Японское правительство сиогуната (одного из феодальных кланов Японии) было вынуждено пойти на подписание Канагавского договора (заключенного в префектуре Канагава на острове Хонсю) и открыло для свободной торговли, но при посредничестве сиогунских (правительственных) чиновников, американским купцам два порта — гавани Симода (на полуострове Идзу) и Хакодате. Помимо этого, Япония обязывалась оказывать покровительство потерпевшим кораблекрушение американским морякам. Примеру Соединенных Штатов незамедлительно последовали европейские морские державы (прежде всего Англия и Голландия), в их числе, вполне естественно, оказалась и Россия.
После «успешного» визита в Токио коммодора Пирри в порт Нагасаки из балтийского Кронштадта пришла русская эскадра в составе трех кораблей с экипажем численностью 463 человека под командованием вице-адмирала Е.В. Путятина — полномочного представителя России в Японии и Китае. Ему предстояло решить вопросы территориального разграничения и взаимовыгодной торговли. Путятин с эскадрой после трудного плавания прибыл в порт Нагасаки 10 августа 1853 года и был сразу встречен крайне недружелюбно. Объяснялось это просто: перед этим там побывала американская военная эскадра, которая грубо нарушила правила высадки иностранцев на берег.
Японские власти долго уклонялись от ведения дипломатических переговоров с посланником Российской империи и приступили к ним только в январе 1854 года. Русский вице-адмирал Путятин, в отличие от других европейцев уважительно относившийся к местным обычаям и нравам, сумел снискать популярность у местных жителей, оставив после себя добрую память. В деревне Хэда, где происходили переговоры, в 1969 году был основан музей, посвященный русскому адмиралу-дипломату.
Переговоры касались прежде всего установления государственной границы между Россией и Японией. Японская сторона в лице посланников сегуната Токугавы — Масанори Касая и Сеймо Кавадзи хотела провести ее по середине Сахалина и между островами Уруп и Итуруп Курильской гряды. Путятин же отстаивал полную принадлежность России Сахалина и Курил до острова Итуруп включительно.
В письме к Верховному совету — высшему органу японского правительства — от 18 ноября 1853 года российский полномочный посланник вице-адмирал Е.В. Путятин писал:
«Гряда Курильских островов, лежащая к северу от Японии, издавна принадлежала к России и находилась в полном ее заведывании. К этой гряде принадлежит и о. Итуруп, населенный курильцами и отчасти японцами. Но русские промышленники в давние времена имели поселения на этом острове…»
Японская сторона приводила собственные доводы принадлежности ей и острова Карафуто, и Курильской гряды. Ответы на эти доводы она даст сама себе спустя почти столетие. Профессор университета Токай в Токио Нобуо Мурога в середине XX столетия напишет, что точных данных о «первой» японской экспедиции, посланной якобы в 1636 году на Южный Сахалин, не имеется. По свидетельству профессора Хоккайдоского университета Синъи-тиро Танакура, карты приграничных районов Северной Японии (Эдзо) 1644 года, на которую были бы нанесены Курильские острова, не существует.
Среди прочего японская сторона утверждала, что в 1792—1793 годах их путешественник Риндзо Мамия исследовал восточное и западное побережья Карафуто и в одном месте поставил каменный памятник с надписью: «Это японская земля». Такое заявление никак не вязалось с законами «закрывшейся» от внешнего мира Страны восходящего солнца, в которой люди, совершившие подобные путешествия от берегов Японии, карались смертной казнью.
Однако с началом Восточной, или Крымской, войны 1853—1856 годов кораблям эскадры вице-адмирала Путятина пришлось уйти из Японии в Петропавловск-Камчатский, который предстояло защищать от союзной англо-французской эскадры, появившейся в северной части Тихого океана. Переговоры с Японией были на время прерваны.
Однако в 1854 году вице-адмирал Е.В. Путятин на фрегате «Паллада» предпринял вторую попытку завязать переговоры с японской стороной. 26 января 1855 года он заключает с Японией от имени Российского государства в местечке Симода первый русско-японский договор, получивший в истории дипломатии название Симодского. За государственные заслуги и географические открытия на Дальнем Востоке будущий полный адмирал и министр просвещения России Путятин был награжден орденом Белого Орла и произведен в потомственное графское достоинство.
Первый параграф Симодского договора гласил: «Отныне да будет постоянный мир и искренняя дружба между Россией и Японией. Во владениях обоих государств русские и японцы пользуются покровительством и защитою как относительно личной их безопасности, так и неприкосновенности их собственности».
По этому договору граница между двумя странами в Курильской гряде проходила между островами Итуруп и Уруп. Последний остров и северная часть Курил составляли владения России. Остров Сахалин (остров Карафуто или Крафто) оставался во власти двух государств.
Остров Сахалин (Карафуто, Крафто) оставался во власти двух государств, и граница там не устанавливалась: он оставался «не разделенным между Россией и Японией».
Путятин получил из Санкт-Петербурга правительственную инструкцию провести границу на Курилах в соответствии с фактическим положением дел.
Русским судам для захода и доставки товаров открывались три японских порта: Нагасаки, Симода и Хакодате. В одном из них мог находиться русский консул. Японцы открывали для русских для торговли на один порт больше, чем американцам. За приобретенные товары Россия могла расплачиваться своими товарами, а не только золотой и серебряной монетой, как было сказано в американо-японском договоре, заключенном несколько ранее в портовом городе Канагаве (Иокагаме).
Все права наиболее благоприятствуемой нации распространялись на Россию. Русские в Японии и японцы в России, в случае совершения ими преступлений, судились по законам своей страны. Подданные двух договаривающихся соседних государств пользовались в их владениях полной защитой. Она выражалась «как относительно их личной безопасности, так и неприкосновенности их собственности». Русский дипломат в звании вице-адмирала Российского флота добился решения главной задачи своей миссии — заключения со Страной восходящего солнца трактата о дружбе и торговле.
Симодский договор оставлял остров Сахалин в общем владении между двумя государствами. Известный исследователь русско-японских отношений Н.Д. Богуславский писал по этому поводу в 1904 году:
«Такое положение создалось в силу того, что остров, хотя посещался как японскими, так иногда и русскими промышленниками, не имел никаких административных органов, которые доказывали бы принадлежность его той или иной стране. Практической настоятельной необходимости в разграничении еще не было».
О миролюбивой позиции России при заключении с Японией Симодского договора свидетельствует хотя бы такой факт. Чтобы доказать дружественность своего отношения к соседней стране, был снят русский военный пост на юге Сахалина, основанный там Г.И. Невельским, что было воспринято японской стороной с пониманием.
Симодский договор получил свое закрепление и дальнейшее развитие в Иеддской (Эдоской) конвенции 11 декабря 1867 года. Она была заключена в городе Эдо, который в 1869 году получил Новое название — Токио. По ней Россия получала в Японии права по консульскому пребыванию и торговле наравне с другими европейскими державами. Но Иеддская конвенция по своему содержанию оказалась намного шире Симодского договора. Российской торговле открывались новые порты, и во всех из них могли пребывать русские консулы.
Все договоры, которые были заключены Японией с европейскими странами и США в начале второй половины XIX столетия, носили неравноправный характер. Только договор с Россией распространял все льготы, предоставляемые русским в Японии, и на японцев в России. По этому поводу японский историк X. Вала писал:
«Другого такого примера обоюдного предоставления наибольшего благоприятствования и установления равенства сторон не имеется».