Реформация открыто боролась с суевериями, аморальностью и коррупцией церкви и общества, и эффект от этой борьбы превзошел все ожидания. Консистория неутомимо поддерживала нормы морали. Ее члены запрещали деятельность предсказателей и знахарей, были безжалостны с торговцами, уличенными в обмане или обмере, боролись с ростовщиками, с врачами, требовавшими слишком высокую плату, наказали портного, который обобрал проезжего англичанина.
Они сравнивали себя с собаками, с лаем следующими за охотником. Но вместе с тем они думали о старых людях, сиротах, вдовах, детях и больных. Они намеревались исправить общественное сознание и своей страстью, властью и непопулярностью напоминали древнееврейских ветхозаветных пророков.
Границы между духовной и светской юрисдикциями везде были достаточно зыбкими, а в Женеве вообще почти исчезли. Как практикующий адвокат, Кальвин представил проект городского устава, в котором предусматривалась слежка как безотказное средство очищения. Нелегко различить, когда он действовал как заинтересованный мирянин, а когда как главный священник города.
Когда в город приехал первый дантист, Кальвин лично убедился в его знаниях, прежде чем допустил его к работе. Несмотря на то что это, по всей видимости, вымысел, он показывает, насколько тесно переплелись в Женеве церковь и светская власть. Консистория устанавливала банковский курс, налоги на войну, экспорт и импорт, следила за скоростью рассмотрения дел в судах, стоимостью жилья и расходом свечей.
С другой стороны, даже в конце жизни Кальвина городской совет контролировал духовенство и выполнял другие функции консистории. Он не оставлял без внимания слишком длинные проповеди или священников, которые уклонялись от пастырских визитов в дома горожан. Члены совета проверяли объявления священников, даже если они касались дней поста, устанавливали даты общественного покаяния, распоряжались переводом священников в другие храмы, заботились об их жилье и жалованье, цензурировали богословские книги.
При этом между магистратами и священством установилось своеобразное равновесие. Некоторые служили в магистрате и в консистории, так что и сами не разграничивали работу для города и церкви. Но священник, который управлял консисторией, не помогал правителям города так же хорошо, как церкви.
На самом деле Кальвин вовсе не был тем абсолютным «хозяином города», каким изображается в легендах и устами врагов. Известно много случаев, когда ему не удавалось достичь желаемого. Например, он настаивал на воспитании священников и хотел, чтобы городской совет не только назначал их, но и следил за их работой. Кальвин хотел, чтобы священники сами подыскивали своих преемников и присутствовали при выборе старейшин. Но такая практика существовала в последние годы его жизни и затем была возобновлена лишь через восемь лет. Он требовал наказывать проституток, но их никогда не наказывали так строго, как хотел того Кальвин.
В октябре 1558 года совет постановил, что женщину, уличенную в этом преступлении вторично, проведут через весь город в дурацком колпаке в сопровождении барабанщика, но так и не решился применить это наказание на практике.
В 1546 году Кальвин потребовал запретить таверны и открыть вместо них кафе. В них должны были действовать жесткие правила: запрещалось петь непристойные песни, перед едой и после нее обязательно произносили молитву, в зале будет выложена французская Библия. Однако кафе не прижились, потому что люди предпочитали таверны, которые и стали открываться снова.
В том же году был принят специальный акт против использования небиблейских христианских имен, но снова люди оказались сильнее. Они требовали, чтобы священников посвящали возложением рук, а совет разрешал только молитву и проповедь. Кальвин так и не смог убедить городской совет вернуть все церковные налоги, которые отменили подобно другим городам в первые дни реформ, хотя и не требовал этого особенно настойчиво.
Гораздо ближе ему оказался вопрос, насколько часто следует праздновать Тайную вечерю. Кальвин считал, что это надо делать еженедельно, на воскресной обедне, подобно древней церкви, и стремился ввести это в Женеве. Но средневековые миряне привыкли делать это нечасто, из-за чего и реформаторы так и не смогли приучить к этому население. Ордонансом 1541 года Кальвин повторил свое требование ежемесячной обедни, но ему отказали даже в этом, принудив согласиться на празднование четыре раза в год.