Создаются три фронта — Забайкальский во главе с Маршалом Советского Союза Р.Я. Малиновским, 1-й Дальневосточный (бывшая Приморская группа войск) во главе с маршалом Советского Союза К.А. Мерецковым и 2-й Дальневосточный фронт (бывший Дальневосточный фронт) под командованием генерала армии М.А. Пуркаевым. Тихоокеанским флотом командовал адмирал И.С. Юмашев.
Союзные монгольские войска вошли в состав конно-механизированной группы (КМГ), которой командовал генерал И.А. Плиев. Его заместителем по монгольским войскам был назначен генерал Ж. Лхагвасурон. Всего в КМГ насчитывалось свыше 42 тысяч человек, 610 орудий и минометов, 403 танка. Союзным войскам предстояло действовать на правом фланге Забайкальского фронта.
Все сухопутные, воздушные и морские силы были объединены под общим командованием — Главным командованием советских войск на Дальнем Востоке во главе с Маршалом Советского Союза А.М. Василевским, членом Военного совета генерал-полковником И.В. Шикиным и начальником штаба генерал-полковником С.П. Ивановым. Главнокомандующему подчинялись все три фронта, Тихоокеанский флот и Краснознаменная Амурская флотилия. Василевский начал свою деятельность в новой должности в Чите, куда он прибыл в ночь на 5 июля.
Для координации действий сил флота на морском театре военных действий во Владивосток прибыл народный комиссар ВМФ адмирал флота Н.Г. Кузнецов. Он же координировал действия Амурской флотилии с сухопутными войсками. Действиями авиации руководил командующий ВВС Главный маршал авиации А.А. Новиков.
Перегруппировка войск проводилась в условиях строжайшей секретности. С целью соблюдения военной тайны советские военачальники прибывали на Дальний Восток под другими фамилиями и в других воинских званиях. Так, главнокомандующий A.M. Василевский во всех служебных документах и в переписке, радиограммах именовался «заместителем наркома обороны генерал-полковником Васильевым», а Р.Я. Малиновский — генерал-полковником Морозовым.
Прибывшие на Дальний Восток войска имели богатый боевой опыт. В состав Забайкальского фронта вошли прибывшие из района Праги 6-я гвардейская танковая и 53-я армии, из Восточной Пруссии, из-под Кенигсберга — 39-я армия. На 1-й Дальневосточный фронт из той же Восточной Пруссии прибыла 5-я армия. Эти армии имели опыт действий в гористой местности (6-я танковая и 53-я) и прорыва хорошо укрепленных районов (39-я и 5-я).
Окончательный вариант стратегической операции на Дальнем Востоке был выработан к 27 июня 1945 года. По плану Советского Верховного Главнокомандования главный удар наносил Забайкальский фронт. Ему предстояло в наступлении овладеть такими важными центрами Маньчжурии, как города Мукден, Чаньчунь, Порт-Артур.
1-й Дальневосточный фронт из Приморья наступал в направлении на город Гирин — то есть по кратчайшему направлению навстречу войскам Забайкальского фронта. 2-й Дальневосточный фронт, наступавший из Приамурья, должен был сковать действия японской Квантунской армии.
Большую роль должен был сыграть Тихоокеанский флот. Правда, он численно уступал японскому флоту, особенно в больших кораблях. Однако к августу 1945 года Тихоокеанский флот заметно пополнился, теперь в его состав входили: 2 крейсера, построенных на Дальнем Востоке, 1 лидер, 12 эскадренных миноносцев, 10 сторожевых кораблей типа «Фрегат», 6 сторожевых кораблей типа «Метель», 1 сторожевой корабль типа «Альбатрос», 2 сторожевых корабля типа «Дзержинский», 2 монитора, 10 минных заградителей, 52 тральщика, 204 торпедных катера, 22 больших охотника, 27 малых охотников, 19 десантных кораблей. Подводные силы состояли из 78 подводных лодок типов «Л», «Щ», «С» и «М». Главной базой корабельных сил флота являлся Владивосток.
Авиация Тихоокеанского флота насчитывала 1587 самолетов различных типов: истребителей, бомбардировщиков, торпедоносцев, штурмовиков, разведчиков, транспортных и учебных. Береговая оборона насчитывала 167 береговых батарей с орудиями калибром от 45 до 356 мм. Они составляли основу противодесантной обороны тихоокеанского побережья страны.
