В конце концов, не получив из крепости подкреплений, обескровленный стрелковый полк вместе с полевыми артиллерийскими батареями был вынужден отступить с занимаемой им тактически выгодной и хорошо укрепленной позиции на перешейке у Цзиньчжоу. Удержать ее не помогли даже пришедшие из Порт-Артура на помощь канонерская лодка «Бобр», эскадренные миноносцы «Бойкий» и «Бурный», которые вели огонь из бухты Хунуэза. С началом отлива русским кораблям пришлось удалиться от берега. Русские стрелки под ружейным огнем противника отошли на вторую, более слабую, позицию на линии залива Лунвантан — деревня Суанцайгоу.
Цзиньчжоунский бой стал одним из самых кровопролитных в ходе войны на суше. Японцы из 30 тысяч человек (всего 2-я армия на то время насчитывала 36 тысяч), участвовавших в штурме перешейка у города Цзиньчжоу, потеряли около 4,5 тысячи солдат и 133 офицера. Потери полка сибирских стрелков и полевых батарей составили около полутора тысяч бойцов — 1375 солдат (почти каждый третий) и 28 офицеров (почти половина из участвовавших в бою).
Следствием отхода русских войск с позиций у Цзиньчжоу стал захват японскими войсками порта Дальний (по-японски — Дайрен, по-китайски — Далянь), который стал тыловой базой осадной 3-й армии генерала Ноги. Порт-артурское командование в лице генерала Стесселя даже не позаботилось о разрушении прекрасно оборудованных портовых сооружений Дальнего. Такой поступок был на грани должностного преступления на войне.
Портовый город Дальний был оставлен неприятелю без боя. Молы, дамба, док и набережные остались почти неповрежденными. Военными трофеями японцев в порту Дальнем стали более 100 складов и бараков, электростанция, железнодорожные мастерские, большой запас рельсов, вагоны узкоколейной железной дороги, более 400 вагонов, 50 различных морских грузовых судов, а также большие запасы угля.
Овладение Цзиньчжоунской укрепленной позицией и бескровный захват порта Дальний открыли японским войскам путь к Порт-Артуру. На подступах к крепости русские больше не имели полевых укрепленных рубежей, должным образом подготовленных к обороне. По свидетельству участника обороны Порт-Артура С.А. Рашевского, известие об оставлении позиций у Цзиньчжоу произвело в крепостном гарнизоне удручающее впечатление. Он писал:
« Та позиция, про которую говорили, что ее взять невозможно, что там надо положить целую армию, сдается после второго натиска. Неужели же нам так трудно было отстоять эту позицию или хотя бы подольше задержаться на ней ?»
В дневнике Рашевского есть примечательные размышления о дальнейшей судьбе русской крепости на берегу Желтого моря:
«…По-моему, главная цель войны — Артур и Артур. С взятием Артура японцы выигрывают кампанию наполовину, если не более. Мы лишимся при этом нашего флота, дорогих фортов и батарей… а главное — базы для действий 2-й эскадры, помимо того, с падением Артура, вероятно… европейские их (японцев. — А.Ш.) друзья, Америка и Англия, станут денежно поддерживать их».
С занятием японцами порта Дальний крепость Порт-Артур оказалась фактически окруженной с моря и суши. В Дальнем стала сосредоточиваться осадная 3-я императорская армия под командованием генерал-полковника Ноги. Ему не случайно поручалась осада русской приморской крепости: именно он захватил у китайцев Порт-Артур.
Маресукэ Ноги был известен в японской армии как человек, фанатически преданный своему обожествленному микадо. Впоследствии он, как «герой Порт-Артура» и деятельный участник войны с Россией, получит высшее воинское звание Страны восходящего солнца — маршала. После смерти императора Ишихито Ноги сделал себе по самурайской традиции харакири. Жена маршала, не желая отставать от мужа в выражении преклонения перед почившим в бозе микадо, последовала его примеру.
Открывшая «ворота к Артуру» 2-я японская армия генерал-лейтенанта Оку повернула на север от Квантуна. Ей предстояло отразить наступление 1-го Восточно-Сибирского корпуса под командованием генерал-лейтенанта Г.К. Штакельберга. Командующий русской Маньчжурской армией, уступая давлению и приказу царского наместника, с неохотой согласился начать активные наступательные действия.
