Тот факт, что коллектив сталкивается в одно и то же время с разными типами конфликтов, надолго предопределил сосуществование двух типов профсоюзов. Зачастую одни и те же люди состояли в двух профсоюзах сразу или постоянно переходили из одного в другой. Шахтеры раньше и лучше других поняли необходимость совместных действий конкурирующих профсоюзов. В Киселевске летом 1994 г. во время стачки на шахте № 12 рабочие потребовали от обоих профсоюзов объединить действия горняков Киселевска и Прокопьевска, чтобы совместными усилиями «давить» на правительство. Контакты и совещания представителей обоих шахтерских профсоюзов на местах стали обычной практикой, несмотря на сохраняющееся соперничество. Показательно, что и руководство компании «Росуголь» вместо того, чтобы противопоставлять друг другу и этим ослаблять профсоюзы, склонно было вести с ними совместную работу в рамках общеотраслевого корпоративного сотрудничества.
Ослаблению «альтернативных» профсоюзов способствовала и их «прорыночная» идеология, которая, ориентируя их на «западные» образцы поведения, делала их абсолютно неготовыми решать проблемы реально существующего постсоветского рынка. По мере нарастания проблем в «альтернативном» профдвижении усиливался идеологический кризис. Стачкомы и «рабочие комитеты», возникшие в 1990-91 гг., тоже не смогли развить свой успех. Большая часть их кадров либо покинула ряды рабочего движения, либо составила основу «альтернативной» профбюрократии. В 1992-93 гг. возникло большое количество новых стачкомов, главным образом, по инициативе профсоюзов, входящих в ФНПР. Но и эти стачкомы не всегда можно было считать выразителями «низовой» инициативы. Они создавались профсоюзом как прикрытие для того, чтобы избежать непосредственного столкновения с властью или репрессий при проведении стачки. Порой они обретали самостоятельность и даже вступали в конфликт с «родным» профсоюзом. Так было во время выступлений медиков и учителей в 1992 г. Иногда возникали противоречия между стачкомами «самостоятельными» и «бумажными» — как в Нефтегазстройпрофсоюзе в 1994 г. Профсоюз угольщиков первым в ФНПР отказался от «стачкомов прикрытия», заявив в 1993 г., что забастовки должны проводиться открыто самим профсоюзом.
На протяжении 1991-93 гг. ФНПР показала себя способной эффективно и жестко вести переговоры по Генеральному, региональным и отраслевым тарифным соглашениям, защищая рабочие места и заработную плату. Слабым местом федерации оставалась неспособность мобилизовать людей на активные действия. Исходя из этого, власти выработали собственную тактику. Они шли на уступки в ходе переговоров, а затем не выполняли взятых на себя обязательств. Принятый в 1991 г. закон об индексации зарплаты, который профсоюзы считали своим главным достижением, не выполнялся. По данным профсоюзов, Генеральное соглашение 1992 г. выполнялось обычно не более чем на 50-60%. В 1992 г. ФНПР оказалась бессильна что-либо противопоставить этому.
Осенью 1992 г. ФНПР организовала всероссийские коллективные действия, требуя от правительства корректировки курса реформ. Несмотря на радикальные настроения значительной части профсоюзного актива, эти коллективные действия окончились неудачей. Многочисленные собрания и митинги напоминали очередную пропагандистскую кампанию прошлых лет. Не было ни четких общероссийских требований, ни ясной программы дальнейших действий. Власти просто не реагировали на выступления ФНПР, а профсоюзы оказались не в состоянии перейти от митингов к более серьезным мерам.
Провал последующего «осеннего» и «весеннего» наступлений 1992 г. углубил кризис в «официальных» профсоюзах. Выработка единой позиции затруднялась тем, что ФНПР представляла собой объединение отраслевых и территориальных структур. Соотношение сил между ними определяло выбор политики. «Территориалы» более радикальны и склонны были выдвигать жесткие требования к правительству. Отраслевики, руководство которых располагается в Москве, склонны были прибегать к прямым переговорам с министерствами.
Профсоюзы постоянно отставали от развития событий. ФНПР потеряла почти год, не решаясь заявить об оппозиции правительству. Московская Федерация Профсоюзов сразу же заняла нишу конструктивной оппозиции, а общероссийский профцентр пытался проводить линию критической поддержки реформ — в то самое время, когда Гайдар и его команда занимались реализацией программы МВФ, направленной, помимо всего прочего, на разгром профсоюзов. На собственном опыте профсоюзные деятели России обнаружили цену ошибки. В 1993 г. ФНПР повторяла путь, пройденный московскими профсоюзами в 1992 г. Зато Московская Федерация Профсоюзов к тому времени уже стала куда менее радикальной. Критики обвиняли руководство МФП в коррупции. В любом случае ее лидеры оказались заложниками собственного успеха: жесткими выступлениями 1991 и 1992 гг. они добились от руководства столицы серьезных уступок и теперь должны были заботиться о сохранении достигнутого, предпочитая «не раскачивать лодку».