Переезд свой в Голландию Декарт обставил рядом предосторожностей. Он тогда уже интересовался медициной и начинал руководствоваться гигиеническими правилами, игравшими потом в его жизни немаловажную роль. Теплый климат Парижа он считал для себя вредным, тем более, что по его убеждению он страдал «горячностью печени»; воздух Парижа при этих условиях содержал в себе для него «очень тонкий и весьма опасный яд, поддерживавший в нем тщеславие и порождавший в его мозгу химеры». В этом Декарт убедился, когда принялся писать в Париже «О Божестве». Но, прежде чем переехать в Голландию, Декарт счел нужным приучить себя к более холодному климату и провел целую зиму в неизвестной нам местности на севере Франции. Затем Декарт избрал своим девизом: «Qui bene latuit, bene vixit» (счастлив тот, кто прожил свою жизнь скрытым от всех) и в течение двадцати лет своего пребывания в Голландии пятнадцать раз менял место своего жительства. Жил он большею частью в предместьях больших городов или в деревне, тщательно скрывая свой адрес от своих корреспондентов. Из французских друзей адрес Декарта был известен только Мерсенну, который был возведен в звание «резидента Декарта во Франции», как называли доброго францисканского монаха шутники. Все письма, предназначавшиеся для Декарта, посылались Мерсенну, и он уже доставлял их адресату. На Мерсенне лежала также обязанность уведомлять Декарта обо всех новостях из научного мира, и Мерсенн, бывший в переписке со всеми крупнейшими учеными эпохи: Галилеем, Гассенди, Гоббсом и другими, соединявший в своем лице роль «Академии наук» и научного органа печати, добросовестно исполнял эту обязанность. На ответных письмах Декарт вместо действительного своего места жительства всегда проставлял какой-нибудь крупный центр, чтобы лишить своих корреспондентов возможности не только узнать его адрес, но и проверить точность его показаний. Девиз свой Декарт осуществил с таким успехом, что некоторые французские ученые, путешествовавшие по Голландии и желавшие видеться с Декартом, никак не могли его разыскать. Оградив себя таким образом от надоедливых посетителей, Декарт не был, однако, совершенно одинок. Он завязал связи со многими голландскими государственными деятелями и учеными, и это обстоятельство имело потом большое влияние на распространение его теорий в Голландии.
Первое время Декарт продолжает работать над начатым в Париже трактатом «О Божестве», но, несмотря на перемену климата, работа у него идет неуспешно, он забрасывает ее и переходит к естественнонаучным занятиям. Любопытный феномен, наблюдавшийся в Риме в 1629 году и состоявший в появлении вокруг Солнца пяти ложных солнц (паргелиев), – о чем сообщил Декарту Мерсенн, – опять оживляет в нем интерес к оптике и направляет на изучение радуги, так как Декарт совершенно правильно ищет причину паргелиев в явлениях преломления и отражения света. От оптики он переходит к астрономии и медицине – точнее, к анатомии. Высшая цель философии состоит, по его мнению, в принесении пользы человечеству; он дорожит в этом отношении особенно медициной и химией и ожидает блестящих результатов от приложения к этим наукам математического метода. Анатомию Декарт изучает не по атласам и книгам, а сам анатомирует в большом числе животных. Изучение естественных наук при помощи самостоятельных исследований было так мало распространено в то время (не привилось оно еще вполне и в нашей школе, сохранившей много остатков схоластики, и теперь еще можно встретить «психологов», знакомых с нервной системой «по атласу»…), что анатомические занятия Декарта вызвали рад насмешек. Между прочим, распространился слух, будто Декарт «ходит по деревням и присутствует при убое свиней». Добродушный Балье энергично протестует против этой клеветы и заявляет, что Декарт никогда с этой целью по деревням не ходил. Но, проживая в Амстердаме, он всякий день (а в других местах – часто) отправлялся на бойню, рассматривал органы только что убитых животных и некоторые органы, более его интересовавшие, заставлял приносить себе на дом для более обстоятельного изучения.
В своих исследованиях Декарт является тонким наблюдателем, но он не ограничивается этой ролью и всюду ищет ответ на вопрос «почему?» Перед нами ум, интересующийся главным образом причинной связью между явлениями, и там, где данных для выяснения этой причинной связи недостаточно, предпочитающий смиренному признанию своего неведения смелые гипотетические построения. Небольшого числа наблюдений и аналогии для него достаточно, чтобы построить теорию, в которую потом будут втискиваться реальные факты, – причем большей частью Декарт остается неверен им же составленным правилам. Второе «правило» – заниматься только теми предметами, о которых ум наш способен приобрести знание точное и несомненное, – он игнорирует совершенно. Со свойственной ему способностью увлекаться он сообщает Мерсенну, что в анатомии не знает ни одной детали, ни одного мелкого факта, происхождения которого не мог бы в точности объяснить естественным путем, а после нескольких месяцев занятий астрономией пишет своему приятелю, что с надеждой на успех приступает к уяснению причины существующего распределения постоянных звезд. То и другое, как известно, представляет не достигнутый пока еще идеал даже для современной, несравненно более богатой фактическим материалом науки. «Хотя, – продолжает Декарт в последнем, весьма интересном письме, освещающем его миросозерцание, – постоянные звезды кажутся беспорядочно рассеянными в пространстве, я не сомневаюсь, что в их распределении существует определенный, правильный порядок. Знакомство с этим порядком является ключом к высшему доступному для человечества знанию относительно материального мира. При посредстве этой высшей науки можно было бы apriori знать все явления природы, тогда как теперь мы должны довольствоваться знанием апостериорным».
Мерсенн был сильно заинтересован столь многообещающими исследованиями и настойчиво просил Декарта опубликовать их. Но Декарт откладывает печатание с года на год. «Я не такой дикарь, – пишет он Мерсенну, – чтобы не радоваться, когда меня помнят и хорошо обо мне думают. Но я предпочитал бы, чтобы обо мне совсем не думали. Я скорее боюсь славы, чем желаю ее, так как она всегда ограничивает свободу и досуг. Свободу и досуг, которыми я теперь обладаю вполне, я ценю так высоко, что ни один монарх в мире не обладает достаточными богатствами, чтобы купить их у меня. Тем не менее, я окончу обещанный вам небольшой трактат, но я работаю над ним очень медленно, так как мне доставляет больше удовольствия учиться самому, чем заносить на бумагу то немногое, что я знаю. Учиться – для меня такое наслаждение, что я принужден употребить насилие над собой, чтобы засадить себя за трактат, который, однако, я обещаю вам окончить к началу 1633 года, чтобы этим обещанием принудить себя писать. Если вы найдете странным, что я не оканчиваю других трактатов, начатых в Париже, то я скажу вам, что, работая, я приобрел больше знаний и по мере их приобретения все расширял свои планы». В середине 1633 года Декарт действительно известил Мерсенна, что трактат «О мире» уже готов и что он отложил его в сторону на несколько месяцев, чтобы тогда окончательно пересмотреть и исправить. Осенью Декарт приступил к пересмотру и счел нужным предварительно ознакомиться с «Диалогами о системах мира» Галилея. Он обратился к друзьям в Лейден и Амстердам с просьбой прислать ему эту книгу и, к крайнему своему изумлению, получил в ответ известие, что в июне того же года «Диалоги» были сожжены инквизицией, и престарелый их автор, несмотря на заступничество влиятельных лиц, осужден был сначала на заключение в инквизиционной тюрьме, а затем был подвергнут аресту в деревенском доме, где ему предписано было в течение трех лет читать раз в неделю покаянные псалмы.