Богословский факультет под председательством Воэта постановил принять решительные меры. Студентам богословия запрещено было посещать лекции Региуса, и Воэт добился от городского сената, чтобы Региусу запрещено было читать приватные курсы физики, читавшиеся им кроме обычного курса медицины. Но несравненно важнее было поразить скрывавшегося за спиной Региуса Декарта. Одно время Воэт рассчитывал возбудить против «атеиста и иезуита» католическое духовенство, не дружившее вообще с иезуитами, и обратился за содействием к… Мерсенну. Мерсенн, близкий приятель не только Декарта, но и Гоббса, принимавший участие в издании сочинений английского материалиста, долго не отвечал Воэту, но наконец, побуждаемый его письмами, ответил, что, по его мнению, философия Декарта может только содействовать укреплению веры. Воэт решил выступить самостоятельно. Против Декарта посыпался ряд памфлетов, отчасти анонимных, в которых он фигурировал уже не в качестве «Архимеда, Атласа и Геркулеса», а в качестве «Каина, бродяги, безбожника, развратника, иезуита»… Декарт не оставался в долгу и в своих ответах называл главнейшего представителя государственной церкви в Утрехтской области «сыном маркитанта, воспитавшимся в обществе публичных женщин», но перевес озлобления и страстности был несомненно на стороне Воэта. На страстные филиппики Воэта Декарт большею частью отвечал спокойно и иронически. Городские власти Утрехта всячески старались умерить пыл противников, заставляли вычеркивать из памфлетов наиболее обидные личные нападки, но разъяренный Воэт, опираясь на свою популярность среди простого народа, довел дело до того, что Декарт при звоне колоколов был вызван на суд по обвинению в оскорбительных нападках против служителя церкви, и Воэт обещал уже палачу награду, если тот положит побольше дров в костер, на котором должны были подвергнуться сожжению сочинения Декарта, так, чтобы пламя было видно на далеком расстоянии. Декарт обратился к заступничеству французского посланника, который указал утрехтским властям, что в качестве французского подданного Декарт не подлежит их юрисдикции. На распространение идей Декарта это «преследование» не имело никакого влияния. В стране со свободными учреждениями, какой была Голландия, нельзя было подобными мерами задержать распространение учения, пользовавшегося сочувствием общества. Непосредственный виновник всей этой передряги, Региус, не был даже лишен кафедры. Точно так же никаких последствий не имели подобные же волнения, наступившие через несколько лет в Лейдене. В Гронингене университетский суд даже признал виновным противника Декарта.
В то время, когда философия Декарта в Голландии переживала еще свой медовый месяц, когда он был еще «Атласом и Архимедом», а Региус с радостью извещал его о своих победах на диспутах, Декарт получил известие, что в Парижской иезуитской коллегии один из профессоров, Бурден, высказался на диспуте против его взглядов. Это известие привело Декарта в ужас. Близкое знакомство с орденом только усилило его страх перед могуществом и влиянием иезуитов. Он верил в сплоченность и дисциплину ордена и теперь был убежден, что Бурден выступил против него с одобрения и по решению начальства. Ему представилось, что весь могущественный орден ополчается против него, что теперь время от времени орден, ведя систематическую борьбу, будет выставлять против него оппонентов. Такому положению дел Декарт готов был предпочесть все, что угодно, и он решился на отчаянное средство – вызвать на бой сразу весь орден. В письме к ректору Парижской коллегии он жаловался на поступок Бурдена, выступившего против него публично вместо того, чтобы по-христиански наставить его частным образом на путь истины, высказывал свое убеждение, что за Бурденом стоит весь орден, и просил поэтому орден раз и навсегда сформулировать свои возражения, чтобы он мог себе выяснить, какие положения его философии признаются ошибочными и ложными. Ректор не счел нужным собственноручно ответить какому-то писаке и поручил Бурдену написать, что в его полемике с Декартом орден никакого участия не принимает. Последний прибавлял, что пришлет Декарту свое подробное возражение. Заявлениям Бурдена Декарт не поверил и провел несколько лет то в восторгах по поводу того, что его похвалил какой-нибудь иезуит, то в страхе, когда ему сообщали, что какой-нибудь иезуит высказался против него. В проектировавшейся Декартом борьбе против иезуитов он предполагал сражаться их же оружием – схоластической диалектикой и счел поэтому нужным освежить в своей памяти схоластические курсы философии. Оказалось, что он так основательно забыл то, чему учился в коллегии, что не помнил даже названий учебников и принужден был просить Мерсенна снабдить его указаниями. Декарт предполагал даже, выбрав лучший из схоластических курсов философии, выпустить его в свет со своими критическими замечаниями. План этот, к сожалению, не был осуществлен: состоявшееся впоследствии примирение с иезуитами отклонило Декарта от всяких планов борьбы.
