Серьезной проблемой функциональной методологии стало сущностное отождествление всех объективных и субъективных форм деятельности — познавательной, психологической, интегративной, дезинтегративной, коммуникативной и символической как явно или скрыто «религиозных», вплоть до парадоксального отнесения магов (колдунов, шаманов) и атеистов к категории «верующих», «религиозных» субъектов (подобно христианам).
Решение этих проблем требует обращения к методологическим аспектам познания как такового, к анализу соотношения частного и общего, эмпирического и теоретического, содержательного и формального. Под категорией «общего» понимают как непосредственное сходство описываемого частного, конкретного, так и глубинную причину, определяющую это эмпирическое сходство, объясняющую упорядоченность отдельных феноменов. Это приводит к смешению термина, обозначающего общее эмпирическое представление, с термином, обозначающим общее теоретическое понятие, понятий феноменального уровня — с понятиями сущностного, индуктивных утверждений — с дедуктивными.
Системный подход, утвердившийся в последние десятилетия в качестве общенаучной методологии, позволяет вычленить ряд закономерных этапов, или уровней, на которых происходит постижение сущности явлений. Исследование начинается с анализа и обобщения типичных характеристик некоторой предметной области. Этот этап получил наименование «морфологического», или «субстратного», поскольку данные типичные характеристики представляются исследователю в качестве некоторых неизменных и статичных элементов бытия данного рода объектов, его «субстрата»{172}.
Следующим этапом является переход к «функциональному описанию, которое, в свою очередь, может исходить из функциональных зависимостей между параметрами,.. „частями“ или элементами объекта,.. между параметрами и строением объекта»{173}. Предельно полным является понимание объекта на уровне его «поведения», целостной взаимосвязанности всех субстратных и функциональных характеристик, позволяющее предсказывать и ожидать открытие новых и неописанных еще его свойств{174}. Данные этапы и типы системного понимания сущности исследуемого феномена, сформировавшиеся в рамках инженерно-технической мысли системотехников, исследующих проблематику специфики различия и сходства естественного объекта и его технологической имитации, заместителя (например, организма и механизма, мозга и компьютера), имеют значение и для методологии религиоведения.
Попыткой системного понимания диалектики субъектного и надсубъектного, личного и социального, религиозности и религии стали работы К. Маркса. Ни объективный Абсолютный Дух, ни субъективное «религиозное чувство» не образуют вечного основания религии, но объективная и субъективная религиозность полагаются в качестве исторических «продуктов» социального развития{175}. Религия (христианство) была понята как функция общественно-экономических отношений: «У религии нет истории, оторванной от всемирной истории, она не может быть понята лишь из самой себя, как некое независящее от общественных отношений и оторванное от них царство»{176}. С этих позиций религия метафорически определяется как «вздох угнетенной твари, сердце бессердечного мира,.. дух бездушных порядков,.. опиум народа»{177}.
В общефилософском плане позиция К. Маркса представляется выходом на новый, по сравнению с Гегелем и Фейербахом, уровень понимания сущности человека — системно-субстанциональный. Здесь преодолевается как абстрактный антропологизм Фейербаха, редуцирующий сущность человека к его субстрату, природе, так и спиритуализм гегелевской антропологии, сводящей личность к функционеру, бессознательно-свободному исполнителю воли Мирового Духа. Сущность человека выступает как совокупность общественных отношений, как система, как поляризованное социальное мироотношение экономических субъектов, активно творящих свое индивидуальное и коллективное миропонимание, в том числе и религиозное. Субстанция здесь — не гегелевская мистическая «сущность» Мирового Духа, таинственно управляющая проявлениями субъектов, но исторически развивающаяся целостная многоуровневая система функционально взаимосвязанных социально-антропологических характеристик{178}.