В обычном транспорте восьми тысяч регистровых тонн приблизительно 40 % всего объема судна занято машинной установкой, надстройками, кубриками, кладовыми боцмана, провизией, топливом и водой, необходимыми для плавания протяженностью несколько месяцев. Все остальное можно расценивать как большую пустую коробку, заполненную грузом. Команда такого транспорта обычно состоит из около сорока человек. Теперь же предстояло разместить в этом же объеме почти четыре сотни моряков, не считая предполагавшихся пленных. Орудия, торпедные аппараты, мины, гидросамолеты и торпедные катера — всему необходимо было найти место, а также обеспечить их применение с минимальной потерей времени. Кроме того, для гораздо большей автономности, требовалось увеличить как минимум вдвое объем топливных и водяных цистерн. А еще надо было обустроить кладовые для хранения многих тонн припасов и провианта, холодильные камеры для свежих продуктов, лазарет, обувную мастерскую, плотницкую, ремонтный цех, прачечную, загоны для свиней и цыплят, загрузить тонны краски и различных конструкционных материалов для изменения облика корабля, большое количество резиновых лодок и многое, многое другое.
Для 150-мм орудий весом более пяти тонн требовались усиление палубы в местах их установки. Именно поэтому предпочтение отдавалось новым судам, в проектах которых это условие заложили уже заранее («Атлантис», «Пингвин», «Тор»). Необходимо было также обеспечить бесперебойную подачу боеприпасов из артиллерийских погребов, расположенных ниже уровня ватерлинии к артиллерийским установкам.
Орудия, торпедные аппараты и легкое вооружение скрывались полностью либо маскировались под настройки или палубный груз. Для этого использовались фиктивные переборки, откидные щиты, фальшивые палубы и т. п. Так, на «Атлантисе» четыре бортовых орудия сбоку прикрывались щитами, которые откидывались вверх с помощью противовесов, наподобие крышки хлебницы. Пятое и шестое орудия превратились в большой палубный контейнер с промышленным грузом и кран. На «Виддере» и «Торе» некоторые палубные орудия выглядели со стороны как огромные деревянные катушки с кабелем. Самолеты и быстроходные катера прятались в трюмах. Не было никакого предела изобретательности немецких инженеров и военных, но весь камуфляж исчезал со скоростью молнии в момент необходимости — так, на «Атлантисе» это занимало две секунды.
В то же время рейдеру необходимо было походить на конкретное судно какой-либо компании, что было не так уж просто — транспорты постройки отечественных верфей имели специфический «немецкий» облик. Командир «Атлантиса» Бернгард Рогге в своих мемуарах с символичным названием «Под десятью флагами» писал, что в качестве образцов для маскировки, после изучения справочника Ллойда, были выбраны 26 судов возрастом не более десяти лет, водоизмещением от 5 до 10 тысяч тонн, с крейсерской кормой и хоть немного походивших на рейдер. Для того чтобы превратиться в одно из них, на борту имелось множество различных приспособлений. Силуэт изменялся при помощи деревянных щитов, полотнищ парусины. Мачты и грузовые стрелы были телескопическими — поднимались и опускались, а также устанавливались в различных положениях. Дымовая труба удлинялась, а при необходимости добавлялась фальшивая вторая. Раструбы вентиляторов могли перемещаться, настоящие дополнялись фальшивыми. Имелось по два набора навигационных огней, с помощью которых создавалась иллюзия движения в противоположном направлении. Чтобы не рейдер не выглядел идущим пустым, вызывая этим лишние подозрения, в трюмы в качестве дополнительного балласта засыпался песок. Для перекраски корпуса и надстроек в трюмах хранилось большее количество краски и малярных принадлежностей. Таким образом, война на море велась не только снарядами и торпедами, но и сварочными аппаратами, пилами, гвоздями и кистями.
Находясь в отечественных водах в период подготовки к походу, вспомогательные крейсера маскировались под вспомогательные суда — различные плавбазы, прорыватели минных заграждений (шперрбрехеры) и военные транспорты, зачастую пользуясь при этом оперативными позывными реально существовавших единиц Кригсмарине. На них устанавливались фальшивые орудия, сделанные из дерева, и даже дымовые трубы. Почта проходила специальную фильтрацию — на берегу оставался кто-то из моряков, приписанных к кораблю, который отбирал предназначенную для экипажей корреспонденцию. По официальным документам, суда находились в плаваниях в европейских водах. Известно, что флот продолжал оплачивать арендные платежи за «Атлантис» его владельцу компании «Ганза» еще пару лет после гибели рейдера.