Переворот сентября - октября 1993 г. был не только поражением оппозиционных сил, но и началом острого кризиса ФНПР, который не мог не затронуть Партию Труда и других левых, связанных с «лейбористским проектом». После расстрела Белого дома перепуганные руководители федерации вынудили своего лидера подать в отставку. В октябре 1993 был созван чрезвычайный съезд. Председателем ФНПР стал Шмаков. Он оказался у руля организации, раздираемой противоречиями, потерявшей перспективу и веру в себя. Сам Шмаков уже не был похож на задиристого радикала, каким он был в конце 80-х.
В течение лета — осени 1992 г., пока руководство ФНПР медленно левело, руководство Московских профсоюзов правело. После ухода с поста мэра столицы скандально известного профессора Гавриила Попова и замены его профессиональным администратором Юрием Лужковым, профсоюзы все более становились частью городской системы управления. Впоследствии эта тенденция получила своеобразное «материальное» воплощение: в 1994 г. руководство МФП разместилось в здании Московской мэрии. Такой поворот стал возможен благодаря улучшению социальной ситуации в столице. Высокооплачиваемые трудящиеся в Москве становились все более умеренными, в то время как в провинции быстро нарастало недовольство.
По мнению нового руководства ФНПР время забастовок и баррикад кончилось. Газета «Солидарность» начала отстаивать идеи «социал-демократии с русской спецификой», более радикальные авторы понемногу покинули ее. Она стала утрачивать оригинальный стиль, некогда обеспечивший ее успех. Газета скучнела, в редакции начались раздоры. Кульминацией кризиса стала попытка группы сотрудников газеты создать независимый профсоюз. Проявив неожиданную твердость, руководство газеты железной рукой подавило бунт. Обе стороны в этом конфликте показали себя не самым лучшим образом: и те, и другие давно утратили первоначальный идеализм и чувство солидарности. Радикальный задор 80-х гг. уступал место стремлению к респектабельности. Издание понемногу возвращалось к тому состоянию, в котором оно находилось до прихода Исаева. Тираж опять упал до 5 тыс., распространители-добровольцы разбежались, газета окончательно исчезла с улиц и предприятий, став чтением для профсоюзной бюрократии.
Большинство активистов ПТ уже не скрывало своего разочарования политикой Шмакова. Отчужденность усилилась после того, как на II съезде ПТ председателем партии был избран депутат Совета Федерации Олег Смолин, известный своей независимостью и твердостью. В мае 1994 г. Олег Смолин в присутствии Шмакова, выступая перед профсоюзным активом своего родного города Омска, заявил, что если политика ФНПР не изменится, придется начинать борьбу за смену руководства профсоюзов. Конфликт, назревавший в течение нескольких месяцев, вырвался на поверхность.
В то время как лидеры традиционных профсоюзов старались быть респектабельными и осторожными, стремительный рост забастовочного движения весной 1994 г. показал, что массы, несмотря на слабую способность к самоорганизации, не желают и пассивно мириться со своей участью. Как бы ни призывало руководство ФНПР к умеренности, низовые профсоюзные структуры, реагируя на требования своих членов, все чаще выступали с политическими требованиями. Чем больше пытались лидеры профсоюзов успокоить людей, тем больше недовольство оборачивалось против них самих.
На декабрьских 1993 г. выборах руководство ФНПР не выступило отдельным профсоюзным списком и отказалось поддерживать какой-либо список. На практике это вылилось в поддержку профсоюзными структурами на местах и отраслевыми профсоюзами различных избирательных блоков, к которым они тяготели в силу корпоративных связей, в первую очередь — «Гражданского союза». Но «Гражданский союз» потерпел на выборах сокрушительное поражение. Более успешно действовал профсоюз работников агропромышленного комплекса, который поддержал Аграрную партию России (АПР) и провел в Государственную Думу трех своих представителей (включая Председателя ЦК профсоюза А. Давыдова). По списку АПР прошел и свергнутый лидер ФНПР Игорь Клочков. Поскольку АПР по сути была «аграрным сектором КПРФ», такая позиция Агропрофсоюза выглядела как демонстрация оппозиционности руководству ФНПР во главе со Шмаковым.
Декабрьские выборы символизировали разрыв «команды Шмакова» с Партией Труда. Как и многие другие оппозиционные организации, Партия Труда выборы бойкотировала. Однако она не смогла стать серьезной силой внепарламентской оппозиции. К началу 1994 она окончательно распалась. Часть активистов партии продолжала группироваться вокруг журнала «Альтернативы» и в группе поддержки Олега Смолина, избранного в 1995 г. в Государственную Думу.