Религиозная философия стала пользоваться дурной славой. Веревка номинализма давила дыхательное горло, через которое дышали философы. Вскоре после начала английской Реформации оксфордцы начали рвать тяжелые тома Дунса Скота и выбрасывать их в корзину. Его величественные построения оказались никому не нужными. Данное отношение к Дунсу Скотту было не следствием, а сущностью Реформации.
Критики XV и XVI веков погрязли в мелочах, которые пытались разрешить схоласты. Их представление о рациональности теологии закончилось вместе с верой в возможности логических умозаключений. Оно связано со скандалом, последовавшим после того, как схоласты пытались выяснить, какое количество ангелов сможет находиться на острие булавки.
В частности, Фома Аквинский считал, что если ангелы обладают Божественной сущностью, то они могут быть одновременно во многих местах. С точки зрения аксиомы, выдвинутой Аквинским, на эти вопросы казалось возможным найти ответы.
Номиналисты считали подобные построения надуманными, поскольку на них нет ответов в Священном Писании или в определениях церкви и их нельзя объяснить разумно. С точки зрения номиналистов, Фома Аквинский оказался слишком самонадеянным вместо того, чтобы искать настоящее решение реальных проблем.
Для Эразма и для первых реформаторов, воспитанных в обществе, скептически относящемся к метафорической причине, понятие «силлогизм» пахло абсурдностью и самодовольством. Эти предсказатели, презрительно замечал Эразм, думают, что, как атланты, держащие на своих плечах небо, они смогут подпирать католическую церковь своими силлогическими подпорками.
Философия не являлась мертвой дисциплиной. Францисканцы оставались скотистами, доминиканцы все еще были томистами, в университетах продолжалось изучение старых способов мышления. Но это уже не было магистральным направлением философии. Избегая неразрешаемых проблем, номиналисты сделали предметом своих изучений логику и проблемы смысла, выведя таким образом философию из области теологии.
Изучение логики оздоровляет разум, но дает мало пищи для души. Томас Мор однажды заметил, что «чтение трудов схоластов столь же полезно, как доение козла в решето».
На смену разлагавшимся изнутри богословским школам пришел гуманистический критицизм с его незаинтересованностью философскими построениями, расширением существующих форм образования и интересом к критическим и историческим исследованиям.
Разрыв между схоластами и гуманистами вовсе не был неизбежным, ибо несогласие между старым и новым образованием часто преувеличивают. Определенное противоречие между ними возникло не потому, что схоласты закрывали глаза на новое знание, но потому, что новые схоласты оставались заносчивыми, высокомерными и агрессивными.
Тем не менее традиция школ часто страдала от безапелляционных недостатков традиционализма. Говорят, что в 1505 году Вимпфелинг поставил Университет Фрайбурга в затруднительное положение, пытаясь доказать, что Христос, святой Павел и святой Августин не являлись монахами.
Лефевр из Этапля вступил в длительную схватку, когда предположил, что Мария Магдалина и Мария, сестра Марты, не являлись одним и тем же человеком. Эразм верил, что Послание к евреям не было написано святым Павлом. Он также сомневался в том, что Книга Откровения вышла из-под пера святого Иоанна. Он знал, что тринитаристская версия Первого послания Иоанна не встречается ни в одной греческой рукописи, а также выяснил, что труды Дионисия Ареопагита являются подделкой.
Неразработанность методологии критики нередко приводила к конфликтам между новыми исследованиями и ортодоксальными трудами схоластов, традиции которых блюли теологи.
Начавшийся в 1514–1516 годах спор о еврейских книгах расколол схоластов на два лагеря, став прологом к Реформации. Крещеный еврей по имени Пфефферкорн начал кампанию с целью конфискации еврейских книг, не являвшихся христианскими. Против него выступил Иоганн Ройхлин — известный правовед и выдающийся филолог-гебраист, которого считают создателем науки о еврейском языке. Консерваторы обвиняли Ройхлина в увлечении каббализмом, а Эразм сравнивал его со святым Иеронимом. Ройхлин категорически восстал против сожжения еврейских книг. Автор грамматики и словаря древнееврейского языка, он указывал на значение еврейских книг для развития человеческой мысли и самого христианства. Его книга Rudimenta Hebraica (1506) прояснила многие неясные места в тексте латинского перевода Библии IV века (вульгате).
В 1511 году Ройхлин написал книгу Augenspiegel («Ручное зеркало»), в которой перечислил 34 ошибочных или заведомо ложных суждения, а то и просто подтасовки своих оппонентов. Кельнские церковники приговорили ее к сожжению. Ройхлин ответил обскурантам новой брошюрой «Защита против кельнских клеветников» (1513), где называет их не только архиклеветниками, но и фальсификаторами. Ройхлина потребовали привлечь к суду как еретика, а книгу осудили инквизиторы в Майнце и торжественно сожгли в Кельне. Обе стороны обратились к папе, который, наконец, поддержал осуждение.