Власть правителей над духовенством и собственностью церкви повышала их авторитет и эффективность управления государством. Точно так же она делала церковную администрацию менее продажной и более эффективной. Реформация, по крайней мере частично, устраняла административную неразбериху и некомпетентность, свойственные старой церкви.
Однако Реформация требовала пересмотра законодательства, и этот процесс развивался неровно. Такие идеи, как выдвинутая протестантами программа избавления от бедности, оставались всего лишь теорией и почти не получали практического воплощения. Эффективность проведения реформ сильно различалась в разных государствах.
При существовавшей в Германии анархии сильные люди всегда пользовались возникавшими возможностями, чтобы контролировать или перенаправлять церковные доходы. Теперь возможности для перемещения пожертвований расширились. Многие монахи из хорошо обеспеченных монастырей покинули их и разбрелись по стране, монастыри стояли пустыми, поступающие доходы не использовались. Адвокаты меняли назначение пожертвований, передавая их из монастырей или частных храмов. Как ожидалось, часть средств в конце концов должна была оказаться в светской сокровищнице.
Лютер не возражал против передачи средств, однако считал, что часть специальных вложений разумно использовать для удовлетворения текущих потребностей государства, но только на благотворительные нужды. Он негодовал по поводу незаконного присвоения доходов. «Мне совершенно не нравится видеть, как правители жадно домогаются епископства… Знать съедает монастыри, от этой диеты их тошнит, все выглядит так, будто собака обжирается падалью».
Однажды Лютер даже ворвался в кабинет курфюрста в поисках защиты церковной собственности.
В самой Саксонии все пожертвования из конфискованных монастырей отдавались на благотворительность, выделялись пособия для священников или школьных учителей, давались пособия по безработице. В Гессене некоторые монастыри превратили в госпитали или отдали здания для основания университетов, как произошло в Марбурге в 1527 году. Таким образом, в Марбурге основали первый в Европе протестантский университет.
Некоторые вклады отдали первым лицам государства, чтобы те смогли позаботиться о бедных, как в свое время поступали религиозные ордена.
Власть правителя демонстрирует история двоеженства ландграфа Филиппа Гессенского. В 1523 году девятнадцатилетний Филипп женился на Кристине Саксонской (1505–1549), дочери Георга, герцога Саксонского, но и после женитьбы продолжал забавляться с разными любовницами, хотя у супругов родилось четверо детей. Обращение в протестантизм не изменило его образ жизни.
В 1539 году Филипп увлекся Маргаритой фон дер Заале (Зале), юной аристократкой семнадцати лет. Ее мать потребовала, чтобы тот женился. Поскольку Филипп не мог сделать этого публично, ему следовало заручиться поддержкой главных священников церкви. Филипп обратился с просьбой к Лютеру, Меланхтону и Буцеру, чтобы они дали разрешение на второй брак. В качестве довода он говорил, что если ему не позволят жениться законным образом, то будет продолжать жить в грехе. Филипп также пригрозил, что, если Лютер не даст разрешение на брак, он обратится к папе и императору.
Это не было пустой угрозой. В прошлом полномочия папы позволяли ему объявить первый брак недействительным, что означало развод с первой женой. Протестантские государства отказывались признать власть папы, и, следовательно, его власть оказывалась не такой общераспространенной. Дав клятву хранить в тайне вторую женитьбу, Лютер и Меланхтон санкционировали ее, признавая случившееся меньшим злом, чем жизнь в грехе.
Лютеру не было известно о том, что Филипп имел склонность менять любовниц. Впоследствии он говорил, что если бы знал об этом, то никогда бы не согласился одобрить брак. Он верил в добродетельность Филиппа, полагая, что тот искренне страдает от своей «слабости».
Попытки оправдать женитьбу библейским прецедентом с Авраамом показались современникам неубедительными. Обряд провели в присутствии Меланхтона и Буцера. Таким образом, обещание сохранить все в тайне нарушили, и хотя, согласно некоторым авторам, католики, равно как и протестанты, разделяли мнение, что сожительство со второй женщиной лучше развода, все же Европа была шокирована поведением протестантских священников.
Побуждаемый всеобщим невежеством, которое он увидел во время своего первого посещения Саксонии в 1528 году, Лютер пишет Большой и Малый катехизисы (1529), один для духовенства, а другой для мирян и детей, а кроме того, составляет их сокращенные формы для частных молитв и благодарения во время еды.