Перестраиваться «на ходу» было тяжело, тем более, что давление со стороны властей возрастало. Радикализация ФНПР происходила на фоне тактических неудач и внутренних конфликтов. Профсоюзы выдвигали более жесткие требования, но не было массового участия рядовых членов в жизни организации.
Левым активистам и политикам, которые по инициативе лидера МФП Михаила Шмакова стали появляться в профсоюзных структурах, пришлось испытать на себе прессинг «аппарата». Подобную школу неплохо было бы пройти и многим западным интеллектуалам. Это было тяжелое испытание, требовавшее крепких нервов. Бюрократия царила дикая. Лучшие люди оказывались погребены в кабинетах, завалены горами бумаг. Для подготовки решения в ФНПР требовалось собрать 8-10 подписей, для того, чтобы приступить к исполнению уже принятых решений требовались новые подписи, иногда больше дюжины. Бегать из кабинета в кабинет, собирая подписи у людей, совершенно не заинтересованных в решении вопроса, называлось на аппаратном языке «приделать бумаге ноги». Число совещаний вообще не поддавалось учету.
Впрочем, бюрократия до поры ограничивала коррупцию. Потратить даже небольшую сумму денег без множества согласований было почти невозможно. Это не значит, будто в профдвижении коррупции не было, но на общем фоне структуры ФНПР, безусловно, выглядели «чистыми».
Летом 1993 г. ФНПР смогла добиться первого заметного успеха: была создана Российская Ассамблея социального партнерства (РАСП). В РАСП объединились ФНПР, Российский союз промышленников и предпринимателей (РСПП) во главе с А. Вольским (лидером «Гражданского союза»), Российский конгресс деловых кругов и другие менее крупные организации. На практике под названием «предприниматели» в этих объединениях выступали, в основном, «красные директора» — управленческие кадры бывших государственных предприятий. Они согласовали с ФНПР совместную позицию по борьбе за сохранение производства. ФНПР получила мощных союзников в Трехсторонней комиссии, где «официальные» профсоюзы смогли теперь противостоять блоку правительства с «альтернативными» профсоюзами и частью работодателей. Таким образом, правительство лишилось инструмента «цивилизованного» давления. Одновременно руководство ФНПР в своем противостоянии с правительством все более сближалось с руководством Верховного Совета и органами представительной власти на местах, в которых традиционные профсоюзы видели естественных союзников.
Вторым успехом ФНПР стали массовые акции летом 1993 г. Правительство само спровоцировало конфликт с профсоюзами, сорвав, как и в 1992 г., выполнение Генерального тарифного соглашения с ФНПР. В ответ ФНПР смогла поднять на активные действия только в первые десять дней 1,5 млн человек. Во многих случаях стачки были поддержаны руководством предприятий, а местная администрация в Приморском крае использовала социальный конфликт, чтобы выдвинуть собственные требования к центру.
Полной неожиданностью для правительства стало то, что традиционные профсоюзы смогли поднять миллионы своих членов на активные действия. Нарушая Генеральное соглашение, власти не ожидали натолкнуться на серьезное сопротивление. Настроения на местах были гораздо более радикальны, чем в центральном аппарате ФНПР. Там, где стихийно складывалась предзабастовочная ситуация, структуры ФНПР видели свою задачу в том, чтобы обеспечить законный характер выступлений, собрать, обобщить и передать наверх требования, провести по этим требованиям переговоры с правительством. Напротив, сроки и масштабы коллективных действий зависели, как правило, от состояния дел на местах, хотя ФНПР всегда подчеркивала свою координирующую роль. Однако к сентябрю центральный аппарат стал утрачивать контроль над акциями протеста, а к концу сентября они фактически сошли на нет. Политический кризис осенью и сентябрьско-октябрьский государственный переворот положили конец профсоюзным выступлениям.