Все были согласны, что следует прекратить всевластие папы, освободить монахов и монахинь от отягчающих обетов, иногда наложенных насильственно, ибо они были еще слишком молоды, чтобы осознать последствия этого шага. Также следовало ликвидировать систему продажи церковных должностей или евхаристии, использовав пожертвования на приходские нужды или для помощи бедным.
Священники должны были превратиться в учителей и наставников, образованных, простых и интеллигентных. Также следовало убрать те части вероучения, которые не встречаются в Священном Писании. Руководствоваться положением оправдания верой, иными словами, перенести культ из внешнего во внутренний, проводить богослужение не в ритуалах и церемониях, а в умах и сердцах. Прийти к вере, нуждающейся во внешних действиях для выражения внутреннего богопочитания.
В реформированных странах и государствах первые шаги оказывались относительно несложными. Изданную на немецком языке Библию разместили на кафедрах, священникам разрешили жениться. Те монахи, которые хотели освободиться от своих обетов, покидали монастыри. Население училось молиться, распевая гимны на немецком языке. Церковные пожертвования переставали поддерживать священников, осуществлявших частные мессы, или помогать разрушавшимся женским монастырям.
Сам Лютер верил в постепенность изменений. Он вносил реформаторские предложения, поощрял эксперименты, сделал многое в отношении местных реформаторских инициатив. Его реформа богослужения перевела литургию с латыни, считавшейся священным языком, на немецкий. Он усилил влияние проповедей, разрешив их только в воскресные и праздничные дни (соответственно боковые алтари в церквах утратили свое значение). И все же многое осталось без изменений.
Сохранилось причастие двумя способами, хотя вознесение Тела Христова во многих церквах сохранилось, и многие священники продолжали носить традиционные облачения. Консервативность Реформации ярко показывает сохранение во многих храмах орнаментированных средневековых заалтарных перегородок.
В работе «О Вавилонском пленении церкви» 1520 года, составленной на латинском языке, Лютер уменьшает количество таинств, которые доминировали в течение 350 лет, с семи до трех, признав крещение, евхаристию и личную исповедь.
Хотя Лютера и беспокоило, что самоанализ перед покаянием мог обременить добропорядочного христианина, в лютеранских церквах исповедь перед причастием продолжала считаться нормой. Предметы для евхаристии принимались с выражением глубочайшего почтения. Лютеранские священники по-прежнему учили, что хлеб и вино являются Телом и Кровью Господа.
Исторические разыскания убедили Лютера в том, что учение о пресуществлении хлеба и вина является поздним добавлением, не подтвержденным Священным Писанием. Он считал, что в Библии говорится только об Истинном присутствии Господа, но воздержался от дальнейших разысканий, чтобы определить мистические истоки таинства.
Требуя, чтобы мессу проводили на немецком, который понимали даже невежды, Лютер допускал и богослужение на латыни в среде образованных людей. Ни Лютер, ни Меланхтон не считали, что основывают новую церковь. Они верили в то, что остаются членами католической церкви всех столетий и заняты лишь ее очищением от позднейших наслоений и явных ошибок.
Их взгляды канонизировали в исповедании веры, которое Меланхтон представил рейхстагу в Аугсбурге в 1520 году и которое вошло в историю под названием «Аугсбургское вероисповедание» (Confessio Augustino), составленное Меланхтоном и ставшее основным теоретическим документом лютеранских церквей.
В послесловии к нему Меланхтон писал, что «это почти полное изложение нашего учения. Очевидно, что ничто в нем не вступает в противоречие со Священным Писанием или учением католической (римской) церкви, в том виде, который известен нам по трудам древних авторов. Следовательно, мы будем несправедливы, если останемся на точке зрения еретиков. Наши суждения выше некоторых заблуждений, которые просочились в церковь без должного одобрения».
Какое-то время Лютер испытывал беспокойство, и многие лютеране чувствовали себя так же с тех пор, как Меланхтон озаботился установлением мирных отношений и стал говорить не столь часто, что правда исключает случайности.
Впоследствии, в латинском издании 1540 года, Меланхтон изменил учение о причащении в интересах сближения с кальвинистами, отчего получилось две редакции Аугсбургского исповедания: invariata и variata. Последняя использовалась при заключении всех религиозно-политических договоров. Аугсбургское исповедание во второй редакции было подписано Кальвином и прочими немецкими реформаторами, а потому из лютеранского исповедания веры превратилось в общепротестантское.