Справившись с Казанью, он предпринял давно задуманный поход против Новгорода, главы русских республик. Если свержение татарского ига являлось в его глазах первым условием величия Московии, то вторым было уничтожение русской вольности. Так как Вятская республика объявила себя нейтральной по отношению к Московии и Орде, а Псковская республика с ее двенадцатью пригородами обнаружила признаки недовольства, Иван начал льстить последней и сделал вид, что забыл о первой, тем временем сосредоточив все свои силы против Великого Новгорода, с падением которого, он понимал, участь остальных русских республик будет решена. Удельных князей он соблазнил перспективой участия в разделе этой богатой добычи, а бояр привлек на свою сторону, использовав их слепую ненависть к новгородской демократии. Таким образом ему удалось двинуть на Новгород три армии и подавить его превосходящими силами. Но затем, чтобы не сдержать данного князьям обещания и не изменить своему неизменному "vos non vobis"
("использовать вас, но не для вашей пользы" (латин.). Ред), и, вместе с тем, опасаясь, что из-за недостаточной предварительной подготовки еще не сможет поглотить Новгород, он счел нужным проявить неожиданную умеренность и удовольствоваться одним лишь выкупом и признанием своего сюзеренитета. Однако в грамоту, в которой эта республика изъявляла покорность, ему ловко удалось включить несколько двусмысленных выражений, делавших его ее высшим судьей и законодателем. Затем он стал разжигать распри между патрициями и плебеями, потрясавшие Новгород так же, как Флоренцию. Воспользовавшись некоторыми жалобами плебеев, он снова явился в Новгород, сослал в Москву закованными в цепи тех знатных людей, которые, как ему было известно, относились к нему враждебно, и нарушил древний закон республики, в силу которого "никто из граждан никогда не может быть подвергнут суду или наказанию за пределами ее территории".