Непримиримость не способствовала популярности Кальвина, у него были только ученики или оппоненты и очень мало друзей. Перед смертью он написал своему другу Фарелю о жителях Женевы: «Они больше боялись меня, чем любили». Действительно, некоторые прозвали его Каином, а один раз на него даже спустили собаку. Известно, что ему подбрасывали на кафедру записки с угрозами, сочиняли оскорбительные баллады, в которых именовали его ханжой и тираном. Тридцать игроков в мяч, собиравшихся на площади у церкви, где он проповедовал, однажды даже хотели заплатить 500 крон тому, кто с ним покончит.
Вместе с тем Кальвин знал, чего он хочет, и упорно шел к своей цели. Обладая в общем-то мягким характером, он не церемонился со своими оппонентами. Являясь прекрасным знатоком Библии, он считал, что возражающие ему оскорбляют слово Господа, а значит, с ними надо покончить.
Личная жизнь Кальвина сложилась не очень благоприятно. Он жил в небольшом скромном домике на Рю-де-Шануа, получая небольшое жалованье. Непрерывная напряженная работа и жизненные перипетии подорвали его здоровье. В последние годы он часто болел. В 1540 году Кальвин женился в Страсбурге на вдове бывшего анабаптиста, перешедшего на его сторону, Иделетте Штордер. Она была бедна и вместо приданого принесла лишь трех своих детей от первого брака. Дети, которые рождались у четы, умирали в первые же месяцы. В апреле 1549 года Иделетта умирает. С тех пор Кальвин живет замкнуто и одиноко, питается самой простой пищей. Все время он отдавал работе, прерываясь лишь на немногие часы сна. Он редко улыбался и был начисто лишен лютеровского задора и жизнелюбия. Но это были не запреты, а лишь железная выдержка.
Приняв решение, он никогда не отступал. «Если он ударит, — сказал однажды его друг священник, — то нет шансов уцелеть». Однажды некий Амье, продавец игрушек и игральных карт, чей бизнес попал под запрет карточных игр, сказал за обедом, что Кальвин — дурной человек и проповедует ложное учение.
Городской совет постановил, что Амье должен принести публичные извинения, встав на колени перед Кальвином. Но тот настаивал, что такое извинение недостаточно, и пригрозил своим уходом. Тогда совет постановил, что Амье должен пройти по городу в одной рубахе, со свечой в руке и вымаливать прощение у Господа.
Можно сказать, что Кальвин сдерживался там, где Лютер переходил через край, не допускал грубостей, которые иногда проскальзывали у Лютера, хотя ему и не хватало лютеровской теплоты и великодушия.
Вместе с тем Кальвин не оставлял оппоненту места для маневра. В отличие от Лютера, который проклинал оппонентов, и Цвингли, который мог их оскорбить, Кальвин признавал аргументы спорящих с ним и считал, что их необходимо опровергнуть. Жесткость, которой проникнуты его работы, основана на убежденности в силе своих логических построений и силе разума, как в теоретических, так и в практических вопросах. Но абстрактные рассуждения не всегда доходят до сознания. Поэтому даже в последней редакции «Наставления» Кальвина менее логически последовательны, чем принято считать. Их внутренняя связность определяется не жесткостью аргументации, а прежде всего ясностью изложения и отточенностью языка.
Кальвин был достаточно замкнутым, даже скрытным человеком, не допускавшим в свой внутренний мир даже ближайших друзей, в отличие от Лютера, полностью раскрывшегося в «Застольных беседах». Постоянно погруженный в книги, Кальвин не замечал окружающего мира и его красот. Но на самом деле он просто сдерживал свои чувства, которые ясно видны в той нежности, с которой Кальвин пишет Фарелю о смерти своей жены Иделетты.
На первый взгляд удивительно, что он смог управлять городом, гражданином которого не являлся до 1559 года и где он никогда не пытался завоевать расположение населения. Его реформы вызывали сильную оппозицию, с которой покончили лишь в 1555 году. В 1548 году Кальвина вызвали в магистрат для объяснений по поводу перехвата писем и так порицали, что он собрался снова покинуть город. Его сторонники стали называть оппозицию либертинцами, но вся их оппозиционность заключалась в несогласии с Кальвином.
В 1553 году в Женеве по обвинению в антитринитаризме сожгли испанца Сервета, и этот приговор потряс даже радикальных протестантов. Выступая против чрезмерной жестокости сожжений, Кальвин стремился сделать казнь более милосердной, но оставался столь же непримиримым к еретикам. Иногда это оборачивалось против него.