Эразм пробудил в нем интерес к греческим Отцам Церкви, и, попав под влияние трудов Августина, Цвингли обнаружил такое же религиозное чувство, что и в сердце Лютера. И Цвингли, и Кальвин были замкнуты в своем внутреннем мире, не имея друзей, которые бы восхищались их умом и следовали за ними подобно ученикам, парализуя их расположение своей холодностью. Лютер, напротив, был человеком открытым, не скрывал своих мыслей и чувств, располагал к себе не моральной твердостью, но утонченностью ума. Но этому противопоставлению не следует придавать слишком большого значения. Чем больше мы узнаем о швейцарских реформаторах, тем менее склонны судить о них лишь как об интеллектуалах.
Цвингли испытывал меньшее почтение к прошлому, чем Лютер, и был меньше связан с традиционными формами культа, сразу же изменив убранство церкви в Цюрихе. Он убрал орган и реликвии, продал картины и замазал фрески, снял алтарные украшения и в соответствии с северогерманским порядком празднования Тайной вечери (1525) немного оживил средневековую литургию. После проповеди и молитв пресный хлеб и вино не возлагались на алтарь, а раскладывались на столе, поставленном среди верующих посередине нефа. Повернувшись лицом к конгрегации, священник в мирской одежде обносил сидевших молча верующих хлебом на большой деревянной доске. И в других службах Цвингли практически исключил традиционные литургические формы, оставив только проповеди и молитвы.
Лютер считал, что богослужение должно точно соответствовать слову Божию. Но вместе с этим, проявляя достаточный консерватизм, полагал, что допустимо все, что не запрещено Священным Писанием. Поэтому он и не стремился запретить вознесение Даров во время евхаристии. Цвингли же, считавший, что богослужение должно соответствовать слову Господа, создавал совершенно иную атмосферу. По его разумению, в Писании четко предписано все, что следует делать во время богослужения, а все остальное ему было безразлично, как, например, слова молитвы, в которые священник может включать любые нравоучения, хотя Цвингли считал, что во всем надо стремиться к простоте. Поэтому культ и убранство в швейцарских храмах изменились гораздо революционнее, чем в северогерманских. Например, в некоторых лютеранских церквах с подачи Лютера развилось пение гимнов. В швейцарских же гимны считали светской музыкой и в храмах пели только стихотворные переложения псалмов. В лютеранских церквах продолжали принимать личную исповедь как таинство, а в швейцарских не запрещали только личное покаяние священнику, считая, что таинство исповеди не предусмотрено в Писании, усиливает власть священника, а следовательно, ведет к коррупции.
Принципиальные различия проявились как в учении о евхаристии, так и в порядке совершения литургии. Понятно, что вокруг мессы образовалось множество суеверий. Чуждый мистицизму, Цвингли смотрел на евхаристию не как на таинство, а как на воспоминание об искупительной жертве Христа. Он считал, что именно догмат о пресуществлении хлеба и воды в Тело Христово противоречит христианскому учению о ней. Четко разграничивая материальное и духовное, он не допускал, что материальные объекты могут быть источником благодати. Поэтому он рассматривал таинство не как проявление милости Господа, а как знак соглашения между Богом и людьми. Празднуя Тайную вечерю, мы вспоминаем искупительную жертву Господа и благодарим Его.
Еще в ранние годы Цвингли вместе со своим другом Эколампадием решили разобраться в том, чем же на самом деле является Тайная вечеря. В результате тщательного изучения Библии Цвингли пришел к выводу, что учение о реальном присутствии (а в то время «реальное» понимали как «телесное, материальное») является результатом неправильного толкования текста Библии. На самом деле в ней говорится о духовном даре Христа посредством искупления, а духовный дар можно получить не физически, а лишь через веру. Библейские слова Христа «Се есть Тело Мое» являются не чем иным, как обычной для Христа метафорой. Он также говорил: «Я дверь» или «Я вино», но никто не настаивает на буквальном понимании этих слов. Выражение «Се есть Тело Мое» следует, таким образом, понимать как «это символ Моего Тела». А это значит, что хлеб и вино являются не средством присутствия Христа, а лишь знаками веры в Его жертву.
В последние годы жизни под нажимом своих врагов и некоторых коллег Цвингли согласился на некоторое смягчение своей позиции: эти знаки обозначают не присутствие Христа, а наличие особой формы Божьей благодати, которую верующие получают во время молитвы. Но он так и не согласился с традиционным пониманием Тайной вечери.