Общей задачей Тихоокеанского флота было взаимодействие с войсками 1-го Дальневосточного фронта в операциях по окружению японских сил в Северной Корее и Южной Маньчжурии путем пресечения вражеских коммуникаций с метрополией. Кроме того, ставилась задача недопущения действий военного флота Японии против советского побережья и высадки десантов на острова и корейское побережье.
Краснознаменная Амурская флотилия к началу боевых действий состояла из 6 мониторов, 11 канонерских лодок, 52 бронекатеров, 12 речных тральщиков и других судов. Флотилия имела свою авиацию в количестве 70 самолетов. Амурской флотилии предстояло содействовать сухопутным войскам в их наступлении, помогать преодолевать водные преграды.
Советским войскам противостояла сильная группировка японских войск и войск Маньчжоу-Го общей численностью до 1 млн. человек. Собственно японских войск было примерно 600 тысяч человек, из которых 450 тысяч находились в Маньчжурии, а остальные 150 тысяч — в Корее, преимущественно в северной ее части.
Марионеточная армия Маньчжоу-Го организационно состояла из 4 военных округов, в которые входили 6 пехотных бригад, 1 кавалерийская дивизия, 1 кавалерийская бригада, 9 отдельных кавалерийских полков (1 был курсантским). Войска марионеточного правителя Внутренней Монголии князя Дэ Вана (Тонлопа), состоявшие из двух кавалерийских дивизий, также находились в подчинении командования Квантунской армии.
В состав Маньчжурской группировки войск противника входила японская Квантунская армия, которая состояла из 1-го, 3-го и 17-го фронтов (по две полевые армии в каждом), 4-й и 34-й отдельных армий, 2-й и 5-й воздушных армий и Сунгарийской военной флотилии. Всего 42 пехотные и 7 кавалерийских дивизий, 23 пехотные, 2 кавалерийские, 2 танковые бригады и бригада смертников-камикадзе, 6 отдельных полков.
17-й фронт, состоявший из 34-й и 59-й армий (9 пехотных дивизий), располагался в районах корейских портов. Он был включен в состав Квантунской армии только с началом боевых действий в Маньчжурии. До этого он подчинялся непосредственно императорской Ставке. Свой штаб командующий фронтом генерал-лейтенант Кодзуки держал в корейской столице — городе Сеуле.
На вооружении Квантунской группировки японских войск состояло 6640 артиллерийских орудий и минометов, 1215 танков и самоходных орудий, 1907 боевых самолетов и 26 речных кораблей.
На Южном Сахалине и Курильских островах дислоцировались войска 5-го фронта, штаб которого располагался на острове Хоккайдо. Всего здесь находились три пехотные дивизии, отдельная смешанная бригада, отдельный пехотный и отдельный танковый полки.
Широкая аэродромная сеть позволяла японской авиации вести боевые действия на любом направлении. Она опиралась на 20 авиабаз, 133 аэродрома и более 200 посадочных площадок. На территории, которую занимала Квантунская группировка войск, располагалось 870 крупных военных складов и городков, рассчитанных на 1,5-миллионную сухопутную армию.
Командовал Квантунской армией генерал Отодзо Ямала, начальником армейского штаба был генерал Хикосабуро Хата. Последний был в свое время японским военным атташе в Москве. Командный состав, прежде всего старший, имел немалый боевой опыт в войне прежде всего против китайцев-чанкайшистов.
В качестве стратегического резерва Квантунской армии могли быть использованы войска, находившиеся в метрополии, на Японских островах. Их численность в середине августа составляла около двух с половиной миллионов солдат и офицеров. Часть этих войск могла быть быстро переброшена морем на Юг Маньчжурии и в Северную часть Корейского полуострова.
Японское командование рассчитывало использовать в боевых действиях также вооруженные отряды, сформированные из японских резервистов-переселенцев. Общая численность таких отрядов составляла 100 тысяч человек. Весной 1945 года были сформированы два отряда по 1500 человек из бывших белогвардейцев, но ввиду их ненадежности уже в июле они были расформированы.
Японское командование в годы Второй мировой войны усиленно разрабатывало «новые» средства вооруженной борьбы, или, говоря иначе, готовилось к ведению бактериологической и химической войны. На Хабаровском судебном процессе один из таких специалистов, Тосихидэ Ниси, показал: