В ночь на 22 марта, скрытно преодолев по нейтральной полосе 300 метров, отделение управления внезапно наткнулось на пулемётное гнездо.
— Kameraden, nicht schießen! Не стреляйте! — закричал командир отделения Гюнтер Кляйн. — Мы свои, разведывательный дозор, просто сбились с пути…
Получив разрешение, «разведчики» приблизились и мгновенно обезоружили расчёт, а сам MG-42 вывели из строя. Через образовавшуюся в немецкой обороне брешь просочились оба антифашистских взвода, которые рассредоточились и выдвинулись к окопам. Находившиеся в них солдаты дали себя обезоружить и были направлены к пункту сбора военнопленных.
Тем временем ударная группа фельдфебеля Арно Борнмана продолжила продвижение вглубь немецких позиций и в итоге достигла КП роты, захватив её командира. Дальше за КП находились фольксштурмисты, но Петер получил по рации приказ возвращаться, поскольку начинался рассвет. С собой антифашисты привели 35 пленных, ещё 10 оказавших сопротивление были уничтожены. Собственные потери составили одного убитым и двух ранеными. И хотя командиру роты 561‑й дивизии удалось бежать, в отобранной у него полевой сумке оказалась схема участка обороны роты и другие документы, представлявшие несомненный интерес. «Через неделю после этой операции советское командование изложило конкретный план штурма Кёнигсберга, согласно которому самый концентрированный удар наносился на участке 561‑й дивизии», — рассказала научный сотрудник Калининградского историко-художественного музея Наталья Быкова в своей монографии «Свободная Германия в штурме Кёнигсберга».
Перед самым штурмом антифашистам доверили выбить из вражеской обороны форт № 3 «Фридрих Вильгельм I». На рассвете 5 апреля группа из 79 человек, которой командовал Альфред Петер, вновь попыталась под видом возвращающегося дозора вклиниться в боевые порядки 367‑й пехотной дивизии. Однако на этот раз расчёт не оправдался — наблюдателей противника насторожила слишком большая численность «дозора», и на всём участке немедленно подняли тревогу. В завязавшемся бою антифашисты уничтожили пулемётный расчёт, но попали под сильный огонь из форта и были вынуждены отойти. Девять человек были ранены. Как было отмечено в рапорте Антифашистской школы, при проведении операции особо отличились: фельдфебель Арно Борнман, унтер-офицеры Курт Кнооб, Гебхард Кунце, Харри Лау, обер-ефрейторы Эгон Лоберт, Якоб Петри, Герман Штарк, Ганс Дитрих, Август Краузе, Ганс Шляйншок, Карл-Хайнц Майснер, Альберт Крафт, ефрейторы Хельмут Фиркант, Гюнтер Кляйн и Генри Абратис.
В ходе штурма Кёнигсберга в ночь с 8 на 9 апреля более 70 курсантов Антифашистской школы разместились в доме № 9 по Штегеманштрассе (ныне улица Чернышевского), а рано утром 9 апреля две группы по пять человек в каждой с белым флагом направились к Новому театру (ныне Калининградский областной драматический театр) и зданию Главной почтовой дирекции (сегодня там располагается штаб Балтийского флота) на Ганза-ринг (ныне част проспекта Мира). Завидев парламентеров, к ним устремилась толпа женщин, детей, стариков и солдат, желавших под защитой белого флага вырваться из района кровопролитных боёв. К сожалению, державшие оборону гитлеровцы открыли по беззащитным людям огонь. Многие погибли, и в их числе антифашисты лейтенант Теске, обер-ефрейтор Курт Тальке и рядовой Герман Каудаш.
Вклад НКСГ во взятие Кёнигсберга был высоко оценен советским командованием. Альфред Петер был награждён орденом Отечественной войны I степени, Гебхард Кунце и Альфонс Шрайбер — орденами Отечественной войны II степени.
Слушателям Антифашистской школы 1‑го Украинского фронта, которая в 1945 году размещалась в Кракове, устроили посещение лагерей смерти Майданек и Освенцим. После этого они обратились к командованию Красной армии с просьбой отправить их на фронт, чтобы принять участие в скорейшем уничтожении нацизма. В ночь на 6 мая 1945 года 80 слушателей, из которых было сформировано три взвода, во главе с преподавателем школы лейтенантом Хорстом Фитом проникли вместе с подразделением Красной армии на позиции окруженного гарнизона Бреслау с заданием захватить эсэсовский командный пункт. Группе удалось приблизиться к КП, перерезав связь со штабом гарнизона. Несколько солдат противника были захвачены в плен. Однако вскоре группа попала под сильный огонь, и ей пришлось отступить.