По вопросу о причащении между Цвингли и Лютером происходила полемика, в которой первый обнаружил больше сдержанности и умеренности, чем последний. Лютер сохранял те догматы и обряды, которые не стояли в противоречии со Священным Писанием, тогда как Цвингли устранял все то, что не находило в нем прямого подтверждения. Наконец, по вопросу о церковной организации Цвингли, будучи, как швейцарец, носителем республиканского начала, проводил начала пресвитерианского управления, а Лютер, как поборник княжеской власти, установил консисториальную систему управления церковью.
Желая примирить оба евангелических учения, ландграф Гессенский Филипп устроил в 1529 году в Марбурге встречу Лютера и Цвингли. Первый явился туда в сопровождении Меланхтона, Цвингли — со своим другом и последователем Эколампадием. Присутствовал также Буцер и некоторые известные богословы и светские лица. Происшедший между ними диспут не привел к соглашению по вопросу о причащении вследствие упорства Лютера.
С самого начала прений Лютер написал мелом перед собой на столе слова Евангелия «Се есть Тело Мое» (лат. Hoc est corpus meum) и твердо стоял за необходимость так и понимать их, без всяких толкований и уклонений. По окончании диспута Филипп Гессенский убеждал обе стороны, чтобы они жили в мире, как братья. Цвингли высказал полное согласие на это, но Лютер и тут проявил свою обычную религиозную нетерпимость, резко отвергнув это предложение. Он даже отказался пожать протянутую Цвингли руку, заявив, что не может воспринимать Цвингли ни как единоверца, ни как брата, а только как представителя грешного человеческого рода.
Меланхтон страстно стремился к согласию, его особенно беспокоило, что расхождения оказались столь непреодолимыми. Но Лютер остался непреклонным, и раскол внутри протестантизма лишь углубился. Но за Цвингли и Эколампадием последовали многие богословы из городов Рейнланда и нижних земель, а их церкви стали искать поддержки и руководства не в Виттенберге, а в Цюрихе.
Мартин Буцер первоначально был католическим монахом-доминиканцем (с 1505 года), в 1517 году был переведен в Гейдельберг (Хайдельберг), что позволило ему обучаться в местном университете. Знаток греческого и древнееврейского языков. После личного знакомства с Лютером стал ярым последователем Реформации. Оставив орден, женился на бывшей монахине и стал священником в Эбернбурге. С 1523 года возглавлял проведение Реформации в Страсбурге, где в течение многих лет был наиболее авторитетным богословом, так что имя Буцера стало знаменем Реформации в этом городе. Прекрасный оратор, Буцер также был искусным дипломатом, владевшим даром убеждения, хотя всегда оставался верен своим принципам.
По теологическим взглядам занимал промежуточную позицию между Лютером и Цвингли, в том числе пытался примирить их позиции. Вначале он предполагал, что удастся добиться согласия, надо только найти удовлетворяющую всех формулу.
Однако в вопросе о причастии и предопределении занимал более радикальную позицию, чем Лютер, так что можно говорить о влиянии взглядов Буцера на теологию Кальвина. Во время диспута он разбил все аргументы Цвингли, утверждавшего, что физическое присутствие Господа в Святых Дарах невозможно, и его можно воспринять лишь посредством веры. Но вместе с тем он понимал и прямолинейность лютеранского тезиса о том, что в Писании указано на материальное присутствие Христа в Святых Дарах, соглашаясь с Цвингли, что Божественная Благодать передается не в форме хлеба и вина. Возникало неразрешимое противоречие — верующий получает благодать, подобно тому как ему дают вещественный хлеб. И этот дар символизирует милость Господа, как считает и католическая церковь. Следовательно, Лютер прав в том, что причащающемуся необходим материальный дар, а Цвингли в том, что неверующий не получает ничего, кроме хлеба.
Такая трактовка вероучения позже стала известна как рецепционизм и вошла в классическое вероучение нелютеранского протестантизма. Одной из ее форм является учение кальвинистов. Один из последователей Буцера составил простое изложение его лекций, которое и использовал Жан Кальвин, учившийся у Буцера в Страсбурге с 1538 по 1541 год. В 1549 году из-за столкновений с властями города Буцер был вынужден покинуть Страсбург и по приглашению архиепископа Томаса Кранмера навсегда перебрался в Англию, где и скончался в 1551 году.
Как и другие имперские города, Женева постепенно двигалась в сторону независимости, но этот процесс проходил гораздо медленнее, чем в Нюрнберге, Страсбурге или Цюрихе. Большую роль в развитии Реформации в Женеве и во всей франкоязычной Швейцарии сыграл Г. Фарель.