В целом нацистская религиозная политика на оккупированной территории СССР базировалась на принципе «разделяй и властвуй»{795}. Германские власти поощряли конфессиональный сепаратизм, для чего предписали противодействовать единству православной церкви. 16 августа 1941 г. Р. Гейдрих издал приказ «О церковном вопросе в оккупированных областях Советского Союза», который гласил, что «о восстановлении прежней патриархальной русской церкви не может быть и речи», поэтому не допускалось объединение православных общин и создание ими «руководящих центров»{796}. В целом было предписано удалить из церковной жизни «всякую тень Москвы»{797}. К середине 1942 г. Министерство «восточных территорий» склонилось к тому, что наиболее желательной ситуацией для Германии в решении церковного вопроса было бы развитие противостояния между Московским Патриархатом и сильными национальными православными церквами{798}. Целью такой политики было снижение на оккупированной территории влияния РПЦ, которая с самого начала войны заняла просоветскую и антиколлаборационистскую позицию.
Планам нацистов способствовали сепаратистские устремления высшего духовенства на Украине. Раскол Церкви на Украине был связан не только с амбициями отдельных церковных иерархов{799}, но и с тем, что политические взгляды духовенства в этом регионе были весьма неоднородны. Одни священники симпатизировали советскому строю, другие поддерживали националистов, третьи разделяли «прогерманские» взгляды{800}.
Летом 1941 г. архиеп. Ровенский Алексий (Громадский) объявил о создании автономной Украинской Православной Церкви (УПЦ), оставшейся в юрисдикции Московского Патриархата. Однако часть иерархов и священнослужителей во главе с архиеп. Луцким Поликарпом (Сикорским), которая открыто приветствовала приход германских оккупантов{801}, осталась недовольна таким решением{802}. Их «антимосковские» настроения были поддержаны оккупационными властями. Оккупанты призвали духовенство «сплотиться вокруг своих освободителей, создать и прочно укрепить на Украине автокефальную церковь во главе со своим патриархом и навсегда отойти от митрополита Сергия и московской православной церкви». С целью минимизировать неудачный опыт самосвятства «Украинской автокефальной церкви» во главе с В. Липковским в 1920-х гг., оккупанты привлекли к этой акции только «канонически высвященных епископов»{803}. Эти иерархи 8–10 февраля 1942 г. созвали в Пинске церковный собор, объявивший о создании Украинской Автокефальной Православной Церкви (УАПЦ), независимой от Московского Патриархата{804}. Во главе УАПЦ встал архиеп. Поликарп (он получил титул митрополита), который был официально признан германскими властями главой Православной церкви на Украине{805}.
Митр. Поликарп выразил оккупантам «благодарность украинского народа за освобождение от большевиков и заверил в своем лояльном сотрудничестве», а УАПЦ стала активно сотрудничать с оккупационными властями. Митр. Поликарп требовал от священников агитировать прихожан к выезду на работу в Германию и вступлению в коллаборационистские формирования, а всех уклоняющихся объявлять «помогающими врагу» (то есть СССР). Службы в церквах, как правило, начинались с провозглашения «многолетия» Гитлеру.
Архиеп. Феофил (Бундовский), назначенный главой структур УАПЦ на левобережной Украине, опубликовал в харьковской газете «Новая Украина» статью, направленную против Московской Патриархии{806}.
В структуре УАПЦ были созданы епархиальные советы, открыты бесплатные краткосрочные богословские курсы для подготовки кандидатов в священники, на которых преподавались богословские науки, философия, педагогика, немецкий язык и «украиноведение». Службы в церквах УАПЦ проводились на украинском языке, на нем же выпускались религиозные книги. В некоторых регионах церковное управление было передано в руки украинского культурно-просветительского общества «Просвета». В приходах читалась «молитва за Украину» — как на украинском, так и на церковнославянском языке{807}. Сначала германские власти поддерживали развитие «украинофильской» ориентации церкви, но затем пересмотрели свою позицию из-за налаживания связей между УАПЦ и украинскими националистами{808}.