Под влиянием критики «слева» руководство КАС было вынуждено на III съезде КАС дистанцироваться от буржуазных либералов и заявить о «категорическом неприятии» позиции руководства «Демократической России» и «национально-авторитарных организаций», но на окончательный разрыв с общедемократическим движением не пошло.[36] Лишь на IV съезде КАС (май 1991 г.) А. Исаев объявил об окончательном отделении КАС от общедемократического движения и назвал «Демократическую Россию» в числе противников КАС. Но было уже поздно. Большинство недовольных покинуло КАС и вошло в АДА. Деятельность и КАС и АДА в значительной степени сосредоточилась на взаимной полемике и противоборстве, что само по себе было явным свидетельством кризиса в анархо-движении.
В том же русле лежала и полемика вокруг выборов. Традиционно анархистские концепции отрицают буржуазную представительную демократию и «парламентские игры». Однако МО КАС попыталась провести своего кандидата (А. Исаева) в «парламент» (на Съезд народных депутатов). После того как кандидат в депутаты от КАС не был зарегистрирован, КАС — в строгом соответствии с анархистской доктриной — призвал население к отказу от участия в выборах как в «беспринципном государственном фарсе».[37] Наученные горьким опытом, лидеры КАС призвали в ноябре 1989 г. независимые общественные организации и избирателей игнорировать выборы в Верховный Совет РСФСР и сосредоточиться на выборах в местные органы власти.[38] В результате КАС провела депутатов в местные Советы в Новокуйбышевске, Томске-7 (Северске), Хабаровске и Харькове (в Харькове Игорь Рассоха даже стал депутатом облсовета). А. Исаев выборы в Москве проиграл. Подобная линия КАС была подвергнута жесткой критике «снизу» и «слева» как «вхождение в государственные структуры власти», «предательство принципов анархизма», «вождизм», «оппортунизм», «беспринципность» и пр. Полемику инициировал Д. Жвания[39] — и дело сразу дошло, например в Ленинграде, до ультиматума со стороны Анархо-коммунистического революционного союза (АКРС) в адрес лидера АССА Петра Рауша, намеревавшегося выставить свою кандидатуру на выборах в Ленсовет.[40] Будущее показало, что анархисты от участия в местных органах власти ничего не выиграли, большинство прошедших в депутаты членов КАС оказались вскоре для анархистского движения потеряны.
В 1990 г. наметилось откровенное противостояние Внутри МО КАС между «стариками» и «молодыми». «Молодые» (некоторые из них, впрочем, были моложе «стариков» лишь на 2–3 года) — выходцы из «Альянса» и находившегося под влиянием КАС Союза учащейся молодежи (СУМ) — создали так называемую Беспартийную школу, которая стала центром левой оппозиции «обюрократившимся» вождям КАС. Конфликт вылился в исключение из КАС в феврале 1991 г. ведущих активистов Беспартшколы Максима Кучинского и Евгении Бузикошвили — с последующим выходом из КАС в знак солидарности с ними Дмитрия Костенко. Д. Костенко и Е. Бузикошвили уже весной 1991 г. оказались в числе основателей анархо-коммунистической группы «Инициатива революционных анархистов» (ИРЕАН), а М. Кучинский — в числе основателей Анархического молодежного фронта (АМФ). По общему мнению ветеранов КАС, история с исключением из КАС Е. Бузикошвили и М. Кучинского произвела на членов КАС тяжелое моральное впечатление.
С конца 1990 г. анархистское движение вошло в полосу кризиса, преодолеть который так и не удастся. Наиболее тяжелый кризис поразил КАС. Уже осенью 1990 г. перестает регулярно выходить журнал КАС «Община» (героические попытки Влада Тупикина возродить «Общину» то как орган КАС, то как просто «анархо-синдикапистский журнал» успехом не увенчались). В конце 1990-го и в 1991 г. наблюдалось все более массовое бегство членов из КАС — зеркальная копия притока в ряды КАС в конце 1989 — начале 1990 г.
Разочарование в традиционных вариантах леворадикальной идеологии (в анархизме) и в практике анархистского движения активизировало — не без помощи эмиссаров с Запада — троцкизм в России. Можно сказать, что возникновение троцкистских групп отчасти связано с закатом анархизма. Наиболее яркий пример такого рода — раскол АКРС Петрограда и превращения большинства членов АКРС в троцкистскую группу «Революционные пролетарские ячейки» (лидер — Д. Жвания).