По слабости здоровья святитель ушел от управления епархией на покой и более пятнадцати лет прожил простым иноком в Задонском монастыре, не переставая служить делу спасения многих душ своими писаниями. Об изданных им в период уединения в Задонском монастыре книгах – «Об истинном христианстве», «Сокровище духовное, от мира собираемое» и других – Ведерников говорит, что это уже не сочинения, а духоносные творения, которые можно причислить к лучшим образцам русского святоотеческого богословия. Они показывают, что здравый, прямой и практический ум святителя не был испорчен господствовавшей в то время схоластикой, не увлекался диалектической изощренностью: он не стремился показывать читателям красоту слога, а всегда имел в виду лишь выяснить взятую для изучения богословскую мысль по разуму Православной Церкви, выяснить как можно короче, доступнее для всех, даже для самых простых слушателей. Главное же – что его слово никогда не расходилось с делом жизни, которая и была наиболее совершенным выражением религиозной мысли «пастыря предоброго».
В то же екатерининское время в Россию вместе с вольтерьянством перекочевало и масонство – новый противник Церкви, более тонкий и опасный, чем открытое безбожие. Масонство было протестом против рационалистических и материалистических идей просветительной философии XVIII века, противоположностью тому гимну разуму, который она воспевала. Действительно, помимо разума в жизни человека господствует и сердце с особым, таинственным миром переживаний, дающее возможность и радость мистического постижения Бога. Подобное устремление человека к непосредственному соединению с Божественным миром является необходимым элементом религии, но, отклоняясь от ее целокупного состава, переходит на зыбкую почву субъективных переживаний, при которых человек легко может впасть в прелесть.
Масонство стремилось создать братство между людьми, основанное на учении о свободе совести и любви; от поступавшего в это общество требовались только вера в Бога, бессмертие души, воздаяние за гробом и начала нравственного закона, которые и привлекали в то время лучших русских людей из самых высших сословий, считавших, что нравственная сторона масонства вполне согласуется с христианским учением; до занятий же магией и каббалой они не доходили, поскольку пребывали еще на начальных степенях посвящения.
Русское масонство воспитало в своей среде много выдающихся деятелей, впоследствии прославившихся на различных поприщах служения России. Оно объявило борьбу с философией энциклопедистов и той нравственной распущенностью, которую производила эта философия в русском обществе. Таким являло себя масонство в эпоху наибольшего своего развития, когда к числу его главных деятелей принадлежали Н. И. Новиков, И. Е. Шварц, И. П. Елагин, И. В. Лопухин, С. П. Гамалея и другие. Многие из них были глубоко и православно верующими людьми, хотя и состояли в тайной масонской организации и действовали во имя ее туманных, не совсем ясных и для них идеалов. «Можно думать, – отмечает Ведерников, – что масонство служило для них только удобной формой выявления общественной инициативы, столь нетерпимой в екатерининское время».
Автор курса особенно подробно останавливается на деятельности Николая Ивановича Новикова и Ивана Георгиевича Шварца, имевшей преимущественно просветительный и религиозно-филантропический характер в христианском духе, хотя и не в строго церковных формах. Так, Н. И. Новиков был одним из самых замечательных литературных и общественных деятелей екатерининской эпохи. Он издавал журналы сатирические («Трутень» и др., в которых порицал низкопоклонство перед всем заграничным, восставал против крепостного права, против взяточничества судей, против недостатков домашнего воспитания и школьного образования), научные («Санкт-Петербургские ученые ведомости», первый критико-библиографический журнал, имевший целью сблизить русскую литературу и науку с ученым миром Запада), философские («Утренний Свет»); он выпускал первый в России детский и первый женский журналы. Взяв в аренду типографию Московского университета, он продолжил издание «Московских Ведомостей» и наладил обширное книгоиздание. Новиков хотел сделать чтение ежедневной потребностью грамотного человека и в значительной степени достиг этого.