Его вклад в развитие археологии был основан на изучении пещер и впадин, богатых останками ископаемых форм человека почти по всей территории ойкумены. В Марокко и Индии он изучал историю эпохи неолита; в Иране – артефакты железного века. В Афганистане и Сирии обнаружил следы мезолитической культуры, которые оказались древнее западноевропейских. В Африке, в Сьерра-Леоне, он исследовал исторические остатки эпохи плейстоцена.
В области физической антропологии Кун обессмертил свое имя фундаментальным гигантским исследованием «Расы Европы» (1939), не утерявшим своего значения до сих пор из-за поистине энциклопедического обобщения информации по данному региону. В 1950 г. в соавторстве с С.М.Гарном и Дж.Б. Бёрдселлом он опубликовал еще одну работу «Расы», в которой наглядно и систематизированно точно изложил основные принципы расовой дифференциации среди людей.
Наконец, он одним из первых в мировой антропологической практике начал применять радиоуглеродный метод для установления исторического возраста ископаемых останков.
Как и каждый по-настоящему крупный антрополог, Кун создал свою оригинальную расовую теорию, которая получила название – «мультирегиональная концепция» («multiregional model»). На основе анализа разнообразных данных ученый пришел к выводу, что различные современные расы произошли от пяти основных самостоятельных предковых форм в пяти географических зонах и в разное время. Так, в частности, Европа представляет собой результат длительной истории эволюционного прогресса основных ветвей Белой расы. То же самое наблюдается и в других очагах расообразования. В соответствии с традициями американской школы антропологии, Кун в своих работах для определения дефиниции европеоидной расы применял такие понятия, как «Белая раса» и «Кавказская раса». Последний термин в европейской системе научных координат в настоящее время не используется.
Но при этом он достоверно указал на основе сведений о миграционных процессах процентную концентрацию генетического вклада выходцев из Северной Европы в различных регионах земного шара. Ранние этапы эволюции человека, согласно его изысканиям, характеризуются параллельным существованием неандерталоидных форм с предшественниками современных рас человека во всех обитаемых регионах, на что собственно и указывают результаты последних раскопок.
По мысли Куна, обитавшие каждая на своей территории расы могли находиться на разных стадиях эволюционного пути и преодолевать критический барьер между примитивным и разумным состояниями в разное время. Оценивая наблюдаемые различия в объеме черепа и в культурных достижениях, Кун предположил, что африканские популяции отстали от других рас и что нынешние австралийские аборигены все еще сохраняют черты примитивных Homo erectus. Из его теории сами собой вытекают и предсказуемые следствия. Поскольку каждая раса имеет собственную популяцию первопредков, несмотря на смешение и миграции в процессе эволюции, должны встречаться люди исходного биологического типа. Так, жившего 800 тысяч лет назад эректуса яванского человека и его потомков, австралийских аборигенов, объединяют такие общие признаки, как мощный сагиттальный гребень на верхней части черепа и чрезвычайно массивные надбровные дуги. Обитавший в Китае от 500 до 200 тысяч лет назад так называемый «пекинский человек» имел такие общие с современными монголоидами черты, как плоское лицо и лопатовидные резцы передних зубов и т.д. Свои взгляды на эволюцию Кун как расовый теоретик окончательно оформил в фундаментальной работе «Происхождение рас» (1962).
Обобщив огромный археологический материал, Кун наглядно показал, что во всех древних очагах культуры при раскопках на гигантских просторах Евразии, за исключением Восточной и Юго-Восточной Азии, обнаружена высокая концентрация черепов нордического, долихоцефального типа. Из этого следует простейший вывод, что именно этот биотип с древнейших времен обладал повышенным культуросозидательным потенциалом. Характерно, что даже советская археология и антропология не опровергли это свидетельство биологической истории человека. Так, в частности, на побережье Каспийского моря во время экспедиции в Иране Кун обнаружил останки женского черепа, датированного 11 000 лет до нашей эры. После реконструкции лица по черепу было констатировано, что он принадлежал молодой девушке чистого нордического типа, которую условно назвали «мисс Хоту». Этот биотип соответствует территории зарождения древней арийской цивилизации.