Операция длилась уже несколько часов, когда прибыл начальник Кручитти – Джанкарло Кастильоне. Весть о трагическом происшествии настигла его в Милане. Он сразу же сел в самолет и подоспел в клинику Джемелли в нужное время, чтобы взять продолжение операции в свои руки. Кастильоне, Кручитти и Сальгарелло промыли брюшную полость и установили пять дренажей – силиконовых или резиновых трубок для выведения лишней жидкости из живота. Затем они закрыли брюшную стенку. Врачи сделали рентгеновские снимки, однако обнаружить пулю им так и не удалось. Выходное отверстие было найдено позднее в левой ягодице папы, значит, пуля все еще оставалась в папамобиле.
С момента, когда врачи приступили к оказанию помощи пациенту, и до того, как они закончили обрабатывать раны на указательном пальце и плече, прошло 5 часов и 25 минут. Разумеется, наши герои – Сальгарелло и Кручитти – были не в силах полноценно ответить на все вопросы журналистов, однако это сделал Кастильоне. Он принялся разглагольствовать – нужно заметить, с большим драматизмом, – о чуде. «Подобный случай вы не встретите ни в одной книге по анатомии! Такого просто не может быть, чтобы пуля прошла навылет и оставила невредимыми такое количество жизненно важных органов», – сказал он. Это, конечно, абсурд. Строение организма папы было совершенно обычным, и, кроме того, кишечник, где в общей сложности нашли шесть отверстий, и простреленная крестцовая кость, из-за который были потеряны три литра крови, являются весьма жизненно важными органами. Вероятно, он имел в виду, что при другой траектории пуля повредила бы крупные кровеносные сосуды. В этом случае три четверти часа между выстрелом и операцией могли оказаться фатальными. Впрочем, позднее папа внес свой вклад в создание мифа. Он заявил во всеуслышание, что снарядом «управляла рука матери», то есть именно благодаря прямому вмешательству Марии пуля прошла через нижнюю часть живота Иоанна Павла II.
18 мая 1981 года, через пять дней после операции, в отделении интенсивной терапии больницы Джемелли папа отпраздновал свой шестьдесят первый день рождения. 3 июня он наконец покинул лечебное учреждение. Из-за многочисленных переливаний крови он заполучил цитомегаловирус (лат. Cytomegalovirus, CMV), возникла раневая инфекция послеоперационного рубца. И уже 20 июня ему пришлось вернуться в больницу. После экстренной операции, при которой стул попадает в брюшную полость, появление раневой инфекции – не редкость. Это приводит к тому, что брюшная стенка плохо заживает, вследствие чего, спустя довольно большой промежуток времени, может сформироваться грыжа послеоперационного рубца, которую снова придется оперировать. Даже папу римского не миновала эта участь. Перитонит, однако, прошел довольно безболезненно, и Войтыла хотел как можно скорее избавиться от стомы. Не прошло и десяти недель после нападения, как 5 августа Кручитти, во время короткой 45-минутной операции, воссоединил два конца толстого кишечника, и через девять дней папа смог вернуться домой.
Папамобиль был оснащен пуленепробиваемой стеклянной кабиной. Агджа, который позднее стал утверждать, что он ни много ни мало Иисус Христос, провел девятнадцать лет в итальянской тюрьме, где Кароль Войтыла его неоднократно навещал. Затем он отбывал наказание еще десять лет, но уже в турецкой тюрьме. В 2010 году он вышел на свободу. Белая с кровавыми пятнами футболка швейцарской марки нижнего белья Hanro, которая была на Иоанне Павле II во время нападения, хранится как реликвия в часовне сестер конгрегации Дочерей Божьей Любви в Риме. Сальгарелло и его коллеги были удостоены от Ватикана высшей награды – ордена Святого Григория Великого.
В конце 1993 года папа упал с лестницы, вывихнув при этом плечо. В 1994 году он поскользнулся в ванной и сломал бедро. Его прооперировали и поставили протез тазобедренного сустава. В 1995 году было спланировано еще одно покушение на папу, на этот раз Аль-Каидой на Филиппинах. Однако и этот преступный замысел ждала неудача. В 1996 году папу с подозрением на аппендицит положили в больницу, где и прооперировали.
Папа уже был стар, но чувства юмора не утратил. Вскоре после операции по замене тазобедренного сустава эндопротезом, когда папа с искаженным от боли лицом силился подняться из своего кресла после одного из публичных выступлений, он с блестящим остроумием процитировал Галилео Галилея, сказав: «Eppure, si muove!» (И все-таки он вертится!)
Ухудшение здоровья пожилого папы тщательно документировалось средствами массовой информации. В 2005 году ему, уже страдавшему деменцией, поставили трахеостому (искусственное дыхательное горло), потому что он больше не мог как следует откашливаться. Месяц спустя Иоанн Павел II умер от инфекции мочевых путей. Он, несомненно, был самым часто оперируемым папой всех времен. В 2014 году Иоанна Павла II причислили к лику святых.