Появление теологии-2 связано с развитием критического отношения не только к чужим, но и к собственным (или общепринятым) верованиям, представители этого направления отделяют непостижимую абсолютную истину от человеческих мнений, интерпретаций, включая и «канон».
Различие теологии-1 и теологии-2 возникает в результате развития как греко-римской философской, так и самой христианской теологии по мере их рационализации, накопления собственных внутренних противоречий и изменения в социально-политической ситуации в Европе. Политическое утверждение протестантизма привело к появлению теологических кафедр, где ведущую роль начинала играть именно теология-2, критикующая как католицизм, так и разные варианты самого протестантизма. В русле этой критики вырастает и собственно светская, неконфессиональная «философия» Нового времени, критически дистанцирующаяся от любой «теологии».
Понятно, что в большинстве стран (например, в современной Франции) теология-1 вообще выводится за пределы государственной системы образования, считаясь только внутренним делом религиозных организаций, так как сам учебный материал, специфичный в каждой Церкви, преподается только ее представителями для распространения ее вероучения и подготовки собственных священнослужителей, что приемлемо в государственной системе образования только в случае признания именно данной уникальной духовной традиции в качестве государственной религии, когда интересы государства и определенной конфессии (религиозной организации, Церкви) в основном совпадают (например, православия в Греции, ислама в Иране и т. п.). Такое совпадение, однако, никогда не бывает полным.
В случае теологии-2 мы имеем дело с типично вузовским курсом, носящим традиционный для университетов академический характер и предполагающий студенческую аудиторию с разнообразными религиозными предпочтениями. Важнейшим требованием к исследователю становится его профессионализм, включающий в себя отстраненную беспристрастность, академическую объективность и вовлеченную компетентность, действительную погруженность как в научный, так и в теологический дискурс. В русле именно этой традиции исторически складывается и новая сфера «религиоведения», или «науки о религии» («The Science of Religion» — англ., «La cience de Religion» — франц., «Religionswissenschaft» — нем.), которая выступила не как новая область безусловной веры, но именно как особая отрасль современного знания.
Поляризовались атеистическое и позитивистско-феноменологическое направления, первое из которых стремилось к выявлению, разоблачению и искоренению верований во всех их («отмирающих») формах и утверждения истинного научно-атеистического учения о мире. Религиовед здесь виделся как воинствующий атеист, активный проводник рационализма и идеалов социальной справедливости.
Второе видело необходимость выявления за религиозными (теологическими) феноменами их объективных антропологических и социальных функций, выводимых из научно объясняемых оснований — социологических, философских, психологических, исторических и т. п. Религия (теология) здесь тоже расколдовывалась языком науки. Религиовед виделся как проповедник гуманизма и либеральных ценностей, прежде всего свободы совести, честный противник не столько теизма, сколько клерикализма, как «мракобесия», «фанатизма», нестрогости, псевдонаучности и ангажированности. Религиовед здесь прежде всего скептик, утверждающий возможность множественного истолкования действительности при безусловном признании только за наукой права на подлинное «объяснение», в то время как религии (как и мифологии) приписывалась роль метафорического, символического «понимания» той же самой реальности.
Сегодня все больше утверждается академическая, «диалогическая», герменевтическая «ипостась», где верующий или неверующий исследователь в равной мере понимают и принимают таинственность, глубину и «вечность» проблемы бытия человека в мироздании, смысла его жизни, соотносительность и символичность любых форм выражения этой проблемы, включая и собственно научные. Религиоведом может быть исследователь, способный сочувствовать исследуемому феномену, «вжиться» в «иную» духовную вселенную, готовый принять ее и понять как «изнутри», так и «снаружи», не опускаясь в донаучную апологетическую мифологию сектоведения, но и не претендуя на высокомерное сциентистское всеведение. Религиоведение здесь поднимается на аристотелевский уровень некоей особой метатеологии, метафилософии и мета-науки — фундаментально-универсального понимания оснований действительности как таковой.