28 января 1941 года был подписан приказ наркома обороны, и 14 февраля генерал-лейтенант Е.С. Птухин вступил в должность начальника Главного управления Противовоздушной обороны Красной Армии.
С присущей ему энергией берется Евгений Саввич за новое дело. По его инициативе было принято решение подчинить в оперативном отношении соединения и части истребительной авиации, выделенные для обороны объектов на территории ряда зон ПВО, помощникам командующих войсками военных округов по противовоздушной обороне. Это решение было претворено в жизнь в апреле 1941 года. Но генерал-лейтенанта Птухина уже не было во главе ПВО Красной Армии. Должность руководителя ПВО Красной Армии тяготила его, и он настойчиво просил начальника Генерального штаба и наркома обороны о возвращении в более привычные Военно-воздушные силы. Наконец его просьба была удовлетворена. 21 марта 1941 года генерал-лейтенант Е.В. Птухин сдал дела генерал-полковнику Г.М. Штерну, а сам был вновь назначен командующим ВВС Киевского особого военного округа.
Вернувшись к прежнему месту службы, генерал-лейтенант Птухин продолжает работу по улучшению боеготовности летных частей. Несмотря на принимаемые меры, проблем в данном направлении хватало. В округе насчитывалось 9 вновь сформированных авиаполков. Основной штат этих частей был заполнен в основном молодыми летчиками, недавно закончившими летные училища или имевших небольшое количество летных часов. Многие авиасоединения находились в стадии перевооружения новой техникой. Летчиками она осваивалась медленно, из-за чего страдала боевая подготовка. В довершение ко всему, весной 1941 года в округе началась реконструкция авиабаз. Из-за ремонта многие из действующих аэродромов были ограниченно годны. Отсутствие запасных аэродромов привело к большой скученности самолетов округа.
Вспоминает маршал авиации Н.С. Скрипко: «Аэродромная сеть округа состояла в основном из грунтовых аэродромов, без твердого покрытия, которые после дождей выходили из строя. Не хватало запасных аэродромов. Это снижало боевую готовность частей, и весной 1941 года строительные организации приступили к массовой реконструкции основных аэродромов. Конечно, ни одного из них они не достроили, наоборот, привели в ограниченно пригодное к полетам состояние. Таким образом, авиаполки округа базировались скученно, преимущественно на лагерных аэродромах, не имея зенитного прикрытия.
Помнится, еще в мою бытность в Киевском особом военном округе, генерал Е.С. Птухин требовал устройства на каждом аэродроме укрытий для самолетов. Средств и материалов на это не отпускалось, предлагалось строить их хозяйственным способом, кустарно, поэтому укрытия для авиационной техники делались медленно.
Выполняя приказ наркома обороны от 19 июня 1941 года о рассредоточении самолетов и их маскировке, части ВВС округа ограничились тем, что поэскадрильно расставили машины на границах стационарных и лагерных аэродромов. Как мне рассказывали командиры частей, командующий ВВС округа генерал Е.С. Птухин лично совершил облет оперативных аэродромов, проверяя их маскировку и боевую готовность...Усилия, предпринимавшиеся генералом Е.С. Птухиным по маскировке авиационной техники и строительству укрытий для самолетов, давали свои результаты. Мне довелось видеть трофейную схему, составленную штабом 4-го германского воздушного флота по состоянию на 1 мая 1941 года. Противник считал, что ВВС Киевского особого военного округа истребителей имеют в три раза меньше, чем было на самом деле»{21}.
А враг тем временем не дремал. Немецкие самолеты неоднократно вторгались в воздушное пространство округа и вели разведку. Вспоминает Маршал СССР, дважды Герой Советского Союза И.Х. Баграмян: «Командующий военно-воздушными силами генерал Е.С. Птухин обратил внимание членов Военного совета на участившиеся нарушения нашей границы фашистскими самолетами.
— Сбивать их надо! — Он рубанул воздух рукой. — Я хорошо помню фашистов по боям в Испании. Это такие наглецы, что будут плевать в физиономию, пока не схватишь их за горло.
— К сожалению, мы еще не имеем разрешения хватать их за горло, — спокойно и сухо сказал Кирпонос. — Найдите способ без стрельбы помешать им вести разведку над нашей территорией. — Командующий округом оглядел присутствующих. — Ясно одно: обстановка очень тревожная»{22}.
По состоянию на 22 июня 1941 года Военно-воздушные силы Киевского особого военного округа насчитывали 2061 самолет: 466 бомбардировщиков (из них 74 пикирующих бомбардировщика Пе-2), 1343 истребителя (из них 189 МиГ-3), 247 разведчиков (из них 99 ближних бомбардировщиков Су-2) и 5 штурмовиков Ил-2. В округе имелось 2359 летчиков и 1308 летчиков-наблюдателей.