2(15) ноября 1907 года в Морском министерстве состоялась очередная аттестация старших офицеров органов управления военно-морскими силами. Среди первоначально поданных на аттестацию штаб-офицера высшего оклада Морского Генерального штаба имени А. Н. Щеглова вообще не оказалось. Он вовремя заметил. Извинились — описка, матросик, дескать, новый, «Ундервуд» ещё не освоил...
Во второй список Щеглова внесли. Однако на заседание, где проходило голосование, «забыли» пригласить шестерых старших штаб-офицеров нового органа — Морского Генерального штаба, ближайших сподвижников Щеглова, и в итоге 23 из 45 членов комиссии проголосовали против его аттестации. Официальная мотивировка постановления звучала так: ленив, нерешителен, неспособен в приобретении новых знаний. И всё это он, Щеглов — создатель Морского Генерального штаба, инициатор организации Военно-морской Академии!
Трое суток телефонные барышни Петербурга тщетно прозванивались в его квартирку на Адмиралтейском канале. Поддерживали друзья. Первым, как всегда, был выдержанный, внешне спокойный Саша Колчак. Негодовал энергичный, под стать Щеглову, помощник начальника Генмора капитан 2-го ранга А. В. Шталь.
6(19) ноября 1907 года морскому министру И. М. Дикову, о котором в 1951 году знавшие его скажут осторожно «немножко самодур», была подана докладная записка (копия её хранится и поныне в личном деле А. Н. Щеглова среди прочих документов в Военно-морском архиве в Санкт-Петербурге). Кратко и достойно перечислив всю свою службу — от плавания вахтенным офицером в Средиземном море до разработки курса лекций по военно-морской истории, — А. Н. Щеглов решительно отмёл как несообразные выводы комиссии, которую назвал хлёстко — тирания толпы». «Порядок, который сложился в Морском ведомстве, — писал Щеглов, — на руку всему бездарному... При его продолжении произойдёт естественный отбор и продвижение ничтожества. Те же люди, которые хоть на один миллиметр выше общего уровня, покинут флот без сожаления, так как нельзя служить случайной власти».
Докладная никого не потрясла, ничего не взорвала. Борьба между чиновными старцами в руководстве Морского министерства и молодёжью в Морском Генеральном штабе затягивалась. Предложения Щеглова о разведслужбе, о координации усилий военно-морской и военной сухопутной разведок канули в недра громадных генеральных столов.
Правда, А. Н. Щеглов, как лично известный государю и «благополезный» офицер, уволен не был. Однако и развернуться ему не давали.
Они ушли, как и пришли в Генмор, вместе: Александр Васильевич Колчак убыл командовать судном в экспедиции Северного Ледовитого океана, Александр Николаевич Щеглов получил возможность на практике реализовать свои идеи о разведке.
Много позже, весной 1918 года в Стокгольме, Щеглов вспоминал работу в Турции как самые счастливые годы жизни. Привычно перебирая любимые янтарные чётки, под серым мартовским небом Швеции Щеглов мысленно видел другую весну и другое море...
Стамбул 1909 года, когда туда попал Щеглов, представился ему калейдоскопом старого и нового.
Уже прошёл год, как по стране прокатилась мощная революция, совершенная в 1908 году младотурками. К власти пришли новые, энергичные люди, хотевшие обновления одряхлевшей Османской империи. Куда они поведут обширную и богатую страну, владычицу черноморских проливов и многих стратегических пунктов на Суэце, в Красном море и Персидском заливе?
Тогда, в 1908—1909 годах, в Петербурге на сей счёт ясности не было. Необходим был свежий взгляд, непредвзятый и острый ум аналитика, требовалось знание всего региона — политики, быта, нравов, идеологии, ситуации на флоте. Нужно было за экзотической империей османов, привычными картинами гаремов, янычар и одалисок, которые бойко рисовала и русская, и европейская рука поспешного наблюдателя, увидеть и описать старого, но по-новому сильного противника.
Выбор пал на Щеглова. Это была идеальная кандидатура. Знание Средиземноморья, языков, обычаев, неординарность взглядов...
Тогда, в 1909 году, прибыв в Стамбул на должность старшего военно-морского агента (то есть атташе) России, А. Н. Щеглов поразился развязности тона и поверхностности оценок, которые давал всем событиям на Ближнем Востоке посол Н. В. Чарыков, гофмейстер двора Николая II. Генерал от паркетной службы, Чарыков заверял царя, беспечно проигравшего войну японцам, что Османская империя после своей революции 1908 года уже «совсем ручная», а младотурки так и «вообще одержимы идеей дружбы с русскими». Что же до создания сильного Черноморского флота, в своё время «зубной боли» царя Николая I, так «они, турки, на то ни средств, ни желания не имеют».