Осада Порт-Артурской крепости с моря дополнилась более жесткой осадой с суши. Началась героическая оборона русской морской крепости — одна из наиболее ярких страниц русско-японской войны 1904—1905 годов, принесшая славу Российскому Отечеству.
Судьбой было уготовлено так, что обороной Порт-Артура по ранее утвержденным свыше планам руководил начальник Квантунского укрепленного района генерал-лейтенант A.M. Стессель, по свидетельству современников едва ли не самый некомпетентный представитель сухопутного командования на Дальнем Востоке. Лучшее свидетельство тому — его первые боевые приказы гарнизонным войскам с начала осады крепости.
Опасаясь наступления японских войск со стороны Цзиньчжоу, Стессель телеграммой приказал генерал-майору Фоку: «Отступайте к Волчьим горам, не задерживайтесь без надобности на остальных позициях». Затем он повторил свой приказ: «Отходить, не задерживаясь». Лишь с большим трудом начальнику 7-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии генерал-майору Р.И. Кондратенко удалось настоять на том, чтобы не отводить сразу русские войска под стены Порт-Артура, а занять позиции на удобных для боя высотах восточнее перевала Шининцзы.
Передовую позицию крепости заняла 4-я Восточно-Сибирская стрелковая дивизия, ее четыре полка были подкреплены полком дивизии Кондратенко. Они занимали линию обороны длиной в 28 километров, которые обойти с флангов было невозможно. Приказ об обороне передовой позиции Стессель отдал с большим запозданием. Сибирские стрелки занялись инженерным укреплением позиции: спешно рылись окопы и траншеи, оборудовались батарейные позиции, блиндажи, устанавливались проволочные заграждения, местами ставились фугасы.
Почти до середины лета воюющие стороны занимались собственными проблемами. Русская сторона укрепляла занимаемую передовую позицию и занималась дооборудованием крепостных сооружений. Японская сторона старалась ускорить темпы наращивания через порт Дальний сил осадной 3-й армии на Квантуне и тоже укрепляла свои позиции на полуострове, беспричинно ожидая контрнаступления противника. Почти ежедневно происходили перестрелки между отрядами боевого охранения, но до серьезного боя не доходило.
Командующий Соединенным флотом Того установил жесткую блокаду русской крепости со стороны моря. Ее рисунок выглядел следующим образом. Непосредственно перед Порт-Артуром, но вне досягаемости огня русских береговых батарей дозорную службу круглосуточно несли отряды миноносцев. Для помощи этим легким силам выставлялся дозор из отряда, как правило, легких, быстроходных крейсеров. Главные броненосные силы Соединенного флота находились в готовности к выходу в море на якорной стоянке у островов Эллиот или в ближайших корейских гаванях.
С целью более надежного и гарантированного блокирования порт-артурской эскадры во внутренней гавани японский флот активно минировал по ночам воды близ крепости. Вражеские минные поля стали «дополнением» к русским минным заграждениям. Однако морская минная война под Порт-Артуром оказалась победной не для японцев, а для защитников русской крепости.
15 мая минный заградитель «Амур» под командованием капитана 2-го ранга Ф.Н. Иванова поставил очередное минное заграждение из 50 контактных мин. Оно было выставлено с расчетом перекрыть наиболее вероятный путь движения вражеской броненосной эскадры при ее подходе к Порт-Артуру (примерно в 10 милях от берега) в целях бомбардировки крепости, города и внутренней гавани. Успех рядовой минной постановки превзошел все мыслимые ожидания.
Японские морские дозоры «просмотрели» минную постановку противной стороной. Через два дня, 17 мая, на новом заградительном минном поле подорвались неприятельские эскадренные броненосцы «Хацусе» и «Яшима» из подошедшего к Порт-Артуру блокирующего отряда (в составе 3 броненосцев и 2 крейсеров). Первый из них погиб на месте подрыва от детонации пороховых (снарядных) погребов. Род гибели «Хацусе» был схож с причиной гибели русского эскадренного броненосца «Петропавловск». Над кораблем взвился высокий столб бурого дыма, нос броненосца поднялся на мгновение над водой, и он быстро ушел под воду. В морской пучине нашли свою гибель 36 офицеров и 457 матросов.