В новом договоре предусматривалась возможность взаимовыгодного обмена половины Курильской гряды на весь остров Сахалин договаривающимися сторонами. Этот пункт Иеддской конвенции имел для России немаловажное значение. Суть его состояла в открытии на Сахалине месторождений каменного угля, которые можно было разрабатывать без больших капиталовложений. Сахалинский уголь намечалось использовать в качестве местного топлива для морского парового флота. В 1856 году на Сахалине были учреждены русские военные посты, и началась эксплуатация угольных копей. Такое обстоятельство делало для России обмен территориями с Японией крайне желательным.
Остров Сахалин продолжал оставаться неразделенным. В соответствии с положением Симодского договора генерал-губернатор Восточной Сибири Н.Н. Муравьев (Муравьев-Амурский) в начале августа 1859 года прибыл во главе эскадры в Эдо для переговоров о разграничении государственной границы в районе Сахалина. Муравьев заявил японской стороне, что Сахалин с давних пор принадлежит России и имеет большое значение для обороны ее дальневосточных земель, и предложил установить русско-японскую границу по проливу Лаперуза, оставив рыболовные промыслы японцев в неприкосновенности.
Делая такие предложения, восточносибирский генерал-губернатор руководствовался прежде всего геополитическими интересами Российского государства. Муравьев писал по этому поводу в Санкт-Петербург канцлеру A.M. Горчакову:
«Принимая в соображение, что права японцев на Сахалин столь же неопределенны, как и наши, что остров этот по обоим названиям своим — Сахалин и Карафуто — ничего японского в себе не заключает (по-японски Карафуто означает буквально «Остров китайских людей». — А.Ш.), я не мог согласиться ни на какое разделение его между Япониею и нами, и особенно в тех видах, что по слабости Японии всякое иностранное государство легко может овладеть той частью, которая признана будет японскою, утвердиться в ней и нанести нам с тем существенный вред на все будущие времена, особенно в отношении Лаперузова пролива, который составляет ближайший и единственный выход для наших судов из Татарского пролива в Восточный (Тихий) океан».
В ходе переговоров Муравьев напомнил японской стороне, что до появления японских рыбаков на Сахалине он считался «китайским островом» (Карафуто — Остров китайских людей), принадлежащим к району реки Амур (по-китайски Сахалян-ула), отошедшему к России по русско-китайскому Айгуньскому договору 1858 года. При этом было сказано, что на самом юге Сахалина, в заливе Анива, в местечке Кусюнкотан, еще в 1853 году был основан русский сторожевой пост Муравьевский.
Японская сторона не согласилась с доводами посла Российской империи. Генерал-губернатор Восточной Сибири Н.Н. Муравьев имел в своей эскадре девять боевых кораблей и мог, как это делали американцы и европейские державы, применить военную силу. Однако он имел строжайшие инструкции решить вопрос мирными средствами. Переговоры о Сахалине были на время прерваны.
В эти же годы решался вопрос о Цусиме — островах в Корейском проливе. На обладание этими островами претендовала Великобритания, которая в крайнем случае желала иметь в цусимском порту Имосаки свое военное присутствие. В таком случае враждебно настроенная к России «владычица морей» закрывала русским кораблям проход через Корейский пролив.
Россия, со своей стороны, была заинтересована в том, чтобы иметь на Цусиме незамерзающий порт. В 1861 году была предпринята попытка к созданию в Корейском проливе собственной флотской базы. Она была связана с личной инициативой командующего русской эскадрой в Тихом океане капитана 1-го ранга И.В. Лихачева, который хотел иметь для своих боевых кораблей незамерзающую стоянку. Такое предложение он направил главе морского ведомства России великому князю Константину Николаевичу.
Российское правительство не желало ухудшать отношения с Японией и предложило Лихачеву отказаться от такого замысла. Но великий князь Константин Николаевич разрешил своему подчиненному под личную ответственность заключить частную сделку с владельцем островов, князем Цусимы, на аренду участка земли для русской станции (базы). Но при непременном условии, если против этого не будут протестовать правительство Японии и западные державы. При этом учитывалось, что княжество Цусима, в отличие от других феодальных владений южной Японии, находилось в большой зависимости от правительства этой страны.