Творчество Декарта в тот период его жизни, в который мы теперь вступили, характеризуется особыми чертами. Перед нами – глава школы, и Декарта особенно беспокоит вопрос об официальном признании его философии. В эпоху издания «Рассуждения о методе» он ясно понимал, что на стороне новой философии могут быть только молодые складывающиеся общественные силы, и обращался к ним. Теперь он круто поворачивает вправо, выдвигает на первый план те стороны своей философии, которые стоят в близком родстве со старым миросозерцанием, и начинает заискивать в тех сферах, которые не могли с сочувствием относиться к новым течениям мысли и впоследствии действительно повели против его философии решительную борьбу. Декарта беспокоят жалобы католических священников, что его теория света лишает их тех «красивых сравнений», которыми они раньше пользовались в своих проповедях. И с производящей на современного читателя комическое впечатление серьезностью Декарт объясняет им, что происходит это оттого, что они недостаточно усвоили себе его философию, и что один протестантский проповедник в Лейдене, хорошо усвоивший его философию, черпает из нее сравнения не менее красивые. Он полагает, что иезуитам было бы выгодно ввести в преподавание в своих школах его философию, и старается убедить их, что в ней нет ничего противоречащего религии. Плодом такого настроения являются «Размышления об основах философии (Meditationes de prima philosophia), в которых ясно доказывается существование Бога и реальное различие между человеческой душой и телом», вышедшие в свет в 1642 году.
Настроению, породившему книгу, соответствуют и условия выхода ее в свет. Она напечатана уже не на французском, а на латинском языке, предназначена не для публики, а для «doctes» – ученых. Она посвящена «деканам и докторам священного парижского богословского факультета (Сорбонны)». Декарт желает, чтобы книга была одобрена и рекомендована Сорбонной, и полагает, что в таком случае «ввиду уважения, которое весь мир питает к Сорбонне, и ввиду ее авторитета не только в области веры, но и в области философии – так как нигде нельзя найти столько основательности и учености, разумности и искренности суждений, – все заблуждения и ошибочные мнения по вопросу о существовании Бога и отличии души от тела будут быстро искоренены из умов» (посвящение). Для того чтобы получить такую рекомендацию, Декарт поручил Мерсенну до печатания познакомить докторов Сорбонны с рукописью и просить у них возражений. В действительности, однако, он ждет не возражений, а одобрения. Книгой своей он очень доволен, считает ее совершеннейшим произведением, благодарит Бога за то, что Он «сподобил его доказать метафизические истины яснее, чем можно доказать геометрические», и заявляет Мерсенну, что все, написанное в Размышлениях, «или очевидно естественному разуму, или доказано в высшей степени точно. Это будет ясно для всякого, кто захочет в них вдуматься. Но я не могу прибавить людям ума, точно так же не могу показать того, что находится в комнате, людям, которые не хотят себе задать труда войти в нее». В то же время Декарт, как и многие другие последующие философы, вступившие на тот же скользкий путь, на котором очутился он теперь, начинает отождествлять интересы своего мелкого самолюбия и честолюбия с интересами религии, полагает, что «кто за Бога, должен быть и за него», и тонко инсинуирует по поводу не нравящихся ему возражений, что люди, находящие его доводы схоластичными и недостаточно обоснованными, возражают против него потому, что они – «противники Бога».