К этому составу Реввоенсовета вскоре были присоединены члены коллегии Наркомвоена Склянский Э. М., Аралов С. И. и Юренев К. К. Первый из них занял пост заместителя председателя Реввоенсовета, остальные члены РВС приняли активное участие в боевой работе на фронтах.
Анализ протоколов заседаний Реввоенсовета Республики, хранящихся в Центральном государственном архиве Советской Армии, показывает, что многие важнейшие вопросы военного строительства и организации боевых действий решались, как правило, не всем составом РВСР; абсолютное большинство его членов месяцами безвыездно находилось на фронтах. Так, например, на заседании Реввоенсовета Республики 2 и 15 октября 1918 года присутствовало только по 4 из 10 членов РВСР, что составляло явное меньшинство, хотя, как известно, Реввоенсовет был коллегиальным органом, да и обсуждаемые на этих заседаниях вопросы — о положении на Восточном фронте, о разработке воинских уставов, об утверждении проекта положения о Высшей военной инспекции и другие важнейшие документы — требовали активного участия всех членов Реввоенсовета. Сложилось так, что некоторые члены РВСР только числились и не могли физически принимать участие в его работе. Возможно, в определенной степени этим объясняются возникавшие среди членов РВСР конфликты. Впоследствии из состава РВСР практически выделилось ядро, которое постоянно работало, а остальные участвовали в его деятельности только эпизодически.
8 июля 1919 года Лениным подписано постановление СНК об утверждении нового, сокращенного (6 человек) состава Реввоенсовета Республики. В него вошли: Троцкий Л. Д. (председатель), Склянский Э. М. (заместитель председателя), Рыков А. И., Гусев С. И., Смилга И. Т. и Главнокомандующий Вооруженными Силами Республики С. С. Каменев. Все остальные были освобождены от обязанностей членов Реввоенсовета Республики с оставлением на ответственной военной работе — как правило, они являлись членами реввоенсоветов фронтов. С этих пор заседания Реввоенсовета Республики стали регулярными. Они проводились три раза в неделю: по понедельникам, средам и пятницам с 10 до 12 часов. На них оперативно рассматривались, наряду с другими, и кадровые вопросы, связанные с назначением и перемещением членов РВС фронтов.
В дальнейшем, на протяжении всего периода гражданской войны, в состав Реввоенсовета Республики в разное время входили: Н. И. Подвойский, Д. И. Курский, И. В. Сталин, В. М. Альтфатер, В. И. Невский, А. И. Окулов, Л. П. Серебряков, В. А. Антонов-Овсеенко.
Помимо участия в заседаниях Реввоенсовета и выполнения отдельных поручений члены РВСР в большинстве своем выполняли обязанности начальников управлений Народного комиссариата по военным и морским делам и членов реввоенсоветов фронтов. Нередки были случаи совмещения обязанностей члена Реввоенсовета Республики с ответственными руководящими постами в других народных комиссариатах. Последнее обстоятельство не только подчеркивало значимость РВСР в масштабе страны, но и ускоряло решение многих оперативных вопросов производства оружия и боеприпасов, а также снабжения воинских частей. После окончания гражданской войны, когда был образован Союз Советских Социалистических Республик, армия перешла на мирное положение, переформированию подвергся и Реввоенсовет Республики. Состав его значительно расширился. В 1923 году впервые был соблюден принцип представительства в Реввоенсовете СССР со стороны союзных республик.
В годы гражданской войны РВСР фактически был высшим коллегиальным органом военно-политического руководства обороной страны. Председатель Реввоенсовета Л. Д. Троцкий являлся членом Политбюро ЦК партии, а РВСР проводил свою работу исключительно на основе указаний Центрального Комитета РКП(б) и под его непосредственным контролем. Членами Реввоенсовета Республики назначались, как правило, видные военно-политические работники партии.
Реввоенсовет готовил и выносил на утверждение высших органов государства проекты декретов и постановлений по вопросам строительства советских вооруженных сил и организации обороны страны; издавал приказы, распоряжения, уставы, наставления и другие руководящие документы, обязательные для исполнения всеми органами вооруженных сил и всеми военнослужащими армии и флота; устанавливал и изменял организацию и структуру органов военного управления; издавал в соответствии с действующим законодательством необходимые распоряжения по вопросам, связанным с прохождением военной службы. Это обилие вопросов вынудило создать в ноябре 1918 года Совет Рабочей и Крестьянской Обороны (Совет Обороны) — чрезвычайный орган Советского государства. Его возглавил председатель Совнаркома В. И. Ленин. Членом Совета Обороны, наряду с другими, был и председатель Реввоенсовета Республики Л. Д. Троцкий.