Австро-прусская армия по численности превосходила противника почти вдвое, но датчане упорно сопротивлялись, особенно на море, где слабому прусскому флоту не удалось справиться с опытными датскими моряками. Численное превосходство союзников частично компенсировалось превосходством датского флота, обстреливавшего позиции неприятельских войск, и небольшой протяженностью линии фронта на Ютландском полуострове. Высадить морские десанты и тем самым обойти датские укрепленные позиции австрийцы и пруссаки не могли из-за господства датчан на море (австрийский флот, остававшийся на Средиземном море, участия в войне не принимал).
Датский король Христиан IX обратился к посредничеству Англии, Франции и России для прекращения войны. Англия угрожала послать свой флот на помощь Дании, но не решалась действовать без поддержки со стороны Франции, а Наполеон III в тот момент был явно не готов к войне с двумя великими германскими державами да к тому же рассчитывал за благожелательный нейтралитет получить территориальные компенсации от Пруссии на левобережье Рейна. Россия же, мечтавшая о восстановлении позиций, утраченных после Крымской войны, тем более не проявляла никакой склонности выступать против Австрии и Пруссии на стороне своих вчерашних противников.
К марту 1864 года датская армия была вытеснена из Шлезвига. В ответ датчане пригрозили захватывать в море прусские и австрийские торговые суда. Тем временем войска прусского фельдмаршала Врангеля без санкции правительства вторглись в Ютландию и заняли датский город Кольдинг. Фельдмаршал направил телеграмму королю, где грозился отправить на виселицу дипломатов, сдерживающих победоносный марш прусских войск. За самовольство Врангель по требованию Бисмарка был смещен. Но сам «железный канцлер» к тому времени пришел к выводу о необходимости перенести боевые действия в Ютландию, чтобы принудить датчан к миру. 6 марта 1864 года Австрия и Пруссия подписали соглашение о продолжении войны на датской территории. 18 апреля союзники захватили важную позицию датчан у Дюбеля. 25 апреля пруссаки овладели Фредериссией.
Прусские гусары и датский драгун, 1864.
Художник: Frants Henningsen
12 мая 1864 года было заключено перемирие. Но на конференции в Лондоне вопрос о Шлезвиге и Гольштейне не удалось урегулировать из-за неуступчивости датчан. 25 июня военные действия возобновились. 29 июня прусские войска овладели островом Альзен в проливе Малый Бельт – важной базой датского флота. Уже 6 июля Дания через посредничество бельгийского короля Леопольда I заявила о желании начать мирные переговоры с Пруссией и Австрией, поскольку датская армия терпела поражение на поле боя. 15 июля Бисмарк согласился на переговоры. Уже 1 августа 1864 года в Вене были подписаны условия перемирия и предварительные условия мира. Шлезвиг, Гольштейн и Лауэнбург полностью отторгались от Дании. До подписания окончательного мира австро-прусские войска оставались в Ютландии.
30 октября 1864 года в Вене был подписан окончательный мирный договор. К тому времени Пруссия добилась вывода ганноверских и саксонских «экзекуционных» войск из Гольштейна и Лауэнбурга. Дания отказывалась от прав на эти герцогства, а также на весь Шлезвиг, включая его северную часть с преимущественно датским населением, в пользу Австрии и Пруссии. В герцогствах устанавливался австропрусский кондоминиум (совместное управление). Такая ситуация не слишком устраивала Австрию, не заинтересованную в этих отдаленных от основной территории империи провинциях. В августе 1865 года по Гаштейнской конвенции Австрия получила в свое управление Гольштейн, а Пруссия – Шлезвиг и Лауэнбург. За последний Берлин уплатил Вене 2500 тыс. датских риксдалеров. Киль был объявлен общей гаванью Германского союза. Однако Пруссия отвергла все предложения Австрии обменять свои права в Гольштейне на территориальные уступки в прусской Силезии. Из-за этих противоречий и возникла австро-прусская война, в которой решился вопрос, какая из двух держав объединит Германию.
В австро-прусско-датской войне пруссаки потеряли убитыми 422 человека, австрийцы – 227, а датчане – 1422 человека. Кроме того, было ранено 1705 пруссаков, 812 австрийцев и 3987 датчан. О числе умерших от ран есть данные только для Пруссии и Дании – соответственно 315 и 836. Число умерших от ран в австрийской армии можно оценить в 160 человек. В прусской армии умерло от болезней 738 человек, а в датской – 2258 человек. Число умерших от болезней в австрийской армии неизвестно, но, учитывая плохое состояние австрийской санитарной службы, оно должно было быть значительным и, во всяком случае, было вряд ли меньше, чем число умерших от болезней в прусской армии. И это при том, что австрийцы выставили против датчан вдвое меньше войск, чем пруссаки. Общее число погибших и умерших пруссаков можно оценить в 1,5 тыс. человек, австрийцев – в 1,1 тыс. и датчан – в 4,5 тыс. человек.