В идеальном устройстве Кальвина было мало демократического. Священники выбирали священников, хотя городской совет мог и оспорить их выбор. Верующие встречались раз в неделю и изучали Библию, причем эти собрания не были добровольными. Они выбирали наставников, которые отвечали за изучение Библии и образование, хотя совет настаивал на подтверждении им этого выбора.
Самые старшие члены общины, и это характерно для Кальвина, отвечали за дисциплину и моральный климат в конгрегации, а также могли запретить согрешившим принять причастие и сообщить об этом «уважаемой компании». Эти лидеры также входили в городское самоуправление, но с одобрения священников.
Каждый вторник они встречались со священниками в церковном суде и обсуждали непорядки в церкви, а также меры их устранения. Кроме того, они увещевали еретиков, прихожан, которые забывали о своем долге и на которых жаловались священники. Если же согрешивший упорствовал, то они могли отлучить его и сообщить об этом городским властям.
В контроле над общественной моралью не было ничего нового. Издавна этим занимались епископские суды и городские магистраты, издававшие декреты, которые граждане расценивали как проявление тирании и покушение на свободу. Кальвин требовал, чтобы этим занимались только церковные власти, но если они обвиняли грешника, то для наказания должны были передать его светским властям.
Как и в других швейцарских городах, городской магистрат Женевы не имел желания уступать свои права священнослужителям. Ссылаясь на ордонансы, магистрат заявлял, что священник может действовать только после уведомления городского совета. Магистрат добавил в последнюю редакцию Кодекса канонического права примечание, в котором говорилось: «Эти полномочия не значат, что пастор (священник) имеет гражданскую юрисдикцию, а консистория может вмешиваться в дела магистратов и гражданских судов».
Добавление породило проблемы. В качестве ответной меры магистраты принуждались разрешать отлучение. Священнослужители не только ограничили действие двусмысленного примечания, но и настаивали, что гражданский чиновник должен быть председателем консистории с посохом в руке, подтверждающим, что он действует не только как гражданский магистрат, но и как светский старейшина. Убрать посох Кальвин согласился только в 1561 году.
Совет всегда сохранял больший контроль над выборами консистории, нежели подтверждение ее полномочий, нередко просто отказываясь их подтвердить, если между ними возникало несогласие.
Протоколы заседаний консистории после 16 февраля 1542 года сохранились. В них упоминается множество проступков, которые сочли оскорблением веры. Вот один из них. Женщина преклонила колени перед могилой своего мужа и воскликнула «Покойся с миром!», другие женщины увидели и последовали ее примеру.
Услышав, что в город следуют богатые французские беженцы, ювелир изготовил золотой потир. Ожидая их, некоторые подняли плату за жилье. Женщина пыталась исцелить своего мужа, привязав ему на шею каштан с пауком. Кто-то танцевал. У кого-то нашли экземпляр «Золотой легенды», средневекового сборника житий святых. Женщина 62 лет вышла замуж за 25-летнего мужчину. Парикмахер выбрил тонзуру священнику. Кто-то проклинал Женеву за казни по религиозным мотивам. Действительно, с 1542 по 1546 год в Женеве было принято 58 смертных приговоров и 76 декретов об изгнании из города. Самым известным актом расправы над неугодными является казнь антитринитария Мигеля Сервета.
В каждом обыденном отклонении от общепринятого поведения Кальвин видел опасность. В 1547 году особым распоряжением был подтвержден декрет 1535 года против ношения брюк с разрезами, как сеющих беспорядок. Кальвин призывал к жесткой борьбе с любыми нарушениями. Когда несколько известных граждан города попали в тюрьму за то, что они танцевали в частном доме, Кальвин заявил, что будет идти к истине даже ценой своей жизни.
Все государственное устройство Женевы получило строгий религиозный характер. Постепенно вся городская власть концентрируется в малом совете, на который Кальвин имел неограниченное влияние. В 1550 году магистраты распорядились, чтобы священник ежегодно навещал каждого прихожанина, чтобы убедиться, что в его доме соблюдаются церковные правила.