1-е отделение (г. Москва и Московская обл.);
2-е отделение (УССР, Молдавская ССР, Крымская АССР);
3-е отделение (БССР);
4-е отделение (области РСФСР, Карело-Финская ССР);
5-е отделение (Литва);
6-е отделение (Латвия);
7-е отделение (Эстония);
8-е отделение (вербовка спецагентуры из числа з/к лагерей);
9-е (информационно-учетное) отделение
3-й отдел (взрывное дело, подготовка взрывников) – Осипов В. П. 18.01.42–05.04.42
1-е отделение (техническая подготовка);
2-е отделение (оперативное);
3-е отделение (материально-техническое снабжение);
1-й и 2-й отряды взрывников.
4-й отдел (разработка средств террора и диверсии) – Филимонов М. П. 18.01.42–01.06.42
1-е отделение («Д»);
2-е отделение («ТН»);
3-е отделение (подготовки);
4-е отделение (материально-техническое).
Отдельная рота саперов
Штаб истребительных батальонов и партизанских отрядов
1-е отделение (истребительные батальоны);
2-е отделение (партизанские отряды).
Общая численность центрального аппарата Четвертого Управления – 113 человек[36].
Структура Четвертого управления НКВД СССР на 1 июня 1942 года
Руководство
Секретариат – Бондаренко Н. Г. 18.01.42–14.05.43
1-й отдел (оккупированные территории БССР, ЛитССР, ЛатвССР, ЭССР, Карело-Финской ССР, Ленинградской, Мурманской, Архангельской обл.) – Мельников Н. Д. 18.01.42–06.03.43
2-й отдел (Закавказье, Дальний Восток, Московская, Смоленская, Тульская и Калининская обл.) – Какучая В. А. 01.06.42–07.05.43
3-й отдел (УССР, МССР, Краснодарский край, Курская, Орловская, Ростовская и Воронежская обл.) – Дроздов В. А. 01.06.42–24.04.43
4-й отдел (взрывное дело, подготовка взрывников) – Орлов М. Ф. 06.02.43–14.05.43
5-й отдел (разработка средств террора и диверсии) – Филимонов М. П. 01.06.42–14.05.43
Информационно-учетное отделение – Комаров М. И. 01.06.42–14.05.43[37]
Структура Четвертого управления НКГБ СССР в 1943 году
Руководитель – Судоплатов П. А. 14.05.43–15.10.46
Зам. нач. 4-го управления – Эйтингон Н. И. 14.05.43–15.10.46
Секретариат – Бондаренко Н. Г. 14.05.43–01.10.43; Бочаров Г. В. 01.10.43–01.07.45
1-й отдел (оккупированные территории РСФСР, Карело-Финской ССР, русские фашистские формирования) – вакансия 14.05.43–21.08.43; Шарок Г. Ф. 21.08.43–09.10.43
2-й отдел (оккупированные территории БССР и Прибалтики) – Маклярский И. Б. 14.05.43–14.05.45
3-й отдел (оккупированная территория УССР и украинские национальные формирования) – Сташко Л. И. 14.05.43–12.07.44
4-й отдел (оккупированные территории Крыма, Северного Кавказа и Закавказья, борьба с фашистскими формированиями среди азиатских народностей и антисоветскими формированиями среди мусульманского духовенства на оккупированной территории) – Гукасов А. С. 14.05.43–12.07.44
5-й отдел (отдел спецподготовки и связи, парашютно-десантная служба, радиосвязь и подготовка радистов, обучение агентуры использованию спецсредств, лаборатории по производству и испытанию ядов и токсинов) – Филимонов М. П. 14.05.43–09.10.46
6-й отдел (специальные мероприятия: минирование, разработка диверсионной техники, материально-техническое снабжение) – Орлов М. Ф. 14.05.43–09.10.46
7-й отдел (оперативный: наружное наблюдение и установка, производство обысков и арестов, ведение следствия; изготовление документов и проведение «литерных мероприятий») – вакансия 14.05.43 —?
8-й отдел (учетно-информационный) – Федичкин Д. Г. 14.05.43–01.08.43[38]
Структура Четвертого управления НКГБ СССР в 1944 году
Руководитель – Судоплатов П. А.
Зам. начальника 4 управления – Эйтингон Н. И. 14.05.43–15.10.46
Секретариат – Бочаров Г. В. 01.10.43–01.07.45; Бочаров Г. В. 01.09.45–01.11.45
1-й отдел (УССР, БССР, Прибалтика, восточные формирования) – Гукасов А. С. 12.07.44–02.02.45
2-й отдел (разведка и диверсионная работа в Германии) – Маклярский И. Б. 14.05.43–14.05.45
3-й отдел (разведка, диверсионная работа и выполнение спецзаданий в Польше, Чехословакии, Югославии) – Сташко Л. И. 14.05.43–12.07.44; Маклярский И. Б. 12.07.44–14.05.45; Маклярский И. Б. 15.09.45–09.10.46
36
Колпакиди А. Ликвидаторы КГБ. – М., 2004. – С. 11; Петров Н. Кто руководил органами госбезопасности. 1941–1953 годы. – М., 2010. – С. 28.
38
Петров Н. Кто руководил органами госбезопасности. 1941–1953 годы. – М., 2010. – С. 52–53.