Со второй половины XVIII столетия начинается «серьезное» хозяйственное освоение русскими промышленниками Курил. На островах велась охота на «морского зверя», в курильских бухтах находили пристанище во время штормовой погоды русские суда. В 1755 году Н. Сторожев сообщил в камчатский острог Большерецк о том, что значительная часть айнов на Кунашире приняла подданство России.
Начались первые попытки создания на Курильских островах русских поселений. В 1766 году экспедиция Н. Чикина основала первое зимовье на острове Уруп. При этом большинство местных жителей, равно как и соседнего Итурупа, стали подданными России. Вступление в российское подданство, как и прежде, носило добровольный характер.
В том же году здесь побывал с отрядом отважных мореходов казачий сотник Иван Черный, который составил подробное географическое описание острова Итуруп и других Курильских островов. Черный провел на островах две зимы, а два лета отплавал между островами. Местные айны-курильцы приводились в российское подданство.
собранная богатая этнографическая коллекция была подарена Российской академии наук.
Экспедиция казачьего сотника Ивана Черного и полученные в ходе ее научные результаты получили известность в Европе. Это дало основание современному американскому историку японского происхождения Еси Куно заявить, что «в 1766 г. Россия распространила свою власть на Итуруп — самый большой из Курильских островов».
В 1778 году мореплаватели сибиряк Иван Антипин, служивший у купца Лебедева-Ласточкина, и иркутянин Дмитрий Шабалин из отряда А. Очередина зимовали на острове Уруп. Там уже существовало русское поселение Курилороссия, жители которого занимались даже хлебопашеством. Судно Антипина — бригантина «Наталия» во время плавания вдоль островов потерпела кораблекрушение. В этом году и в последующем в российское подданство вступило много жителей-айнов с Южных Курил, в том числе и с острова Хоккайдо. После установления с ними дружественных отношений они освобождались от уплаты государственных податей.
Великая правительница Российского государства, много потрудившаяся для расширения его пределов, императрица Екатерина II издала высочайший «курильский» указ. В нем, среди прочего, говорилось:
«Приведенных в подданство на дальних островах мохнатых курильцев оставить свободными; и никакого збора с них не требовать; да и впредь обитающих там народов к тому не принуждать, но стараться дружелюбным обхождением и ласковостью для чаемой пользы в промыслах и торговле продолжать заведенное уже с ними знакомство».
Освоение Курил продолжалось. В 1785—1786 годах русские проживали и на острове Итуруп. В российское подданство принимаются все новые группы жителей Курильской гряды. Вскоре происходит законодательное закрепление этих земель за Россией. Именным указом от 22 декабря 1786 года императрицы Екатерины II Великой все Курильские острова, Аляска (Русская Америка), Алеутские, Лисьи и некоторые другие острова в северной части Тихого океана были присоединены к Российской империи.
Так Российское государство, законодательным актом утвердив свое присутствие на всей Курильской гряде, входило в соседство со Страной восходящего солнца. Отношения России с империей на Японских островах складывались непросто и по времени очень долго.
Японцы тоже стремились утвердиться на островах Курильской гряды, прежде всего на южных, ближайших к Хоккайдо. Богатый рыбой остров Кунашир превращается в базу для набегов на русские поселения на южных островах Курил. Местное айнское население облагается налогами, сбор которых проводился японцами с особой жестокостью, что не раз приводило к столкновениям с применением оружия.
В 1789 году на острове Кунашир вспыхнуло восстание айнов и было убито более 70 японцев. Сегунским чиновникам удалось подавить восстание лишь благодаря военной помощи феодального княжества Мацумаэ, правитель которого отправил на Кунашир военный флот из 30 судов с солдатами. Возмущение кунаширских айнов было подавлено с большой жестокостью.
Соседские отношения — торговые, дипломатические и государственные — между Россией и Японией складывались крайне трудно. Причина крылась прежде всего в том, что при императорах Иэясу и Иэмицу Токугава (30—50-е годы XVII века) Страна восходящего солнца, расположенная на островах Хонсю, Кюсю и Сикоку, встала на путь самоизоляции.
Под угрозой смертной казни японцам с 1636 года запрещалось покидать отечество и строить большие корабли, которые могли использоваться для дальнего плавания, а иностранцам — высаживаться где-либо на берегах Японии. Подобное предписание, относящееся к 1825 году, требовало обстреливать иностранные суда в случае их приближения к японским берегам.
Только в 1842 году местные власти получили указ, разрешающий снабжать (за плату) прибывающие в японские порты иностранные суда водой и продовольствием. И лишь потом японские чиновники могли требовать их ухода от берегов империи.
В порядке исключения лишь голландским судам разрешалось находиться только в одном порту на острове Десима (Дэдзима), в бухте Нагасаки. Поводом для такого исключения из законодательного правила было следующее. В 1637 году в Симабара, близ города Нагасаки, произошло сильное крестьянское восстание под христианскими лозунгами. Повстанцы были вооружены огнестрельным оружием, полученным от европейских миссионеров, которое помогло им добиться ряда успехов. Восстание быстро охватило значительный район острова Кюсю.
Сегунская армия в течение нескольких месяцев не могла подавить крестьянское антифеодальное выступление. Только помощь голландских кораблей, бомбардировавших с моря замок Хара, где сосредоточилась 30-тысячная армия повстанцев, позволила войскам сегуна из рода Токугава взять его штурмом и учинить кровавую расправу над восставшими. Залпы голландских корабельных орудий оказались победными.
Помощь сегунату в подавлении симабарского восстания поставила голландцев в исключительное положение в закрытой стране. Так они на долгое время монополизировали все контакты Японии с внешним миром. В единственный порт в стране — Нагасаки — два раза в год был разрешен заход голландских, а также корейских и китайских кораблей. Но голландцы содержались на острове Десима в обстановке, «более похожей на тюрьму, чем на факторию» европейцев в азиатской стране. Иностранцам строго запрещалось заниматься миссионерской деятельностью.
Жестокая система самоизоляции Японии, которая просуществовала до 1867 года, привела к тому, что люди из экспедиции капитан-командора Витуса Беринга в 1739 году были первыми и более чем на сто последующих лет последними русскими, беспрепятственно и на самое непродолжительное время сошедшими на землю Японии.
Правящий в ней сегунат в 1804 году занял жесткую позицию в отношении экспедиции выдающегося мореплавателя России И.Ф. Крузенштерна на шлюпе «Надежда», совершавшем первое русское кругосветное плавание, а в 1811 году — откровенно враждебную по отношению к экспедиции капитан-лейтенанта В.М. Головнина. Последнему, вероломно захваченному в плен вместе со своими спутниками на южнокурильском острове Кунашир, пришлось провести два года, по сути дела, в заточении у японцев.
Недоброжелательность японских властей по отношению к иностранцам, в том числе и к россиянам, обернулась неизбежными при этом вооруженными столкновениями. Япония упорно отказывалась от контактов с Европой, в том числе и с Российской империей, которая становилась ее соседом. Так, неудачей закончились переговоры, которые вел зимой 1804—1805 годов Н. Резанов.
Осенью 1806 года в заливе Анива, на южной оконечности Сахалина, происходило первое вооруженное столкновение сторон. С русской стороны в нем участвовал экипаж небольшого фрегата «Юнона» под командованием лейтенанта Н.А. Хвостова. Весной следующего года Хвостов вновь появился у сахалинских берегов вместе с мичманом Г.И. Давыдовым, командиром шлюпа (тендера) «Авось». Дело вновь доходит до перестрелки с японцами, и русские моряки в бою «истребили» два японских селения.