Ко всем вышеперечисленным проблемам, снижавшим боеготовность ВВС округа, добавилась еще одна, которая оказалась одной из самых трагических. 19 июня из Москвы поступила телеграмма Г.К. Жукова о том, что народный комиссар обороны приказал создать фронтовое управление и к 22 июня перебросить его из Киева в Тернополь. В свете этого указания туда же был переведен командный пункт ВВС округа. В результате в первые дни войны было нарушено управление действиями авиачастей, т.к. узел связи штаба ВВС в Киеве имел связь со всеми аэродромами округа, тогда как КП в Терногюле ею не был обеспечен.
Вспоминает маршал авиации Н.С. Скрипко: «Птухин энергично стремился перестроить работу по-фронтовому, привести авиачасти и соединения в боевую готовность. Однако не знал Евгений Саввич того, что в эти дни решался вопрос о нем как о командующем и что 20 июня 1941 года приказом Главного Военного совета он будет снят с должности за аварийность. Так и не получив этого приказа, генерал Е.С. Птухин встретил на посту командующего ВВС Киевского особого военного округа испытания первых дней войны и 24 июня 1941 года был вторично освобожден от служебных обязанностей с еще более грозной формулировкой.
Вечером 20 июня 1941 года первый эшелон с полевым управлением округа двинулся специальным поездом на новый командный пункт, расположенный в Тернополе, а утром 21 июня на КП выехала на автомашинах основная группа штаба округа. В одной колонне с ней следовало и управление командующего ВВС.
В Киеве был оставлен запасной командный пункт ВВС округа (фронта), возглавляемый заместителем начальника штаба ВВС по организационным вопросам генерал-майором авиации Мальцевым. При нем находилась небольшая группа представителей различных отделов и служб, включая шифровальщиков. События потребовали уже на следующий день вовлечь всю группу в активную оперативную работу, хотя она и не предназначалась для этой цели.
Дело в том, что узел связи штаба ВВС в Киеве имел связь со всеми аэродромами округа (фронта), тогда как КП в Тернополе ею не был обеспечен.
На рассвете 22 июня 1941 года, когда колонна штабных автомашин втягивалась в Броды (65 километров северо-восточнее Терно-поля), вражеская авиация нанесла удар по нашим аэродромам...
Война застала авиаполки округа в приграничной аэродромной зоне, куда их вывели в ходе оперативного учения, проводимого генералом Е.С. Птухиным. Однако части не были приведены в состояние боевой готовности. Штабы смешанных авиадивизий, то есть армейской авиации, находились в местах своей постоянной дислокации...
Е.С. Птухин вместе со своим заместителем по боевой подготовке СВ. Слюсаревым к 14 часам 22 июня 1941 года прибыли на КП в Тернополь... Прямая проволочная связь была только с 14-й, 16-й и 17-й авиадивизиями. Со всеми остальными частями и соединениями контакты поддерживались через Киевский узел связи.
Находившаяся там группа генерала Мальцева собирала данные об обстановке во всех полках и передавала их на КП ВВС фронта в Тернополь, по этому же каналу из Тернополя передавались распоряжения в дивизии. Однако из-за недостатка шифровальщиков в Киеве скопилось большое количество срочных нерасшифрованных кодограмм, шифрограмм — все это заметно усложнило управление.
В первый день войны потери ВВС Юго-Западного фронта составили 192 боевых самолета, с учетом учебных — 301 самолет. Из общего числа наших потерь на земле было уничтожено и повреждено 95 боевых самолетов, 109 учебно-тренировочных»{23}.
Отсутствие указаний со стороны командования ВВС округа привело к тому, что после первого удара большинство авиаполков не сменило место дислокации и было уничтожено в последующих налетах.
Вспоминает Маршал СССР, дважды Герой Советского Союза И.Х. Баграмян: «Командующий ВВС фронта и его штаб тем временем стремились наладить управление авиачастями. Это было нелегко. Внезапными ударами с воздуха враг в первые же часы нападения причинил чувствительный урон нашему самолетному парку, нарушил связь командования с аэродромами. Командиры авиационных дивизий действовали на свой страх и риск... Только к вечеру генералу Птухину в крайне трудных условиях удалось восстановить управление авиационными частями и перейти к организованным действиям. Стало известно, что за день наши летчики сбили 46 фашистских самолетов. Но и наших немало погибло в неравных воздушных схватках»{24}.
24 июня 1941 года генерал-лейтенант Е.С. Птухин был отстранен от руководства ВВС Юго-Западного фронта и арестован. Вместе с обвинениями в халатности и бездеятельности, повлекшими уничтожение авиации в первые дни войны, генерал-лейтенант Птухин обвинялся в «участии в военной заговорщической организации, по заданиям которой они проводили вражескую работу, направленную на поражение Республиканской Испании, снижение боевой подготовки ВВС Красной Армии и увеличение аварийности в ВВС РККА».