Гильом Фарель (1489–1565) родился в Дофине, происходил из богатой дворянской семьи. Вопреки желанию отца, хотевшего отдать его в военную службу, Фарель много работал над своим образованием, а затем приехал в Париж и стал учителем в коллеже. В это время Фарель был еще фанатически предан католицизму, но чтение Библии породило в нем некоторые сомнения. Он принялся за изучение греческого и древнееврейского языков, чтобы познакомиться с Священным Писанием в оригинале, и вскоре совсем отпал от католицизма. На него донесли в Сорбонне и в правительство, и в 1521 году он бежал в Mo к епископу Брисонне, покровительствовавшему протестантам. Здесь Фарель с таким пылом стал проповедовать против католиков, что епископ был вынужден его удалить. Фарель отправился в Базель (1524), где публично защищал 13 тезисов против католиков. Оттуда он перебрался в Цюрих, а затем в Берн, где познакомился с Цвингли, а затем в Страсбург, где подружился с Буцером и Капитоном.
Наезжая в Лозанну, он помог местным протестантам изгнать правителя-епископа и превратить ее в свободный протестантский город. Вернувшись в Берн, Фарель пытался продолжать свою деятельность, но его жесткость и непримиримость привели к тому, что бернские власти его изгнали. В 1533 году Фарель снова вернулся туда уже в качестве официального представителя Берна.
Женевские граждане, только что освободившиеся от притязаний епископа и герцога Савойского, особенно дорожили союзом с Берном. Фарель искусно воспользовался раздражением против католического духовенства, которое подозревали в замыслах против свободы города, и дело Реформации быстро пошло вперед. Городской совет в 1536 году отменил католицизм и ввел богослужение, принятое в Берне и Цюрихе (как раз в это время Берн спас Женеву от нового нападения герцога Савойского). Фарель занялся выработкой церковного исповедания (Confessio helvetica), где ставил церковь в зависимость от светской власти и в отлучении видел только «дружеское исправление», не придавая ему еще того характера, который оно получило у Кальвина. Человек борьбы, Фарель не обладал организаторскими способностями, и реформированная женевская церковь находилась в полной анархии. Выход из этого состояния связан с именем Жана Кальвина.
Летом 1535 года Кальвин оказался в Женеве по пути из Парижа в Страсбург, ставший убежищем для бежавших из Франции протестантов. Он родился в 1509 году в Нуайоне, изучал богословие и латынь в Париже, а затем юриспруденцию в Орлеане. В 1532 году напечатал перевод Clementia Сенеки. Почувствовав, что в Париже ему оставаться небезопасно, перебрался в Базель, где в 1536 году выпустил «Основания христианской веры» — доступный справочник по протестантской теологии. Оказавшись в Женеве, он остался там по предложению Фареля, а городской совет предложил Кальвину место преподавателя основ Священного Писания.
Фарель не был хорошим организатором. Реформация в Женеве свелась к произнесению странных проповедей и разбиванию статуй. Кальвин, как образованный адвокат, проработал в Женеве недолго. Уже через четыре месяца он вступил в конфликт с городским советом из-за предложенной им программы реформ. У него была своя точка зрения, которую он не только выражал на бумаге, но и воплощал на практике. Едва ли не главным для него было неприятие католической мессы. Поэтому Кальвин стал искать такую организацию церкви и священства, которая соединяла бы благопристойность и твердый порядок. Как и другие реформаторы, он считал, что этого можно достичь только воспроизведением практики раннехристианской церкви, искаженной в новозаветные времена.
Первые попытки Кальвина реорганизации церкви привели к его изгнанию с 1538 по 1541 год, поскольку женевские власти не приняли его переложений. Но через некоторое время его призвали обратно, и он сумел убедить городской совет принять ряд предложений Кальвина, известных как «Наставления в христианской вере». Спустя двадцать лет Кальвин выпустил их обновленный вариант, но и они не представляли точного изложения устройства церкви. Но с 1541 года основные положения его программы стали воплощаться на практике.
Кальвин принадлежал к следующему после Лютера поколению. Лютер женился на бывшей монахине, Кальвин — на вдове анабаптиста, и это символизирует различие между ними. Главным для него было не ниспровержение папства, а создание новой модели церкви. У Лютера практика преобладала над вероучением, и он остановился на светском священстве. Кальвин считал, что вероучение должно основываться на Священном Писании, и сосредоточился на его теоретических аспектах. Но ему был нужен авторитет и чистота священства. Отвергнув всевластие папы, Реформация вместе с тем отказалась и от священства как носителя благодати. Единственным носителем власти в протестантской церкви был правитель и городской магистрат. Кальвин верил, что в организации церкви в Женеве он должен воспроизвести структуру ранней церкви, и поэтому настаивал на независимости церкви и ее служителей.