През 1661 година, почти веднага след пристигането си тук, в Кембриджкия университет, той беше привлечен в света на алхимията и окултизма. Неговият наставник и предшественик на поста Лукасов професор, Исак Бароу, беше запалил първата искра, която впоследствие се разгоря в буен огън, подклаждан от писанията на великите адепти от миналото, хора като Корнелий Агрипа, Елиас Ашмол, Джон Дий и Джордано Бруно. Техните търсения бяха наречени „Великата творба“ или Magnum Opus, и в продължение на много години тези гении на окултизма бяха провеждали сложни експерименти в своите задимени лаборатории. Бяха отдали живота си на дерзанията да намерят Философския камък, онази легендарна субстанция, посредством която алхимикът ще може да превръща всеки основен метал в злато, магичната връзка между физичния и метафизичния свят, която ще позволи на адепта да сътвори elixir vitae (елексир на живота) и да открие вечната младост.
Подобно на всички алхимици преди него, в търсенията си Нютон следваше библията за херметичния експериментатор, а именно — доктрината на Изумрудения скрижал. На младини Бароу го беше посветил в тайната на съществуването на този забележителен текст и му беше обяснил, че той е наръчникът на всички алхимици. Според Бароу този текст бил създаден по времето на Древните — време, когато хората знаели много повече за устройството на вселената, отколкото всички учени и философи от следващите епохи, взети заедно. Древните описали същността на това свое познание в документа, познат като Изумрудения скрижал. Никой не знаеше къде е сега оригиналният скрижал. Той беше изчезнал от очите на смъртните, но преводи на текста се предаваха сред алхимиците от поколение на поколение и всеки от тях беше следвал инструкциите, за които се вярваше, че са абсолютната истина, описана от Древните. Скрижалът им показваше пътя към Философския камък, ръководеше ги в подготовката както на собствените им души, така и на небожествената физическа материя, с която боравеха. Според Нютон не Древните бяха виновни за това, че досега никой алхимик не беше успял да сбъдне мечтата си. Нито, разбира се, беше някаква грешка в природата; просто досега никой алхимик или философ не беше пречистил душата си достатъчно добре и не се беше посветил на търсенето на истината с необходимата за това целенасоченост и себеотдаденост.
За разлика от повечето алхимици, като се започне със самия Хермес Трисмегист и се стигне до тесния кръг на собствените му съмишленици, Нютон нямаше никакво желание да прави злато единствено заради неговата стойност. Той не се интересуваше от несметните богатства. За него златото в края на процеса беше чистото познание, онова на боговете, и той знаеше, че няма да се спре пред нищо, за да го открие. Това беше целта на неговото съществуване. През дългите години, които беше прекарал до топилнята в изучаване на микрокосмоса и в сравняването му с макрокосмоса, който виждаше през телескопа, Нютон беше установил множество връзки между двата свята и беше извисил идеята за холизъм като новото кредо на мисълта. По това време дори започна да вярва, че той самият е полубог, но е поставен тук, на земята, с една-единствена цел — да намери Философския камък и да разпространи Истината. Господ, смяташе той, беше избрал именно него, беше го определил като уникален и го беше надарил с най-великия интелект сред съвременниците му, за да може той, Исак Нютон, Лукасовият професор по математика в Кембриджкия университет, да осъществи волята на своя Отец и да разкрие на останалото човечество истинския смисъл на съществуването, тайните на природата и устройството на вселената.
Нютон вдигна капака и пантите на куфара изскърцаха. Вътре имаше внимателно опаковани стъкленици, увити във вълна, за да не се потрошат по неравния път от Лондон. Имаше и буркани с химикали. В един бяха поставени тънки цилиндри от сив метал, потопени в жълтеникаво масло. До него се намираше туба с черен прах, а до нея друга туба с тъмночервен талк. Сложен на една страна и увит плътно във вълнен плат, лежеше огромен пясъчен часовник.