жидким воздухом.
Ученый считал необходимым условием работы ледокола ледовую разведку и предлагал использовать аэростат. Как мы знаем, впоследствии воздушная разведка стала необходимой в работе арктических ледоколов, включая современные атомоходы.
Большое внимание Д. И. Менделеев уделил вопросам оснащения ледокола новейшими приборами для научных исследований, в частности он предложил разработать специальные приборы для изучения давления льда на корпус судна.
Разрабатывая план высокоширотной экспедиции на 1901—1902 гг., Д. И. Менделеев предусмотрел два варианта: либо переоборудовать Ермак в соответствии с вышеуказанными замечаниями, либо (основной вариант) построить новый ледокол, спроектированный с учетом опыта эксплуатации Ермака.
Д. И. Менделеев сам разрабатывает проект нового ледокола. Корпус ледокола по этому проекту имел округлое днище, значительный наклон бортов к вертикали, высокий надводный борт, его поперечная и местная прочность были очень высокими, что в совокупности обеспечивало возможность вмерзания в лед и длительного дрейфа.
Принципиально новым был выбор пароэлектрической энергетической установки, в состав которой входили паровая машина, работающая на генератор, и электродвигатели, вращающие гребные винты.
Применение электродвижения позволило Д. И. Менделееву сэкономить значительные внутрикорпусные объемы и свободнее распоряжаться ими при компоновке общего расположения.
Разумеется, паровые котлы нового ледокола должны были работать на жидком топливе. Все палубные устройства были спроектированы с электрическим приводом.
Оригинальным техническим решением было применение специального толкающего устройства вместо гребного винта, которое позволяло судну двигаться путем отталкивания ото льда.
В одном из вариантов проекта (а всего Д. И. Менделеев разработал шесть проектов) предусматривались специальные резаки для подламывания льда во время движения судна.
Экипаж ледокола был в два с половиной раза меньше, чем на Ермаке: всего 41 человек — прежде всего в результате отказа от твердого топлива. Для команды предусматривались удобные зимние помещения, рассчитанные на трудные условия полярной зимовки.
К сожалению, чертежи ледокола Д. И. Менделеева не сохранились. Однако теоретический чертеж по черновым записям в рабочей тетради Менделеева удалось воссоздать. По этому теоретическому чертежу в Ленинградском кораблестроительном институте была сделана модель ледокола Д. И. Менделеева в масштабе 1:30, а затем в масштабе 1:25. Обе эти модели испытали в опытовом бассейне, и результаты испытаний сравнили с результатами испытаний моделей Ермака и современных ледоколов. Выводы, сделанные специалистами, были удивительными: оказывается, как по мореходным качествам на чистой воде, так и по проходимости во льдах ледокол Д. И. Менделеева не уступал бы лучшим ледоколам (Дубравин А. И. Заслуги Менделеева в судостроении и в арктическом море-плавании. — Судостроение, 1969, №9).
Но Д. И. Менделееву не разрешили еще раз испытать Ермак в Арктике.
В феврале 1904 г. С. О. Макаров был назначен командующим Тихоокеанской эскадрой. Шла русско-японская война. Адмирал С. О. Макаров предвидел неизбежность войны с Японией, и в письме управляющему Морским министерством от 8 февраля 1904 г. указывал на ошибки в расположении русского флота у Порт-Артура. Однако стоявший во главе флота генерал-адмирал считал, что войны не будет и флот к войне не готовил.
Еще в 1900 г. (назначенный командиром порта Кронштадт) С. О. Макаров говорил близким людям, что его место в Порт-Артуре. Как много он сумел бы сделать за эти четыре года!
Уже как командующий Тихоокеанской эскадрой адмирал С. О. Макаров внес много смелых предложений, выполнение которых помогло бы повысить боеспособность флота (в частности, адмирал просил прислать в Порт-Артур по железной дороге в разобранном виде миноносцы, горячо настаивал на назначении самых талантливых командиров на ответственные посты и т. д.).