Новый этап в деятельности Анатолия Васильевича наступил в конце 1953 года, когда после представления Святейшему Патриарху Алексию I докладной записки, посвященной делу улучшения и реорганизации «Журнала Московской Патриархии» он был назначен ответственным секретарем ЖМП. Перед ним встали новые задачи: следить за направлением журнала, выдвигать актуальные темы, организовывать работу редколлегии.
С 1957 года началась подготовка к выпуску ежегодных сборников «Богословские труды», призванных отражать научно-богословскую мысль Русской Православной Церкви, содействовать развитию научных исследований в Академиях. В организации этого издания Ведерникову также принадлежит немалая заслуга.
Еще одно направление деятельности Издательского отдела – это переиздание книг Священного Писания. Немалых трудов потребовала от Ведерникова и его сотрудников подготовка издания первой за время советской власти Библии, вышедшей в 1956 году уже в новой русской орфографии. В те же годы был выпущен и весь корпус необходимых для жизни Церкви богослужебных книг.
А. В. Ведерников был не только церковным организатором, но и активно публикующимся церковным писателем. До сих пор ни один из авторов ЖМП не написал для журнала столько, сколько написал Анатолий Васильевич за неполные двадцать лет своего сотрудничества с ним – около 150 статей и заметок, притом в эту цифру включены лишь подписанные им работы (своей фамилией или одним из его псевдонимов: А. Васильев, А. Столяров, А. Крашенинников и др.). Он писал на самые различные темы: тут и жизнеописания русских святых, и статьи о церковных деятелях недавнего прошлого: ему принадлежат первые статьи о еще не канонизированных в то время Патриархе Тихоне, Силуане Афонском и других православных подвижниках. Одной из тем его публикаций были обзоры состояния церковных дел Православных автокефальных Церквей за рубежом (в Болгарии, Польше, Финляндии и др.).
Немало потрудился Анатолий Васильевич Ведерников на ниве православного печатного слова и сделал бы еще более, но в его судьбу опять вмешалась политика. С осени 1958 года начались новые гонения на Церковь. Митрополит Николай (Ярушевич) был одним из немногих высших иерархов, пытавшихся сопротивляться притеснениям, что предрешило его судьбу: в 1960 году он был снят со всех своих постов и отправлен на покой. Это определило и судьбу Ведерникова, ближайшего сотрудника опального митрополита: в ноябре 1962 года он также был уволен на пенсию.
Конечно, и на пенсии Анатолий Васильевич не сидел сложа руки: он работал референтом у митрополита Таллинского и Эстонского Алексия (впоследствии Святейшего Патриарха Московского и всея Руси), продолжал публиковать статьи в «Журнале Московской Патриархии» (последняя статья Ведерникова вышла в 1989 году: это был некролог монахине-иконописцу Иоанне (Рейтлингер) – духовной дочери отца Сергия Булгакова) и «Богословских трудах». В 1985 году он последний раз приезжает в Троице-Сергиеву Лавру на юбилейные торжества по случаю 300-летия основания Московской Духовной Академии. В ходе этих празднеств Анатолий Васильевич был награжден орденом Преподобного Сергия Радонежского II степени.
Однако главным для него в этот последний период жизни стало простое человеческое общение. Его дом, и прежде едва выдерживавший наплыв посетителей, сделался буквально местом паломничества, особенно в кругах московской интеллигенции – музыкальной, художественной, научной; воцерковление многих его собеседников – непосредственная заслуга Анатолия Васильевича. Кого только не было среди его гостей – от митрополита Сурожского Антония (Блума), который неизменно навещал Анатолия Васильевича во время своих приездов в СССР, до пианистки Марии Юдиной и художника Ильи Глазунова. Но кто бы ни приходил к нему в дом – люди именитые или никому не известные – все находили здесь ласковое слово, душевную теплоту, внимание к своим заботам и нуждам, многообразную помощь – советом, знаниями, книгами. Особенно важны были беседы с ним для молодежи: ведь Анатолий Васильевич был живой историей, причем не только нашей страны, но и русской эмиграции, жизнь которой он превосходно знал от своей жены Елены Яковлевны – репатриантки, вернувшейся из Франции после Второй мировой войны.
А. В. Ведерников и архимандрит Иоанн (Крестьянкин) на Святой горе в Псково-Печерском монастыре. 1980-е
Скончался Анатолий Васильевич Ведерников в 1992 году, не дожив одного дня до своего 91-летия. Проститься с ним в храм святого мученика Иоанна Воина прибыл Святейший Патриарх Алексий II. Он молился за панихидой и произнес теплое и задушевное слово прощания со своим бывшим сотрудником. А. В. Ведерников похоронен на кладбище в Переделкино под Москвой.