Как и многие в волшебном сообществе, она понесла тяжелые личные утраты в дни господства Волан-де-Морта. Самым ужасным оказалась потеря ее брата, Роберта; ее учеников, Лили Эванс и Джеймса Поттера; и Дугала МакГрегора, который был убит Пожирателями смерти вместе с женой и детьми во время одного из нападений на маглов. Эта последняя новость стала страшным ударом для Минервы, которая спрашивала себя: сумела бы она защитить Дугала, если бы вышла за него замуж?
В ранние годы своей работы в Хогвартсе Минерва МакГонагалл поддерживала дружеские связи со своим бывшим начальником в Министерстве, Эльфинстоном Уркуартом. Он приехал навестить ее во время отпуска в Шотландии, и, к ее великому изумлению и смущению, предложил руку и сердце в кафе мадам Паддифут. Минерва, по-прежнему любившая Дугала МакГрегора, ответила отказом.
Эльфинстон, тем не менее, не перестал любить ее и повторял свое предложение снова и снова, несмотря на ее бесконечные отказы. Смерть Дугала МакГрегора, хоть и причинила боль Минерве, одновременно дала ей свободу. Вскоре после первого поражения Волан-де-Морта поседевший Эльфинстон сделал предложение снова, летом во время прогулки вокруг озера на территории Хогвартса. На этот раз Минерва согласилась. Эльфинстон, уже ушедший на пенсию, был вне себя от счастья и купил для них маленький домик в Хогсмиде, откуда Минерве было удобно ходить на работу каждый день.
Известная последующим поколениям студентов как «профессор МакГонагалл», Минерва — имея в себе что-то от феминизма — объявила, что сохранит свою добрачную фамилию. Приверженцы традиций презрительно фыркали: почему Минерва отказалась взять фамилию чистокровного волшебника и предпочла сохранить фамилию отца-магла?
Брак (оказавшийся трагически коротким, каким ему и суждено было быть) был очень счастливым. Хотя у них не было своих детей, племянники и племянницы Минервы (дети ее братьев Малькольма и Роберта) были частыми гостями в их доме. Это было время, когда Минерва была полностью довольна своей жизнью.
Внезапная смерть Эльфинстона от укуса ядовитой тентакулы после трех лет брака стала большим горем для всех, кто знал супругов. Минерва была не в силах оставаться в одиночестве в их доме, поэтому собрала свои вещи после похорон Эльфинстона и вернулась в свою маленькую спальню с каменным полом в Хогвартсе, откуда вела потайная дверь в ее кабинет на первом этаже. Всегда очень мужественная и скрытная, всю себя она отдала работе, и лишь немногие — за исключением, может быть, Альбуса Дамблдора, — понимали, как сильно она страдала.
К началу Второй магической войны Минерва больше не собиралась шпионить для Министерства, которое, как она считала, превратилось в коррумпированное и опасное место. Ее недоверие только усилилось после появления Долорес Амбридж, инспектора из Министерства и преподавателя по защите от Темных искусств, с которой Минерва ссорилась гораздо серьезнее, чем с любым другим коллегой за свою долгую и разнообразную трудовую деятельность. Присоединившись к борьбе против Пожирателей смерти, вторгшихся в Хогвартс в день гибели Альбуса Дамблдора, Минерва стала полноправным членом Ордена Феникса, который больше, чем когда-либо, стал напоминать незаконную организацию.
Когда Северус Снегг стал директором школы и временное руководство Минервы МакГонагалл подошло к концу, она осталась преподавать, чтобы иметь возможность защищать студентов от злых намерений Кэрроу, Пожирателей смерти, прибывших в школу по приказу Волан-де-Морта. Несмотря на ее известную преданность Альбусу Дамблдору, Волан-де-Морт и его последователи считали, что Минерва слишком искусная волшебница, чтобы от нее избавляться, и достаточно умная для того, чтобы перейти на их сторону, когда их победа станет очевидной.
Правда, тут они сильно ошиблись, и действия Минервы МакГонагалл во время знаменитой Битвы за Хогвартс доказали, что ее преданность Ордену Феникса останется неизменной. Она была одним из последних волшебников, сражавшихся с Волан-де-Мортом перед его гибелью, выжила в том бою и впоследствии стала успешной и вдохновляющей директрисой школы Хогвартс, которой преданно служила долгие годы. Позднее новый министр магии Кингсли Бруствер наградил Минерву МакГонагалл орденом Мерлина первой степени, и вскоре она появилась на карточках от шоколадных лягушек из серии «Знаменитые волшебники и волшебницы»; это было признание, которое, по ее словам, она никогда не надеялась получить.