Украинские анархисты (из Днепропетровска и Запорожья) резко критиковали линию руководства КАС (то есть Московской организации КАС во главе с Андреем Исаевым и Александром Шубиным) уже в октябре 1989 г. Если вникнуть в суть конфликта, обнаруживается, что украинцы и москвичи принадлежали к совершенно разным течениям анархизма: москвичи были прудонистами, а украинцы — анархо-коммунистами.
В 1990 г. идеологические противоречия внутри КАС достигли предела. С одной стороны, лидеры КАС (МО КАС, поддержанное И. Подшиваловым) настойчиво пытались превратить КАС в чисто анархо-синдикалистскую организацию (при этом А. Исаев, например, вовсе не имел в виду исключение из КАС всех несиндикалистов, а, напротив, «капитуляцию» всех «неправильных» анархистов и переход их на платформу анархо-синдикализма). С другой стороны, несиндикалистские группы и члены, входившие в КАС, стали активно сопротивляться «синдикалистскому диктату». В результате КАС потрясла серия скандалов и расколов. Весной 1990 г. из КАС вышли Анархо-коммунистический революционный союз (АКРС) и АССА (значительная часть членов АССА, вышедшая из КАС, к III съезду КАС (3–4 ноября 1990 г.) вернулась в КАС, но уже 7–8 ноября 1990 г. последовал окончательный разрыв между АССА и КАС). Показательно, что крайне правая часть анархистов — входившие в АССА анархо-демократы (последовательные сторонники неолиберализма, распространявшие этот неолиберализм, в отличие от Р. Рейгана и М. Тэтчер, из области экономики в область политики — то есть до полного отрицания государства), объединившиеся в Анархо-демократическую секцию (АДС, позднее — Анархо-демократический союз), вышли в апреле 1990 г. из АССА и остались в КАС. В том же году возникли анархистские организации, принципиально не входившие в КАС, — Московский союз анархистов (MCA), Анархо-радикальное объединение молодежи (АРОМ), Альянс казанских анархистов (АКА) и др. В июле 1990 г. эти группы и многие другие объединились в довольно аморфную всесоюзную организацию — Ассоциацию движений анархистов (АДА), единственной целью которой было противостояние КАС в анархистском мире.
В тот период происходящее еще не осознавалось анархистами как кризис, поскольку расколы и острая полемика между анархистами сопровождалась ростом рядов и ростом числа анархистских организаций.
Среди других причин кризиса 1990 г. отметим выросшую теоретическую грамотность анархистов. В результате настойчивых требований лидеров КАС А. Исаева и А. Шубина анархистская масса стала (хотя и нехотя) изучать классиков. Журнал «Община» и лекции А. Исаева перестали быть единственным источником знаний по теории анархизма. Быстро выяснилось, что существуют резкие противоречия между «анархизмом по Исаеву» и аутентичными взглядами М. А. Бакунина, П. А. Кропоткина и других анархистских классиков. Особенно жесткая полемика развернулась по такому основополагающему вопросу, как рыночные отношения, поскольку выяснилось, что Бакунин был, конечно, антирыночником. А. Исаеву не удалось внятно объяснить оппонентам, почему он исказил взгляды Бакунина на рыночные отношения, а смелости признаться в том, что он подменил Бакунина Прудоном (Прудона остальные анархисты в подавляющем большинстве не читали), у Исаева не нашлось. В результате московское руководство КАС подорвало свой авторитет теоретиков, до того момента почти незыблемый.
Одновременно возникло напряжение между «центром» и «регионами». На I съезде КАС были приняты только Организационный договор и первая часть Программного документа КАС (объемом в 1/7 общего текста документа), другие 6/7 текста приняты не были, но были включены МО КАС в текст принятого на съезде Программного документа и в таком виде воспроизводились и распространялись. Это вызвало протесты в провинции, подозрения и обвинения в адрес МО КАС и ее лидеров — и быстро отравило первоначально доверительную атмосферу в организации.
Другой причиной кризиса КАС стало недовольство значительной части анархистов ориентацией руководства на блок с общедемократической (буржуазно-либеральной) оппозицией, что фактически превращало анархистское движение в «охвостье» буржуазных демократов. С точки зрения чистоты анархистской теории, а также собственных интересов, потребностей и задач анархистского движения, это недовольство было оправданным. Однако недовольные «оппортунизмом внутри КАС» рядовые анархисты не осознавали того, что, во-первых, идеи анархизма вовсе не были так популярны в «широких слоях трудящихся», как они это себе представляли, во-вторых, что состав анархо-движения (преобладание в нем индивидуумов, принадлежащих к богемному социокультурному типу — и потому не способных к длительной рутинной целенаправленной работе) не позволял ему выступить в качестве равноправной альтернативной общедемократическому движению силы, и, в-третьих, что и сами они не могут предложить «массам» никакой более привлекательной программы, чем «оппортунизм» вождей КАС. Однако сама критика официальной доктрины КАС была одной из причин радикализации анархистского мира.