Поскольку авиакорпус находился в подчинении Ставки Верховного Главнокомандования, он не входил в состав какой-нибудь Воздушной Армии и перебрасывался с фронта на фронт. Соединению Савицкого довелось участвовать в боях на Кубани и в Крыму, Белоруссии. Прибалтике и в Берлинской операции.
В состав 3 ПАК Савицкого вошли 265 п 278 И АД. уже успевшие повоевать и находившиеся и тылу на переформировании. Хотя командирами в подразделениях были опытные пилоты, большинство рядовых лётчиков были новичками. Савицкий немедленно встретился с командирами обеих дивизии и полков, а затем и с командирами всех эскадрилий. Савицкий провёл тренировочные воздушные бои с каждым из командиров, чтобы оценит ь их сильные и слабые стороны.
В течение первых месяцев 3 ИАК не участвовал в боевых действиях — его пилоты занимались интенсивными тренировками. В их ходе Савицкий использовал трофейный Bf 109 в лётном состоянии, чтобы дать лётчикам ознакомиться с возможностями вражеского самолёта до начала реальных схваток. Позднее, когда 3 ИАК уже воевал, Савицкий взял за правило регулярно брать в качестве ведомых новых и неопытных лётчиков, чтобы позволит обрести им боевой опыт и уверенность. Как способ повысить мораль и облегчить опознавание своих самолётов, на всех истребителях корпуса в носовой части была нанесена эмблема в виде крыла. Верховное Главнокомандование решило использовать 3 ИАК для усиления действующей на Кубани 4-й Воздушной Армии. Перед отправкой на фронт Савицкий был вызван в Кремль для встречи со Сталиным, который подчеркнул важность стоящей перед ним задачи.
Первый боевой вылет Савицкого вместе со своим корпусом состоялся 20 апреля 1943 года, летчики обеспечивали воздушное прикрытие плацдарма советских войск у Мисхано. В тот день корпус уничтожил 47 немецких самолётов, один из которых записал на сноп счет командир. Неделю спустя Як-1 Савицкого был подбит стрелком "Штуки" и пилот выпрыгнул с парашютом над Черным морем. Вскоре его подобрал катер, В сентябре Савицкий продемонстрировал другой вид отваги — он защитил своих пилотов от несправедливого обвинения командующего Воздушной Армией генерала Горюнова. М.В.Федоров из 812 ИАП был послан со своей эскадрильей прикрывать конницу генерала Кириченко от атак немецких бомбардировщиков, но ею самолеты были перехвачены истребителями сопровождения. В результате два Яка было сбито, понесли ущерб и кавалеристы. Прибывшие по приказу Горюнова следователи из военного трибунала приговорили Федорова и командира полка Николаенкова к длительным срокам заключения (которые они должны были отбывать после войны), лишению званий с направлением в штрафные части. Узнав об этом, Савицкий встал на их защиту и обратился к командующему армией.
После его вмешательства часть обвинений с пилотов была снята, и вместо отправки в штрафной батальон им позволили остаться в корпусе. В конце войны все обвинения были сняты, поскольку оба офицера искупили свою вину, достойно сражаясь в воздухе. После этого случая Савицкий часто брал с собой Федорова ведомым, демонстрируя свое доверие к нему. Иван Васильевич Федоров окончил лётную школу в марте 1941 года и был послан служить на Дальний Восток. Он пробыл там до конца 1942 года, когда его перевели в 812 ИАП, ставший одним их лучших полков в корпусе Савицкого. На Як-1 Федоров впервые пошел в бой на Кубани, а первую победу он одержал 20 апреля. Бой в тот день прошел неудачно для советских пилотов — атакуя Ju-87 эскадрилья нарушила строй, чем воспользовались истребители прикрытия. Было сбито семь Яков, хотя немцы тоже потеряли семь Ju 87 и четыре Bf 109. 6 дней спустя Федоров сбил FW 189, но снова был перехвачен истребителями эскорта, и ему пришлось сделать вынужденную посадку.
10 мая Федоров возвращался с задания на одном из шести уцелевших истребителей полка, с почти израсходованными боевыми припасами и топливом, и был перехвачен шестеркой Bf 109. Он сумел сбить одного атакующего и, когда его Як был подбит, таранил второго, после чего воспользовался парашютом. За три недели боёв Федоров одержал шесть побед и был дважды сбит. Его полк был отведён в тыл для перевооружения на Як-9. Утром 26 сентября Федоров в одном вылете сбил три бомбардировщика, а вечером произошел описанный ранее инцидент с прикрытием конницы.
В начале 1944 года Федоров получил Як-9Т, на котором он одержал 15 побед. Ему также довелось полетать и на Як-9К с 45-мм мотор-пушкой. К августу 1944 года Федоров сделал 285 боевых вылетов и в 62 воздушных боях сбил 24 самолёта, а ещё девять уничтожил на земле. 21 сентября он был произведен в капитаны, 26 октября получил звание Героя Советского Союза. Осенью того же года полк Федорова перевооружился на Як-3. Следующее крупное наступление советских войск началось 12 января 1945 года, и к началу февраля 812 ИАП базировался в Реппене, всего в 60 км от Берлина. 4 февраля полк был атакован гремя волнами Fw 190, включая две группы Fw 190Г), один из которых стал жертвой Федорова. В марте, летая в одном звене с Савицким, он сбил ещё один Fw 190, когда началась схватка с большой группой немецких истребителей, сопровождавших начиненный взрывчаткой беспилотный Ju 52/3 m. Последней победой Федорова снова стал Fw 190, сбитый над Берлином в ночь с 20 на 21 апреля.