Исследования природы, иммунологии и профилактики нейровирусных инфекций, кори, трахомы и других вирусных заболеваний продолжались Чумаковым в Институте неврологии АМН СССР с 1944 по 1950 год, а затем в Институте вирусологии АМН СССР, директором которого он был с 1950 по 1954 год.
В 1955 году начинается новый этап в деятельности Михаила Петровича, связанный с проблемой полиомиелита. В 1955 году по его инициативе создается Институт полиомиелита (ныне Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов) АМН СССР, которым он руководил до 1972 года и в котором работает до сего дня. Именно здесь были проведены фундаментальные многоплановые исследования, завершившиеся разработкой технологии и организацией крупносерийного производства живой полиомиелитной вакцины. За эту работу в 1963 году Михаил Петрович Чумаков вместе с Анатолием Александровичем Смородинцевым были удостоены Ленинской премии. Без преувеличения можно сказать, что эти два выдающихся ученых спасли бесчетное количество детей от страдания и гибели. А работа по борьбе с другими инфекциями продолжалась и продолжается по сей день...
Помню 80-летие А. А. Смородинцева. Приехал из Москвы М. П. Чумаков, несмотря на недуг, поразивший его еще в тайге в 30-е годы. И вот они рядом: коллеги, соавторы, подчас резкие оппоненты, выражаясь вирусологическим языком, интерферирующие в каких-то вопросах, а потом как бы вдруг — ближайшие союзники в борьбе за что-то (а иногда и с кем-то!). Но все это фон, а сейчас, во время юбилея, бесконечно близкие, прожившие целую жизнь в науке вместе — друзья и соратники. Когда-то А. А. Смородинцев был начальником М. П. Чумакова, но теперь Анатолий Александрович сказал: "Я понял, что Чумаков мне абсолютно ровня и... оставил его в покое, перестал воспитывать" (такое Смородинцев не говорил практически ни с ком из своих подопечных!).
И сегодня Михаил Петрович по-прежнему в строю. В его кабинет в коттедже № 7 около Института полиомиелита АМН СССР, созданного им в пятидесятые годы, сходятся нити со всего вирусологического мира. Позади экспедиции с великими открытиями и тяжелыми потерями, руководство Институтом вирусологии, потом — Институтом полиомиелита.
Не ослаб интерес ни к возбудителям нейровирусных инфекций, ни геморрагических лихорадок, но появился интерес к... гриппу. М. П. Чумаков берется за внедрение новой гриппозной вакцины, он руководит людьми, планирует и анализирует эксперименты, пишет, диктует и... заботится. Чумаков сегодня — это не только патриарх советской вирусологии, Ленинский лауреат, Герой Социалистического Труда, академик, но это и... совесть, и душа всей этой науки. А рядом с его столом — бесчисленные фотографии с подписями на разных языках — Сэбин и Мельник, Павловский, Зильбер, Смородинцев... Он — их друг и соратник — в строю!
Вл. Солоухин об академике АМН СССР В. И. Вотякове:
...1943 год. Вениамин Иосифович Вотяков — выпускник 2-го Московского медицинского института в звании капитана медицинской службы направляется на фронт, в действующую армию и заканчивает войну в Венгрии в звании майора.
После войны, окончив аспирантуру, он соглашается занять кресло директора в Белорусском научно-исследовательском институте эпидемиологии и микробиологии. Это было трудное время. На территории опустошенной республики свирепствовали страшные заболевания, и всем сотрудникам института, но в первую очередь — его директору, приходилось постоянно выезжать в далекие и близкие районы и области для оказания практической помощи органам практического здравоохранения в ограничении и ликвидации эпидемий.
В пятидесятые годы, казалось бы, не до "чистой" науки, но мысль о ней начинающего ученого не оставляет. И первым реальным шагом в этом направлении стало изучение и создание нового препарата оспенной вакцины. В те годы многие учреждения страны выпускали такой препарат, но, к сожалению, назвать его безупречным было нельзя. Белорусская вакцина оказалась одной из лучших в мире. Ее авторы получили медали и дипломы ВДНХ, но самое главное: после внедрения этой вакцины в практику была закрыта в институте лаборатория по изучению поствакцинальных осложнений (не только смертельные исходы, но тяжелые осложнения вообще перестали регистрироваться).
В 1969 году Вениамин Иосифович Вотяков организует в институте отдел поиска и изучения противовирусных препаратов. Уже через полгода Президиум Академии медицинских наук создает Проблемную комиссию союзного значения "Химиотерапия и химиопрофилактика вирусных инфекций", председателем которой назначается профессор Вотяков. Белорусский институт эпидемиологии и микробиологии, один из немногих периферийных институтов, становится в стране головным по проблеме.