Лихачев отправил на Цусиму для ремонта корвет «Посадник» под командованием капитан-лейтенанта Н.А. Бирюлева. Тот прибыл 1 марта в бухту Осаки на одном из островов и добился от местных японских чиновников разрешения на выбор места не только для ремонта корвета, но и для сооружения склада для будущей стоянки русских кораблей и лазарета для больных моряков. Началось строительство «военно-морской станции» России на Цусиме.
Однако земля под строительство была отобрана японскими чиновниками у местных крестьян, что вызвало их крайнее недовольство. Обезземеленных крестьян поддержали вооруженные цусимские пограничные стражники. Произошло столкновение, в ходе которого русскими моряками был убит один из нападавших, а несколько стражников попали в плен. Об этом стало известно в столице Японии.
В августе того же года капитан-лейтенант Бирюлев оказал нажим на князя Цусимы и тот выдал письменное согласие сохранить «военно-морскую станцию» России в своих владениях, но при условии, если правительство микадо не будет против. Однако этому воспротивилось не только японское правительство, но и британский консул на Цусиме. Санкт-Петербург решил отозвать русский корабль с островов Цусима, и этим инцидент был исчерпан. Ответственность за него российское правительство возложило на Лихачева, который был заменен на посту командующего русской эскадрой в Тихом океане контр-адмиралом А.А. Поповым.
Однако налаживать добрососедские отношения России с Японией требовало само время. И прежде всего по вопросу о Сахалине. Было одно немаловажное обстоятельство для скорейшего решения сахалинской проблемы: в 1867 году Россия продала Соединенным Штатам Русскую Америку (Аляску) и Алеутские острова. Теперь она стала стремиться закрепить за собой те территории Дальнего Востока, которые еще никому не принадлежали — Приамурье и Уссурийский край, а также остров Сахалин. Иеддская конвенция своим пунктом о возможности обмена островными территориями способствовала решению этой проблемы.
Такой фактический обмен состоялся уже вскоре после заключения Иеддской конвенции — через 8 лет, по Иеддскому договору 10 августа 1875 года. Особую активность здесь проявил японский посол в России Буйо Эно-мото, выполнявший поручение своего правительства; острова Курильской гряды отходили к Японии, а южная часть острова Сахалин переходила в административное подчинение губернатору Приамурского края. Но это было лишь констатацией свершившегося факта: не японцы, а русские вели в те годы хозяйственное освоение Сахалина.
Царское правительство с 1867 года приступило к систематическому заселению отдаленного острова ссыльнокаторжными. Превращение Сахалина в место российской ссылки и каторги привело к сокращению количества свободных поселенцев, что в итоге заметно тормозило экономическое развитие огромного по площади и природным богатствам острова.
Через двадцать лет, в 1894 году, русскому вице-консулу в городе Хакодате пришлось писать своему послу в Токио по поводу такой «курильской» уступки российского правительства следующие строки:
«Обмен части о. Сахалина в 1875 г. на Курильские острова здесь не могут забыть. Мне npuшлось видеться с несколькими здешними жителями, которые все безусловно находят, что этот обмен, весьма корректный по форме, совершен в прямой убыток Японии».
В свою очередь, по свидетельству одного японского писателя (1880-е годы), русская сторона была недовольна таким «обменным» соглашением правительств России и Японии. Один из русских дипломатов в частной беседе сказал японцу:
«От обмена Курильских островов на Сахалин Россия не только не получила выгод, но наоборот, попала впросак, потому что, если Япония устроит сильный порт на каком-нибудь из Курильских островов и тем пресечет сообщение Охотского моря с Японским, Россия потеряет выход в Тихий океан и очутится как бы в сетях. Напротив, если бы она продолжала владеть Курильскими островами, Тихий океан был бы для нее всегда открыт».