Реввоенсовету подчинялись все органы и должностные лица военного ведомства — Главнокомандующий Вооруженными Силами Республики, Всероглавштаб, Полевой штаб РВСР, Высшая военная инспекция, Всероссийское бюро военных комиссаров и другие главные и центральные управления. И конечно, полностью охватить все вопросы Реввоенсовет и его председатель физически не могли. Поэтому вряд ли будет правильным приписывать все ошибки и неудачи на фронтах гражданской войны лишь РВСР и его председателю. Тем более что главкому принадлежала полная самостоятельность во всех вопросах стратегическо-оперативного характера в пределах директив высших органов Советской власти. При этом приказы Главкома Вооруженными Силами Республики скреплялись подписью одного из членов Реввоенсовета. Во всех остальных вопросах главком пользовался правами члена РВСР. На должность главкома сначала был назначен И. И. Вацетис. В 1919 году на этом посту его сменил С. С. Каменев, который занимал его до упразднения этой должности (1924 г.).
К моменту организации РВСР определились три основных фронта. Это: 1) Северный фронт — от Ленинграда до Вятки (штаб фронта располагался в Ярославле); 2) Восточный фронт, включавший в себя Туркестанскую армию (штаб в Арзамасе); 3) Южный фронт, который состоял из Брянского, Курского, Воронежского, Балашово-Камышинского участков, Северо-Кавказской армии и Астраханской группы (штаб в Козлове).
Кроме этого, существовал еще и Западный район обороны. Этот район охватывал местности к западу от Москвы — от Ленинграда до западной границы Южного фронта. Во главе фронтов были поставлены реввоенсоветы, командующими фронтами назначены военные специалисты: Д. П. Парский, В. Н. Егорьев, П. П. Сытин, А. Е. Снесарев. Все они были бывшими генералами царской армии.
Назначение их командующими фронтами свидетельствовало о высочайшем доверии, которое оказывали им и Реввоенсовет Республики, и ЦК, и Совнарком. Дело в том, что командующему фронтом были даны очень широкие права. Он мог самостоятельно принимать решения оперативного характера, перемещать командный состав, кроме командующих армиями, изменять состав армий своего фронта, образовывать новые армии и т. д. Ответственность командующий фронтом нес только перед Главнокомандующим Сухопутными и Морскими Силами и Реввоенсоветом Республики. Конечно, на практике не всегда так бывало. Случалось, что некоторые военные работники партии — члены РВС фронтов присваивали себе функции командующего фронтом, выражая ему недоверие. В этих случаях приходилось вмешиваться Реввоенсовету Республики, Центральному Комитету партии. Возникали конфликтные ситуации и между некоторыми членами РВС фронтов и РВСР, между командующим фронтом и главнокомандующим по вопросам разработки конкретных боевых операций. Примером могут служить события на Южном фронте, когда РВС фронта во главе с И. В. Сталиным отстранил от должности присланного из Москвы командующего фронтом бывшего генерала царской армии П. П. Сытина. Так же незаслуженно был обвинен в саботаже и другой бывший генерал — А. Е. Снесарев — военный руководитель Северо-Кавказского военного округа.
Центральный Комитет партии вынужден был принять специальное постановление, которое обязывало всех подчиняться решениям, исходящим из центра, и выполнять требование ЦК, чтобы не было никаких конфликтов по этим вопросам. Правда, и это постановление не ликвидировало назревавший тогда конфликт между РВС Южного фронта и председателем РВСР Л. Д. Троцким. Последний потребовал, чтобы ВЦИК и СНК немедленно отозвали Сталина и Ворошилова с Южного фронта. И только вмешательство В. И. Ленина остановило дальнейшее развитие конфликта.
Наиболее распространены были случаи конфликтов между командующими армиями и членами РВС армий. Об этом подробно говорил Л. Д. Троцкий во время выступления на совещании политработников 12 декабря 1919 года. Как пример он привел жалобу М. Н. Тухачевского на политического комиссара штаба армии Мазо, который отменял резолюции и приказы командующего 1-й армией. РВСР, изучив сложившееся положение в 1-й армии Восточного фронта, признал действия Мазо неверными и отстранил его от обязанностей комиссара.[3]
По решению VIII съезда партии в апреле 1919 года при Реввоенсовете был учрежден Политический отдел, который в мае был преобразован в Политическое управление (ПУР). В ведении ПУРа находилась вся партийно-политическая и культурно-просветительная работа в армии и на флоте, армейская печать, подготовка кадров политработников. Политуправление назначало и утверждало военных комиссаров, направляло коммунистов на политработу. Начальниками ПУРа в разные периоды гражданской войны были И. Т. Смилга, Л. П. Серебряков, С. И. Гусев, В. А. Антонов-Овсеенко.