Когда Бертелье, один из членов группы либертинцев, отлученный от церкви, два дня спустя попросил городской совет, а не консисторию (то есть светские, а не духовные власти) разрешить ему причаститься и получил разрешение, то Кальвин публично заявил с кафедры, что отказался бы причащать отлученного. Он ожидал, что с ним согласятся, и даже приготовил особую проповедь по этому поводу.
Городской совет заявил, что он должен выполнить постановление, но проницательно посоветовал Бертелье не присутствовать на службе. Противостояние продолжалось до 1555 года, когда, наконец, были поддержаны предложения Кальвина, и лидеры либертинцев перебрались в Берн. Теперь Кальвин оказался в безопасности.
Ему помогло то обстоятельство, что Женева продолжала оставаться естественным убежищем для французских протестантов, бежавших от преследований. Французские протестанты смотрели на Женеву как на руководящий орган, и многие беженцы, прибывавшие в Женеву, поддерживали Кальвина. В 1546 году ни один из тринадцати священников-пасторов не являлся по своему происхождению женевцем. «До свидания, Женева, — сказал один из людей, ненавидевших Кальвина. — В конце концов ее гражданином станет и король Франции».
Искавшие убежища были набожными людьми, покинувшими родину ради спасения своей веры. Каждый вновь прибывший из Франции, Шотландии, Италии, Нидерландов или Англии укреплял власть Кальвина. Именно шотландский беглец Джон Нокс назвал Женеву «самой совершенной обителью Христа, какая когда-либо существовала со времен апостолов».
Не следует, правда, полагать, что власть Кальвина держалась только на внешней поддержке. Далеко не все искавшие убежища соглашались со всем, что находили. Таковым оказался Клемент Маро, удостоенный лаврового венка в Париже, веселый романтический эпиграммист, француз, однажды заключенный за то, что позволил себе в пост в 1541 году напечатать стихотворные переложения тридцати псалмов, чем заслужил обвинение в ереси. Стихотворная Псалтирь Маро стала использоваться всеми протестантскими церквами, а он был вынужден бежать в Женеву.
Там он перевел еще двадцать псалмов, к которым Кальвин написал предисловие. Вскоре их запели в конгрегациях. Поэзия Маро точно отвечала потребностям реформированных. Стихотворные переложения псалмов открывали новый путь для идущих из сердца чувств и вскоре всем стали нравиться. Однако Маро как человек чувствовал себя в Женеве неуютно. В декабре 1543 года консистория обвинила человека, игравшего с ним в триктрак, и он покинул город.
Настоящая причина власти Кальвина заключена в его личности. Его бескомпромиссность поддерживалась верой в истинность того, что он делал. Его стойкость, смелость и решительность вызывали восхищение и желание следовать за ним, как за Христом.
Кальвин всегда говорил и писал с особым напором, веря в то, что хотел и что собирался сделать, был чужд роскоши или лицемерия, а также сентиментальности. Своей твердостью он поразил не только Женеву, но и всех последующих кальвинистов. Ему были свойственны последовательность и ясность взглядов, которые не отличали ни лютеран, ни анабаптистов, ни англиканцев.
В 1559 году Кальвин основал в Женеве академию — высшее богословское заведение для подготовки проповедников. Он укомплектовал ее штат профессорами, вышедшими в отставку из аналогичной коллегии в Лозанне, которые не смогли добиться от своего городского совета, чтобы тот согласился с их правом отлучения от церкви. Он также выбрал одного из них, Теодора Безу, их главой, позже сделав его своим преемником.
Вскоре академия стала одной из самых значительных школ протестантской мысли, где получили образование многие кальвинистские лидеры второго поколения. Ректор, профессора и все наставники назначались консисторией, хотя требовалось и одобрение со стороны городского совета.
Сначала все студенты были обязаны подписывать жесткое признание в ортодоксальности, однако в 1576 году от этого отказались, частично потому, что такой порядок исключал тех, кто в основном и нуждался в наставлении, а также в знак несогласия с лютеранскими коллегиями, где студентов принуждали подписывать Аугсбургское исповедание.
Большее влияние Кальвина исходило из ясности его богословской системы и ее библейской сущности. Первое издание «Наставлений в христианской вере», опубликованное в 1536 году, представляло собой небольшую книгу, выделявшуюся среди теологических трудов в основном логичностью доводов и прекрасной латынью.
Год от года издание расширялось, в частности во время досуга в ссылке в Страсбурге, где Кальвин выпустил первый французский перевод этого пространного издания в 1541 году. Окончательное и более расширенное издание вышло в 1559 году. Во время болезни Кальвин диктовал своим секретарям новые фрагменты, и даже тогда сумел внести в текст важные дополнения.