Переход ко второму периоду, начавшемуся в конце XII - начале XIII в., характеризуется повсеместным продвижением в горах ледников и сходом мощных селей. Именно в это время граница лесов в горах снизилась, и только в нашем веке леса начали восстанавливать свои позиции, что дает основание считать снижение летних температур наибольшим за тысячелетие. В это время еловые леса на Русской равнине, по палинологическим данным, сократились, а березовые и сосновые леса расширили площади. Однако широколиственные леса продолжали сохранять свои позиции, что возможно при относительно высоких температурах.
Широкое развитие бортничества, активное освоение лесов Нечерноземья были характерны именно для этого периода. Окончание периода, который можно назвать периодом контрастов, может быть отнесено к середине XVI в. Некоторые исследователи считают, что наибольшее продвижение ледников на Кавказе было именно в этот период. Бури, засухи, суровые зимы, недороды то из-за засух, то из-за избытка вод, то, наоборот, годы с прекрасными урожаями - все это усложняет восстановление климатических условий, типичных для периода в целом. Яркая картина аномалий тех времен рисуется по летописным данным. Моря продолжали оставаться в трансгрессивной фазе, Каспий - в регрессивной, хотя уже на XVI в. падает первая волна трансгрессии этого водоема. Стоит напомнить о нагромождениях льдов у берегов наших северных морей, отмечавшееся З. Герберштейном, посещавшим Россию в первой половине XVI в. Залесенность степи и лесостепи была выше, чем в предшествующий период, что свидетельствует о большей увлажненности. Ледовитость морей Северного Ледовитого океана, несмотря на "горы льда" (как описывал З. Герберштейн), была меньшей, чем в последующий период. Все эти факты, подчас противоречащие друг другу, позволяют считать этот период временем грандиозной перестройки циркуляционных потоков на огромных территориях, что вызывало аномалии погодных условий. Временами же они затягивались на десятилетия.
Третий период, начавшийся в конце XVI в. и продолжавшийся до середины XIX в., именуется "малым ледниковым периодом", хотя все ученые единодушно протестуют против этого названия, или "оледенением стадии фернау" - по названию деревушки в Альпах, где лучше всего изучено это оледенение.
Летующие снежники, местами образовавшие сплошные белые шапки, но чаще располагавшиеся по днищам каров - углублений древних ледников, отмечались в Хибинах, Кандалакшских горах, на Южном Урале, в Карпатах, на Малом Кавказе. На Полярном Урале и Большом Кавказе ледники перешли в наступление. На Центральном Кавказе, по лихенометрическим данным, максимальное продвижение ледников было в начале и в конце XVII в. Ледники продвинулись тогда на несколько километров вниз по горным долинам. Влажные прохладные сезоны вегетации и снежные зимы - наиболее типичные особенности этого периода, что дает основание предполагать вероятность зонального переноса атлантических воздушных масс круглогодично на огромных пространствах Русской равнины. Разумеется, были годы и десятилетия с другими условиями. Доказательством преобладания влажных нежарких летних условий служит развитие буковых лесов в Карпатах, Крыму, на Кавказе на более обширных площадях, чем теперь. А бук издавна называют "дитем тумана". В этот период разрастались сосны, а ниже - ели и пихты по южным экспозициям склонов Кавказа. На равнине в смешанных лесах благоприятные условия создались для ели и пихты. Именно в это время падает продвижение ельников на юг и юго-восток, исчезновение которых отмечалось в XIX и XX вв. Дуб потерял свои позиции на Западе и в Центральном районе, но продвинулся на юг и восток к Южному Уралу, что могло быть только при условии снижения континентальности.
Быстрее всего прореагировали на изменение увлажненности степные территории. Обширными стали мелкие степные озера, сухие поды тоже превратились в озера. Балки и овраги стали временными водотоками, а мелкие речушки - судоходными реками. Дубравы и даже ельники надвинулись на лесостепь. И она приобрела вид высокотравной саванны, в которой могли скрываться всадники на конях. Все это было возможным при значительном увеличении увлажненности, которая возросла за счет понижения летних температур на 1 - 3° и увеличения осадков.
Регрессия морей стала ощущаться в XVII и особенно в XVIII в., а ледовитость достигла максимума в начале XIX в. Создавшиеся на Севере условия повышенной континентальности за счет увеличения ледовитости дали возможность шире распространиться лиственнице и кедру на европейском Северо-Востоке, хотя предпосылки для этого уже начали создаваться в предшествующий период.