Вскоре Лютер оправился от потрясений и снова начал писать. Один из своих полемических памфлетов в виде проповеди он написал, чтобы показать, что частная исповедь не должна быть обязательной. В своей книге в проповеди по поводу посланий и евангелий он намеревался доказать, что монашеские обеты неверны.
Кроме всего прочего, Лютер начал переводить Новый Завет на немецкий язык. Он намеревался сделать так, чтобы Библия оказалась в домах простых людей. Лютер поддержал призыв Эразма о том, что Священное Писание должен читать пахарь в перерывах между работой или ткач под звуки своего ткацкого станка.
Работа по переводу Нового Завета заняла немногим более года, править текст ему помогал юный друг и коллега Филипп Меланхтон. Конечно, и до этого существовали немецкие версии Библии, а Лютер не был ни скрупулезным знатоком греческого, ни литературным гением. Однако простота, прямота, свежесть и настойчивость Лютера сказались на переводе, как, впрочем, и на всем остальном, написанном им. Законченная в 1534 году немецкая Библия стала вместе с гимнами Лютера опорой лютеранской Реформации.
Восстание было не подавлено, а перешло в скрытую форму. Сторонники Лютера полагали, что пришло время выступить против злоупотреблений, которые они подвергали критике. Учение Лютера пропагандировали по всей Германии. Множество монахов покинули свои монастыри или собирались это сделать, чтобы проповедовать о новой Реформации.
Гуманисты младшего поколения, такие как Филипп Меланхтон, внучатый племянник Ройхлина, присоединились к Лютеру в Виттенберге. В Базеле толпа приветствовала священника, когда тот нес Библию вместо Гостии во время процессии на празднике Тела Христова. В присутствии студентов Виттенбергского университета Лютер сжег буллу и папские декреты.
Правда, вовсе не ожидали, что студенты согласятся с увиденным. Им сказали, что обеты, целибат священнослужителей и причастие хлебом неверны. 29 сентября 1521 года Меланхтон и несколько его молодых приятелей приняли причастие и хлебом, и вином.
4 декабря разъяренная толпа студентов разрушила алтарь в церкви францисканцев. В канун Рождества толпа нарушила порядок в приходской церкви, распевала песни, насмехаясь над службой. Во время Рождества один из профессоров (коллега Лютера Карлштадт), одетый мирянином, чтобы праздновать мессу, упростил литургию и дал мирянам причастие обоих видов.
В январе издали распоряжение, что плату за совершение месс, являвшуюся постоянным источником дохода для братств, следует передать в управление комитета мирян. Он должен был назначать пособие священникам, облегчать положение бедняков и выделять приданое для неимущих девушек. Запрещалось попрошайничество и бордели. Велели, чтобы предметы таинства во время причастия находились в руках причащающихся, чтобы причастие осуществлялось в двух формах и чтобы убрали иконы и боковые алтари в церквах. Одновременно с установлением предписаний происходили и местные выступления, сопровождавшиеся разбиванием статуй и икон.
Кроме вспышек ярости раздавались угрозы, направленные против консервативных священников или монахов, языка «трех пророков» (так называемые проповеди в Цвиккау), появившиеся во время беспорядков. Подобные нововведения были достаточно умеренными, хотя такой набожный католик, как курфюрст Фридрих, их не принял.
Лютеру не нравилось происходящее. В марте 1522 года он выехал из Вартбурга, сменил свою светскую одежду и появился на улицах Виттенберга одетым так, как было принято у августинцев. Стремясь избежать насилия, он был готов отказаться от частных месс, приостановленных обетов и женитьбы священников. Однако Лютеру удалось утихомирить выступление личным давлением. В марте 1523 года он одобрил упрощенную литургию, в 1524 году Карлштадту пришлось покинуть Саксонию.
В Германии центральное правительство не играло особой роли. Фактическая власть находилась у представителей разных слоев общества: князей, городских магистратов, знати, крупных феодалов, награбивших свое состояние, рыцарей. Они управляли, полагаясь не на имперские законы, а на свою силу. Поэтому в Германии велась постоянная борьба против частных армий крупных феодалов или рядовых рыцарей, периодически происходило подавление крестьянских восстаний.
Хотя Лютер и ненавидел беспорядки, он успешно противостоял центральному правительству, призывал всех праведных людей подняться и реформировать власть духовенства, остававшегося самой консервативной силой в Германии. Зажженный внизу огонь постепенно разгорался.