Среди духовенства нарастало недовольство позицией католической иерархии, началось движение за прекращение войны. Вопрос о войне стал широко обсуждаться в религиозных организациях. С 31 января по 1 февраля 1967 г. в Вашингтоне состоялась встреча 2500 священников различных вероисповеданий, главным образом протестантов, специально посвященная вопросам войны во Вьетнаме.
В марте 1965 г. около 2 500 представителей духовенства различных вероисповеданий обратились к президенту Джонсону с призывом прекратить бомбардировку Северного Вьетнама. 12 мая 1965 г. 600 священников провели демонстрацию перед Пентагоном. Министр обороны США вынужден был принять делегацию демонстрантов. По его объяснения не удовлетворили их. Весной 1967 г. 2600 священников и семинаристов участвовали в походе на Вашингтон. Активное участие в движении протеста против войны во Вьетнаме принимал лидер движения за равноправие негров Мартин Лютер Кинг. В апреле 1965 г. он выступил в Питтсбурге против продолжения войны во Вьетнаме.
Протест против войны американского империализма во Вьетнаме выражался в различных формах. 2 ноября 1965 г. квакер Норман Моррисон сжег себя перед зданием Пентагона как раз в тот момент, когда чиновники министерства обороны выходили после окончания работы. 9 ноября 1965 г. католик Роджер Лапорт сжег себя перед зданием организации ООН в Нью-Йорке. 27 ноября 1965 г. состоялся «поход» на Вашингтон в защиту мира во Вьетнаме, в котором приняли участие Мартин Лютер Кинг и группа священников разных вероисповеданий.
В 1965 г. Национальный совет церквей, объединяющий свыше 30 протестантских церквей, стал выступать против политики Белого дома в отношении войны во Вьетнаме.
В марте 1967 г. католические и протестантские священники создали межконфессионное общество «Граждане, борющиеся за мир во Вьетнаме». Состоявшийся в конце марта 1967 г. съезд квакеров в Детройте охарактеризовал интервенцию США во Вьетнаме как аморальную и противоречащую конституции.
Представители церквей участвовали в демонстрациях протеста против бомбардировок Вьетнама. Различные церковные объединения США выступили с заявлениями, осуждающими войну во Вьетнаме. С резкими антивоенными заявлениями выступили Генеральный синод «Объединенной церкви Христа», Генеральная ассамблея пресвитерианской церкви, Генеральная конференция объединенной методистской церкви.
В 1971 г. Конференция католических епископов США охарактеризовала войну во Вьетнаме как несправедливую, изменив, таким образом, свою прежнюю позицию. Опросы общественного мнения службы Харриса, проведенные среди духовенства в октябре 1971 г., показали, что 65 % опрошенных считают войну морально преступной.
Становилось ясно, что милитаристская позиция кардинала Спеллмана и его сторонников в существующих условиях наносит ущерб церкви, ослабляет ее авторитет и влияние на массы. Поэтому реалистически мыслящие католические иерархи пришли к выводу о необходимости изменения официальной позиции католической церкви в отношении войны во Вьетнаме. За прекращение войны во Вьетнаме начали высказываться даже те из них, которые раньше рьяно отстаивали и защищали политику Пентагона. Так, весной 1970 г. против продолжения войны во Вьетнаме выступил кардинал Кашинг.
Широкую популярность благодаря своим выступлениям против войны приобрел в то время иезуит Даниэль Берриган, принимавший активное участие в движении протеста против войны. В 1965 г. он осудил поддержку американским правительством марионеточного правительства Южного Вьетнама и обвинил правительство США в том, что оно не придерживается христианской морали войны, изложенной в папской энциклике «Пацем ин террис». Порицания Берригана заслужила и католическая иерархия США за то, что она «не осудила морально. действия американской военщины во Вьетнаме».
Естественно, что подобная деятельность мятежного иезуита вызвала недовольство католической верхушки США. Берригану было предложено покинуть страну. Однако в его защиту выступили более тысячи католиков, среди которых были и иезуиты. В письме, направленном церковным властям, они доказывали, что поступки католических иерархов США противоречат высказываниям Иоанна XXIII и Павла VI о воине и мире. Руководителям католической церкви США пришлось уступить и разрешить Берригану остаться на родине.
Не ограничиваясь осуждением войны во Вьетнаме в печати и в выступлениях на антивоенных собраниях, Даниэль Берриган перешел к более активным действиям. В 1968 г. он и его единомышленники в городе Кэйтон-свилл (штат Мэриленд) сожгли документы американцев, которых должны были призвать в армию.