Настоятели отказались подчиниться, их поддержал городской совет, угрозами и преследованиями добившись послушания местного духовенства. Епископ утратил свою власть в городе, поскольку его полномочия перешли к городскому совету, начавшему упразднять монастыри и контролировать приходы. Никто больше не имел права этого делать.
Современники считали утрату власти епископом менее революционным изменением, чем это могло представиться их потомкам. Ряд богословских школ позднего Средневековья ставили на первое место священника и папу, а епископа рассматривали не как священника, а скорее как чиновника, интегрированного в католическую церковь. Отстранение от власти епископа Бамберга было для них равноценно разоблачению инкуба или развратного архидиакона, но никак не приравнивалось к реформе вероучения или мессы.
Многие реформистские и консервативные богословы и XV и XVI века считали главной частью духовенства священника или пресвитера. Поэтому они и считали нецелесообразным, чтобы один священник посвящал другого, хотя никаких богословских возражений против этого не было.
Лютер не видел причин, почему правитель не должен реформировать церковь. Напротив, это входит в его обязанности, является его долгом, одной из целей, ради которых его призвал Господь. Поскольку реформа требовала решительных перемен в законе, она оказывалась невозможной без его прямого участия.
Хотя Лютер основывал свою веру на положении о духовности мирян и долге князя, его рассуждения во многом носили практический характер. Он видел конкретные нужды и конкретные пути их решения. Он советовался с Иоанном, новым курфюрстом Саксонии, убежденным лютеранином, по поводу ревизии саксонских церквей. Одна из них привела к появлению новой организации, учрежденной в Виттенберге в 1542 году. Курфюрст отменил старый судебный порядок епископата, учредив консисторию.
Консистория, как типичная форма церковного управления в лютеранских (позже реформированных) церквах, далеко не сразу появилась в каждом лютеранском государстве. Полная консисторианская система формировалась достаточно медленно. В Померании ее создали только в 1563 году, в Гессене — не ранее 1610-го, а в Вальдеке в 1676–1680 годах.
Обычно консистория состояла из адвокатов и священников, назначенных правителем, и вначале воспринималась скорее как гражданское, а не церковное учреждение. Иногда правитель лично возглавлял обсуждение, в других случаях его представлял специально назначенный представитель. Присутствующие в любом случае обращались к правителю, докладывали ему, оставляя за ним окончательное разрешение просьбы. Консистория занималась всеми церковными делами.
Следовало ожидать, что положение о духовенстве из мирян приведет к созданию новой модели церковного управления, в котором объединение мирян получит определенную власть. Согласно этому учению Лютер наделял правителей правом реформировать церковь, считал, что мирян должно учить, чтобы они стали священниками и могли заботиться об истинной вере и должном порядке совершения обрядов.
Однако, столкнувшись с практикой конгрегационного управления церковными делами, Лютер отверг его. В Гессене странствующий бывший францисканец Франсис Ламбер предложил в 1526 году демократическую схему церковного управления, предоставлявшую каждой конгрегации право выбирать своих священников и контролировать их работу.
Когда обратились к Лютеру, он не захотел с этим иметь ничего общего. В нескольких городах (Ульме, Страсбурге, Ройтлингене) группа старейшин помогала финансовой администрации, представляя интересы мирян в делах церкви. Некоторые из подобных представителей даже заслужили расположение Лютера.
Однако данное начинание так и не было воплощено в жизнь. Меланхтон не одобрял подобное сотрудничество, предпочитая изолированность консистории. В городах муниципальное правительство обычно действовало так, как будто оно представляло собой консисторию.
Лютер вовсе не хотел, чтобы правители контролировали вероучение. Он оставлял за курфюрстом традиционные административные функции епископа, как светского, так и законодательного характера. Лютер считал, что вероучение должно основываться на Священном Писании и соотносящихся с ним традициях католической церкви.
Однако в мире религиозной разобщенности личная вера правителя неизбежно и значительно влияла на религиозную ситуацию в его государстве. В Англии именно смена правителя определила прогресс Реформации, точно так же произошло и в некоторых немецких государствах.