Двайсет и шести полк продължи да тормози и да задържа врага, да забавя неизбежната обсада на Батаан. Макартър премести филипинското правителство и по-голямата част от армията си на полуострова, но за команден пост избра един бункер на остров Корегидор, където беше струпано тежко въоръжение за отбраната на залива Манила. Силите му енергично започнаха да заемат отбранителни позиции из Батаан. С шлепове превозваха войници и припаси от Манила в неистов опит да се окопаят. Планът беше да натрупат достатъчно храна, за да изхранват четиридесет и пет хиляди войници за шест месеца.
В крайна сметка осем-десетхилядна войска и двайсет и пет хиляди цивилни се оттеглиха на полуостров Батаан. В средата на януари оттеглянето беше пълно и завърши успешно.
След като американските сили отстъпиха на полуострова, японците бързо се опитаха да ги задушат с пълна блокада по въздух и вода. От прекалена самоувереност те допуснаха тактическа грешка — оттеглиха елитните си дивизии на други места из Тихия океан и ги замениха с не толкова опитни войски. Щяха да поправят грешката си, но тя удължи с месеци и обсадата, и страданията.
През първите седмици от Битката за Батаан японците понесоха тежки загуби, защото американците и филипинците се сражаваха ожесточено в защита на последната си твърдина. Техните загуби бяха много по-незначителни, но загиналите нямаше как да бъдат заменени. Японците разполагаха с неизчерпаеми запаси от хора и оръжие и седмици наред обстрелваха жертвите си с тежка артилерия и безмилостни нападения по въздух.
Условията на Батаан бързо се влошаваха. Седмица след седмица американците и филипинците се сражаваха полугладни. Войниците приемаха средно по две хиляди калории дневно, около половината, необходими за тежки битки. Изпитваха остър глад, а провизиите им се топяха, което се дължеше най-вече на друга необяснима грешка на Макартър. В бързината да укрепи силите си на Батаан той заряза по-голямата част от хранителните продоволствия. Само в един склад бяха изоставени тонове ориз, с които армията му можеше да се изхранва години наред. Много от офицерите го умоляваха да натрупа запаси от храна на Батаан, но той отказваше да ги послуша. Когато го осведомиха, че хората му гладуват и се оплакват жестоко, той постави всички военни части на половин порцион. В писмо до войниците си им обеща подкрепления. Написа, че „е изпратена многохилядна войска и стотици самолети. Точното време на пристигане на подкрепленията е неизвестно“, но помощта била на път.
Беше лъжа. Тихоокеанският флот беше пострадал жестоко при нападението над Пърл Харбър и нямаше с какво да пробие японската блокада. Филипините бяха изцяло изолирани. Вашингтон го знаеше, Макартър също.
Докато гладуваха, войниците се хранеха с всичко, което се движи. Ловяха карабао — филипинските водни биволи. Жилавото и твърдо месо трябваше да се накисва и вари в солена вода и да се чука силно, за да може да се сдъвче. Обикновено го консумираха с каша от гнил ориз. Когато биволите намаляха, започнаха да убиват коне и мулета, но кавалеристите от Двайсет и шести полк отказваха да ядат любимите си животни.
Прегладнелите войници ловяха диви прасета, горски гущери, дори гарвани, екзотични птици и змии, включително кобри, каквито имаше в изобилие. Каквото и да убиеха, пускаха месото в общ казан и варяха яхния. През февруари на Батаан не остана нито едно манго или банан, а хората ядяха дори трева и листа. Полуостровът беше заобиколен от Южнокитайско море, прочуто с изобилието си от риба. Оказа се обаче невъзможно да я ловят. Беше чисто самоубийство да се опитват да влязат във водата.
Недояждането беше повсеместно. В началото на март физическото състояние на войниците беше толкова влошено, че те не бяха в състояние да патрулират, да правят обсади и да предприемат нападения. Загубата на тегло беше потресаваща — всеки беше отслабнал с петнайсет-двайсет килограма.
На 11 март Макартър получи заповед от Вашингтон и избяга от Корегидор със семейството и висшите си офицери. Пристигна благополучно в Австралия, където установи командването си. Макар да не беше извършил никакви бойни подвизи и да беше изоставил армията си, Макартър получи Медала на честта за смелата отбрана на Филипините.
Измършавелите войници, който той заряза на Батаан, нямаха сили да воюват. Ставите им бяха отекли, венците им кървяха, стъпалата и ръцете им се вдървяваха, имаха ниско кръвно, загуба на телесна топлина, тресяха се и страдаха от толкова сериозна анемия, че мнозина не можеха да ходят. Недохранването скоро предизвика силна дизентерия и диария, чак до припадък. Батаан беше провинция, където дори в мирно време имаше малария, а войната снабди комарите с безброй нови мишени. След ухапване мъжете получаваха треска, обливаха се в пот и на моменти ги полазваха студени тръпки. В края на март хиляди бяха заразени с малария. Повечето офицери се разболяха.